Cette sous-section de la section Fonction spécifie la position et le type des doigts de zinc dans la protéine.
Un doigt de zinc est un petit domaine fonctionnel replié indépendamment qui coordonne un ou plusieurs ions zinc pour stabiliser sa structure à travers des résidus de cystéine et / ou d’histidine. Les doigts de zinc sont structurellement divers et présentent un large éventail de fonctions, de la liaison à l’ADN ou à l’ARN aux interactions protéine-protéine et à l’association membranaire.
Types de doigts de zinc
Il existe plus de 40 types de doigts de zinc annotés dans UniProtKB. Les plus fréquents sont le type C2H2, le type CCHC, le type PHD et le type RING.
Exemples : Q7Z142, P55197, Q9P2R3, Q9P2G1, Q9P2S6, Q8IUH5, P19811, Q92793, P36406, O95081, Q9ULV3
Annotation des doigts de zinc prédits à l’aide de ressources InterPro
Nous annotons une variété de doigts de zinc définis par les ressources InterPro PROSITE, Pfam et SMART. Le nombre et le type de doigts de zinc prédits sont spécifiés dans la sous-section « Similitudes de séquence » de la section « Famille et domaines ».
Exemple : P75093
a) Doigts de zinc de type C2H2
Les protéines de doigts de zinc de type C2H2 sont parmi les protéines les plus fréquentes dans le génome de l’Homo sapiens. La plupart des protéines à doigts de zinc de type C2H2 sont des activateurs transcriptionnels ou des répresseurs qui lient l’ADN. Les doigts de zinc de type C2H2 se trouvent fréquemment en plusieurs exemplaires dans la même protéine, auquel cas les copies individuelles sont numérotées. La numérotation des doigts de zinc est facultative si la protéine est un fragment à l’extrémité N et qu’aucune séquence orthologue complète n’est disponible à partir de laquelle la numérotation exacte peut être déduite.
Nous annotons des doigts de zinc de type C2H2 qui peuvent être détectés à l’aide de Pfam, SMART ou du profil de PROSITE PS50157 et du motif de PROSITE PS00028:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
Le profil s’étend des 2 résidus précédant la première cystéine (celle-ci commence généralement par un résidu aromatique) à la deuxième histidine. La plage attribuée est normalement celle du profil.
Exemple: P08045
Les doigts de zinc de type C2H2 sont fréquemment associés aux domaines suivants: KRAB (répression transcriptionnelle), SCAN box ou LeR (oligomérisation – toujours avant KRAB si KRAB est présent dans la protéine), BTB/POZ (homodimérisation – jamais trouvé en combinaison avec SCAN ou KRAB), SET (méthylation) et Homéobox (liaison à l’ADN). À l’exception du domaine Homéobox, ces autres domaines se trouvent presque toujours dans la section N-terminale de la protéine avant le doigt de zinc.
b) Doigts de zinc atypiques et dégénérés
Les doigts de zinc atypiques sont ceux qui s’écartent d’un profil ou d’un motif consensuel mais qui conservent néanmoins la capacité de lier le zinc. Ceux-ci peuvent inclure des doigts de zinc dans lesquels la cystéine est remplacée par de l’histidine ou où l’espacement entre les résidus de cystéine ou d’histidine est légèrement modifié de l’une des manières suivantes:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
Exemple: P47043
Les doigts de zinc dégénérés sont ceux qui s’écartent d’un profil ou d’un motif consensuel et qui ont également perdu la capacité de lier le zinc. Il peut s’agir de doigts de zinc dans lesquels la cystéine est remplacée par des acides aminés autres que l’histidine ou où l’espacement entre les résidus de cystéine ou d’histidine est en dehors de la plage des doigts de zinc normaux ou atypiques, ou des doigts de zinc tronqués.
Exemples: Q80ZQ5, Q19203, Q15911
Annotation de doigts de zinc non représentés dans InterPro
De nombreux doigts de zinc ne peuvent pas être décrits par un profil ou un motif de famille spécifique car seuls les acides aminés qui coordonnent l’ion zinc sont conservés. Par conséquent, le nombre et le type de ces doigts de zinc ne sont PAS spécifiés dans la sous-section « Similitudes de séquence » de la section « Famille et domaines ».
De tels doigts de zinc sont généralement nommés pour le motif des résidus de cystéine ou d’histidine qui coordonnent l’ion zinc: de type C4, de type C5, de type C2H3, etc.
Doigts de zinc de type C4
Les doigts de zinc de type C4 sont caractérisés par 4 résidus de cystéine qui coordonnent le zinc et ne partagent pas d’autres similarités de séquence – par exemple, les distances entre les résidus de cystéine ne sont pas conservées. Les doigts de zinc de type C4 se trouvent dans les régions de liaison à l’ADN de certaines familles bien caractérisées de récepteurs nucléaires.
Exemple: P10827
Chez les archées et les bactéries, les doigts de zinc de type C4 se trouvent dans un nombre limité de protéines, y compris certaines familles de protéines conservées. Ceux-ci incluent la sous-famille UvrA des transporteurs ABC (famille MF_00205), la famille des chaperons clpX (famille MF_00175) et la famille recR (famille MF_00017). Nous annotons ces doigts de zinc de type C4 hautement conservés, mais ceux qui ne se trouvent pas dans d’autres protéines, à moins qu’il n’y ait de bonnes preuves.
Exemples: Q8UF86, P0A6H1, P24277
Mots-clés associés:
Reliure métallique,
Zinc,
Doigt de zinc.
Voir aussi :
Liaison à l’ADN
Domaine
Motif
Région
Répétition