«A Milhouse Divided» es el único episodio en el que Steve Tompkins tiene crédito como escritor, aunque había sido parte del personal de redacción durante varios años. Los guionistas querían hacer un episodio en el que una pareja se divorciara. Los Van Houten fueron elegidos porque los escritores sintieron que eran la pareja más desarrollada junto a Marge y Homer y los Lovejoys. La escena en el episodio «Sideshow Bob’s Last Gleaming» donde Milhouse está en un avión fingiendo disparar misiles a sus padres es donde tuvieron la idea de que el matrimonio de sus padres estuviera en problemas.
Originalmente, el episodio también se centró en los efectos del divorcio en Milhouse y había una trama secundaria que involucraba a Bart celoso de Milhouse y deseando que Marge y Homer también se separaran. Varias escenas fueron escritas y animadas para el episodio, pero finalmente fueron cortadas porque el guion era muy largo. Una idea similar se usaría como argumento en el episodio de la temporada 17 «Milhouse of Sand and Fog». El tercer acto del episodio cambia el enfoque de los Van Houten a Homer y Marge porque los escritores sintieron que los personajes terciarios no podían llevar el interés de una audiencia durante un episodio completo. Bill Oakley ha dicho que sentía que el episodio habría fracasado si se hubieran quedado con los Van Houten para el tercer acto y la mayoría de los otros escritores también sintieron que era el movimiento correcto.
La idea para la cena vino de Oakley, que había querido tener una fiesta similar a la de «La guerra de los Simpson». Para la segunda mitad del episodio, Luann fue rediseñado para verse más joven y se le dio un nuevo atuendo. Un cantante de renombre fue buscado originalmente para cantar » Can I Borrow a Feeling?»sobre los créditos finales. Los escritores querían a Sheryl Crow, pero ella se negó y el concepto fue abandonado más tarde.