La organización se estableció en 1987, bajo el liderazgo de la Dra. N. Joyce Payne en cooperación con Miller Brewing Company, Sony Music, la NBA, Reebok y la Asociación Americana de Colegios y Universidades Estatales para apoyar institucionalmente a las HBCU públicas. Se sometió a un cambio de nombre en 2006 del Fondo de Becas Thurgood Marshall al Fondo Universitario Thurgood Marshall.
TMCF ha defendido la educación superior en colegios y universidades públicas históricamente negras (HBCU, por sus siglas en inglés) y ha crecido de una pequeña organización que proporciona becas para HBCU públicas, recaudando más de $300 millones hasta la fecha para apoyo programático, apoyo para el desarrollo de capacidades y becas para sus escuelas miembro y los estudiantes que se matriculan en los campus.
Su misión difiere de la del United Negro College Fund, que apoyó a aproximadamente 65,000 estudiantes en 900 colegios y universidades con aproximadamente 1 113 millones en subvenciones y becas solo en 2015, mientras que el Thurgood Marshall College Fund solo apoya a 47 escuelas; es una organización caritativa exenta de impuestos 501(c)(3), lo que significa que no paga impuestos sobre sus ingresos.
TMCF recibió 50 millones de dólares en 2015 de Apple, 26,5 millones de dólares en 2017 de Charles Koch Foundation y Koch Industries, y 6 millones de dólares de Boeing Company en 2018.