tässä Tehtävälohkossa määritellään sinkkisormien sijainti ja tyyppi proteiinissa.
sinkkisormi on pieni, toimiva, itsenäisesti taitettu domeeni, joka koordinoi yhtä tai useampaa sinkki-Ionia stabiloidakseen rakenteensa kysteiini-ja/tai histidiinijäämien avulla. Sinkkisormet ovat rakenteellisesti monimuotoisia ja niillä on monenlaisia toimintoja DNA – tai RNA-sitoutumisesta proteiinien ja proteiinien vuorovaikutuksiin ja kalvojen yhteenliittymiseen.
Sinkkisormityypit
uniprotkb: ssä on yli 40 sinkkisormityyppiä. Yleisimpiä ovat C2H2-tyyppi, CCHC-tyyppi, PHD-tyyppi ja rengastyyppi.
esimerkkejä: Q7Z142, P55197, Q9P2R3, Q9P2G1, Q9P2S6, Q8IUH5, P19811, Q92793, P36406, O95081, Q9ULV3
varoitukset Sinkkisormista, jotka on arvioitu InterPro-resursseilla
interpro resources prosite, pfam ja smart. Ennustettujen sinkkisormien lukumäärä ja tyyppi määritellään ”Perhe ja verkkotunnukset” – osion ”sekvenssien samankaltaisuudet” – alaluokassa.
esimerkki: P75093
a) C2H2-tyypin sinkkisormiproteiinit
C2H2-tyypin Sinkkisormiproteiinit ovat Homo sapiensin genomissa useimmin esiintyviä proteiineja. Useimmat C2H2-tyypin sinkkisormiproteiinit ovat transkriptioaktivaattoreita tai repressoreita, jotka sitovat DNA: ta. C2H2-tyypin sinkkisormet esiintyvät usein useina kopioina samassa proteiinissa, jolloin yksittäiset kopiot numeroidaan. Sinkkisormien numerointi on vapaaehtoista, jos proteiini on fragmentti N-terminaalissa eikä ole olemassa täydellistä ortologista sekvenssiä, josta tarkka numerointi voidaan päätellä.
huomautamme C2H2-tyyppisistä sinkkisormista, jotka voidaan havaita Pfam -, SMART – tai PROSIITTIPROFIILILLA PS50157 ja PROSIITTIKUVIOLLA PS00028:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
profiili ulottuu 2 jäämiä edeltävä ensimmäinen kysteiini (tämä yleensä alkaa aromaattinen jäännös) toiseen histidiini. Annettu vaihteluväli on yleensä Profiilin mukainen.
esimerkki: P08045
C2H2-tyyppiset sinkkisormet liitetään usein seuraaviin domeeneihin: KRAB (transkriptioreseptori), SCAN box tai ler (oligomerisaatio – aina ennen Krab: tä, jos Krab on proteiinissa), BTB/POZ (homodimerisaatio – ei koskaan todettu yhdessä SCAN: n tai Krab: n kanssa), SET (metylaatio) ja Homeobox (DNA: n Sitominen). Homeobox-domeenia lukuun ottamatta nämä muut domeenit löytyvät lähes aina proteiinin n-terminaalisesta osasta ennen sinkkisormea.
b) epätyypilliset ja degeneroituneet sinkkisormet
epätyypilliset sinkkisormet ovat niitä, jotka poikkeavat konsensusprofiilista tai-mallista, mutta jotka kuitenkin säilyttävät kyvyn sitoa sinkkiä. Näitä voivat olla sinkkisormet, joissa kysteiini on korvattu histidiinillä tai joissa kysteiinin tai histidiinin jäämien välinen etäisyys on hieman muuttunut jollakin seuraavista tavoista:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
esimerkki: P47043
degeneroituneet sinkkisormet ovat konsensusprofiilista tai-kuviosta poikkeavia sormia, jotka ovat myös menettäneet kyvyn sitoa sinkkiä. Näitä voivat olla sinkkisormet, joissa kysteiini on korvattu muilla aminohapoilla kuin histidiinillä tai joissa kysteiini-tai histidiinijäämien välinen etäisyys on normaalien tai epätyypillisten sinkkisormien rajojen ulkopuolella tai typistetyt sinkkisormet.
esimerkkejä: Q80ZQ5, Q19203, Q15911
sellaisten sinkkisormien Huomautus, jotka eivät ole edustettuina Interprossa
monia sinkkisormia ei voida kuvata tietyn perheprofiilin tai kuvion avulla, koska vain sinkki-Ionia koordinoivat aminohapot säilyvät. Näin ollen tällaisten sinkkisormien lukumäärää ja tyyppiä ei ole määritelty ”Perhe ja verkkotunnukset” – osion ”sekvenssien yhtäläisyydet” – alaluokassa.
tällaiset sinkkisormet on yleensä nimetty sinkki-Ionia koordinoivien kysteiini-tai histidiinijäämien kuvion mukaan: C4-tyyppi, C5-tyyppi, c2h3-tyyppi ja niin edelleen.
C4-tyypin sinkkisormille
C4-tyypin sinkkisormille on ominaista 4 kysteiinijäämää, jotka koordinoivat sinkkiä eivätkä jaa sekvenssin samankaltaisuutta – esimerkiksi kysteiinijäämien väliset etäisyydet eivät säily. C4-tyypin sinkkisormet löytyvät joidenkin hyvin tunnettujen ydinreseptoriperheiden DNA: ta sitovilta alueilta.
esimerkki: p10827
arkaaisissa ja bakteereissa C4-tyypin sinkkisormia esiintyy rajoitetussa määrässä proteiineja, muun muassa joissakin säilyneissä proteiiniperheissä. Näitä ovat UvrA – alaheimo ABC transporters (mf_00205 family), clpX chaperone-perhe (mf_00175 family) ja recR-perhe (MF_00017 family). Merkitsemme muistiin nämä hyvin säilyneet C4-tyypin sinkkisormet, mutta ne, joita ei löydy muista proteiineista, ellei siitä ole hyviä todisteita.
esimerkkejä: Q8UF86, P0A6H1, P24277
asiaan liittyvät asiasanat:
Metallinsidonta,
sinkki,
Sinkkisormi.
Katso myös:
DNA-sitoutuminen
domeeni
motiivi
alue
toisto