Detroit Lionseditar
Peete fue seleccionado por los Detroit Lions en la 6ª ronda (141 en general) del Draft de la NFL de 1989, después de caer porque no se consideraba que tuviera el tamaño o el talento de brazo necesario para tener éxito en la NFL. También se unió a Barry Sanders en el equipo.
Como novato, Peete estaba programado para comenzar la apertura de la temporada, pero se torció la rodilla en el último partido de pretemporada contra Los Angeles Rams, perdiendo los primeros 3 juegos de la temporada y siendo reemplazado por Bob Gagliano. Habría sido el primer mariscal de campo novato en comenzar para los Lions desde 1968, cuando Greg Landry comenzó. Completó 17 de 31 para 268 yardas, un touchdown por pase, 10 acarreos para 78 yardas y un touchdown por carrera en una victoria por 17-16 contra los Tampa Bay Buccaneers que le valió los honores de Jugador Ofensivo de la Semana de la NFC. Terminó con 8 aperturas, mientras completaba 103 de 195 intentos para 1.479 yardas y 5 touchdowns de pases.
En 1990, registró 142 de 271 terminaciones (52.4%) para 1.974 yardas, 13 touchdowns de pase, 48 acarreos para 365 yardas (segundo en el equipo) y 6 touchdowns de carrera. Ocupó el quinto lugar en la NFC con 79,8 puntos de calificación y su porcentaje de interceptación (3,0%) fue el segundo más bajo en la historia de la franquicia. Tuvo un récord personal de 8 acarreos para 97 yardas por tierra, incluyendo 17 de 26 terminaciones y un touchdown por tierra en el tercer juego contra los Tampa Bay Buccaneers. Sufrió un tirón de tendón de la corva en el cuarto partido contra los Green Bay Packers, lo que lo obligó a perderse los siguientes 2 concursos. Regresó en el séptimo partido contra los New Orleans Saints, contribuyendo a una victoria de 27-10 con 16 de 25 completaciones para 246 yardas, un touchdown y 38 yardas por tierra. Sufrió un tirón de isquiotibial izquierdo en el siguiente partido contra los Washington Redskins, saliendo con una ventaja de 35-21 que el equipo no pudo mantener perdiendo 38-41 en tiempo extra. Se perdió los siguientes 3 concursos y regresó a la acción en el decimocuarto partido contra los Chicago Bears, ayudando al equipo a anotar 21 puntos en el primer cuarto (récord de la franquicia), mientras lanzaba un récord personal de 4 touchdowns.
En 1991, comenzó los primeros ocho partidos, antes de sufrir una temporada que terminó con una lesión en el tendón de Aquiles contra los Dallas Cowboys. Peete había guiado al equipo a un récord de 5-2. Tuvo un récord personal de 25 de 38 completaciones, para ir junto con 271 yardas y un touchdowns en la victoria por 23-14 contra los Green Bay Packers. Fue reemplazado por Erik Kramer, quien llevó al equipo al Partido por el Campeonato de la NFC contra los Washington Redskins. Fue colocado en la lista de lesionados de reserva el 30 de octubre.
En 1992, comenzó 10 juegos, haciendo 123 de 213 terminaciones (57.7%) para 1.702 yardas y 9 touchdowns de pase. En el cuarto partido contra los Tampa Bay Buccaneers, tuvo 20 de 31 terminaciones para 323 yardas (récord de su carrera) y un pase de touchdown de 78 yardas. Pasó por 3 touchdowns en el séptimo partido contra los Tampa Bay Buccaneers.
En 1993, tuvo un porcentaje de finalización del 62,3% (segundo en la historia de la franquicia), mientras iniciaba 10 juegos. Sufrió una lesión en el tercer partido que lo obligó a perderse dos concursos. Todavía fue capaz de llevar al equipo a seis victorias en sus primeras siete aperturas. Tuvo 20 de 28 terminaciones para 273 yardas, anotando 17 puntos del cuarto cuarto para superar un déficit de 13-27 y también hizo un pase de touchdown de 93 yardas (récord de su carrera) en el octavo juego contra los Vikingos de Minnesota. Fue el mariscal de campo de tercera fila del equipo detrás de Kramer y el ex ganador del Trofeo Heisman, Andre Ware, en los últimos 4 partidos de la temporada regular.
Dallas Cowboyseditar
El 3 de mayo de 1994, firmó como agente libre con los Dallas Cowboys, para reemplazar a Bernie Kosar como respaldo de Troy Aikman. En el séptimo partido contra los Arizona Cardinals, Aikman sufrió una conmoción cerebral en la primera posesión y Peete lo reemplazó lanzando 2 pases de touchdown en una victoria 28-21. En el undécimo partido contra los Washington Redskins, sustituyó a un lesionado Aikman (esguince de rodilla izquierda), pero sufrió un esguince en el pulgar derecho y también tuvo que ser reemplazado por el quarterback de tercera cuerda Jason Garrett en la victoria por 31-7. En el decimotercer partido contra los Philadelphia Eagles, comenzó en lugar de un lesionado Aikman, contando 172 yardas, un touchdown y una intercepción en una victoria por 31-19. En el final de temporada contra los Gigantes de Nueva York, entró en el juego con 4:49 minutos para el final en la primera mitad, haciendo 6 de 8 terminaciones para 50 yardas y sin touchdowns en una derrota de 15-10.
Philadelphia Eagleseditar
El 22 de abril de 1995, fue firmado como agente libre por los Philadelphia Eagles. El nuevo entrenador Ray Rhodes, implementó la ofensiva de la Costa Oeste y nombró a Peete como abridor sobre el mariscal de campo Randall Cunningham, después de que el equipo comenzara 1-3. Comenzó en 12 partidos con un récord de 9-3, registrando 215 de 375 terminaciones (57.3%) para 2.326 yardas, 8 touchdowns y 14 intercepciones.
El 14 de marzo de 1996, volvió a firmar con los Eagles. Perdió su trabajo inicial por Ty Detmer. Peete comenzó 5 juegos (récord de 3-2), haciendo 80 de 134 completaciones (59,7%) para 992 yardas, 3 touchdowns y 5 intercepciones.
En 1998, Bobby Hoying fue nombrado titular y el equipo comenzó 1-6. El resto de la temporada, Koy Detmer y Peete se dividieron en quarterback.
El 28 de abril de 1999, fue traspasado a los Washington Redskins a cambio de una selección de sexta ronda de 2000 (#192-John Romero).
Washington Redskinseditar
En 1999, fue el mariscal de campo detrás de Brad Johnson. Apareció en 3 juegos, recogiendo 8 de 17 terminaciones (47,1%) para 107 yardas, 2 touchdowns y una intercepción. Se convirtió en el primer mariscal de campo en lanzar un pase de temporada regular para 3 clubes del Este de la NFC diferentes.
Oakland Raiderseditar
El 13 de julio de 2000, firmó con los Oakland Raiders, reuniéndose con el entrenador Jon Gruden, quien era su coordinador ofensivo con los Eagles. Era el mariscal de campo de tercera fila detrás de Rich Gannon y Bobby Hoying. No apareció en ningún juego.
El 2 de septiembre de 2001, fue liberado después de ser pasado en la tabla de profundidad por el novato Marques Tuiasosopo. El 29 de septiembre, volvió a firmar con los Raiders, después de lesionarse ligamentos en su codo de lanzamiento. Apareció en un juego y no registró ninguna estadística.
Carolina Pantherseditar
El 28 de marzo de 2002, fue firmado como agente libre por los Carolina Panthers. A los 37 años, la carrera de Peete parecía haber terminado hasta que fue nombrado titular sobre Chris Weinke, lo que llevó al equipo a un inicio de 3-0 y finalmente terminó con un récord de 7-9, una mejora sobre 1-15 el año anterior. Registró máximos de su carrera de 14 aperturas, 223 de 381 terminaciones, 2.630 yardas de pase, 15 touchdowns de pase, 14 intercepciones y una calificación de pasador de 77,4.
En 2003, después de una débil actuación en la primera mitad de la temporada contra los Jaguares de Jacksonville, el entrenador en jefe John Fox lo reemplazó en el tercer cuarto con Jake Delhomme, quien luego llevó a los Panthers a una victoria de regreso. Delhomme reemplazó a Peete como mariscal de campo titular por el resto de la temporada, llevando al equipo a un récord de 11-5 y el juego XXXVIII del Super Bowl contra los New England Patriots.
El 28 de febrero de 2005, fue liberado por razones de límite salarial, pero decidió retirarse en lugar de volver a firmar con los Panthers para otra temporada con un salario más bajo. Peete terminó su carrera con la mayor cantidad de yardas de pase de la NFL entre los mariscales de campo de la USC, un récord que finalmente fue eclipsado por Carson Palmer.
Peete terminó su carrera con 1.344 terminaciones en 2.346 intentos, para 16.338 yardas de pase, 76 touchdowns de pase, 92 intercepciones y una calificación de pasador de 73,3.