El 1 de enero de 1918, 12 estudiantes de cuatro estados se reunieron con Nora Chambers en una habitación de arriba de la Casa Editorial de la Iglesia de Dios en Cleveland, Tennessee. Esta reunión de primera clase de la Escuela de Capacitación Bíblica de la Iglesia de Dios (BTS) llevó a la fundación de la Universidad Lee. Inicialmente, Chambers sirvió como el único miembro de la facultad, y la docena de estudiantes formaban todo el cuerpo estudiantil. Los dos primeros graduados obtuvieron sus diplomas en abril de 1919, y se inició un programa de correspondencia en septiembre de 1919, que aumentó la matrícula total de la escuela a 788 estudiantes. Durante las décadas siguientes, BTS amplió su facultad y plan de estudios y se trasladó a un campus en Sevierville en 1938.
En 1947, BTS regresó a Cleveland, ocupó un campus más grande recientemente comprado, y fue nombrado Lee College en honor de Flavius J. Lee, uno de los primeros líderes de la denominación y segundo presidente de la escuela. La universidad amplió su énfasis para incluir tanto estudios bíblicos como artes liberales tradicionales en un plan de estudios de cuatro años. En 1959, el Colegio Bíblico de Lee fue acreditado por la Asociación de Acreditación de Colegios Bíblicos, y en 1960, un colegio junior fue acreditado por la Asociación Sureña de Colegios y Escuelas (SACS). En 1969 SACS otorgó a Lee la acreditación completa como una universidad de artes liberales de cuatro años. Desde la década de 1970 hasta principios de la década de 1990, Lee experimentó un crecimiento tremendo, aumentando su matrícula a más de 2,600 estudiantes, lo que la convierte en una de las universidades privadas más grandes y de más rápido crecimiento en Tennessee. En la década de 1990, la universidad agregó su primer programa de posgrado, un Maestro de Música de Iglesia, a sus veintiocho carreras de pregrado. En 1996, estudiantes de cuarenta y seis estados y veintisiete países extranjeros asistieron a clases en el campus de sesenta acres en el centro de Cleveland.
En 1996, la Junta Directiva de Lee College decidió cambiar drásticamente la escuela al lanzar un plan para la institución que requería una reorganización y designación como Lee University. El 1 de agosto de 1997, la Universidad Lee estaba formalmente en su lugar; incluía cuatro unidades académicas: una Facultad de Artes y Ciencias Liberales, una Escuela de Música, una Escuela de Ministerio y una Escuela de Educación. La junta directiva no afectó la misión, los objetivos institucionales, las políticas y los procedimientos operativos de la institución. Por lo tanto, los fuertes lazos de la Universidad Lee con su denominación matriz y su compromiso de proporcionar una educación de alta calidad y asequible en un contexto cristiano continúan guiando las prioridades de la institución. La Universidad Lee ha seguido siendo mixta desde su fundación y, de acuerdo con su herencia pentecostal, opera el Centro de Investigación Pentecostal, que cuenta con las colecciones más extensas disponibles sobre Pentecostalismo. Decidida a mantener su identidad cristiana de base más amplia, la Universidad Lee se identifica a sí misma como » Un Campus Donde Cristo es Rey.»