Blandingskortlægning er en metode til genkortlægning, der bruger en population af blandet herkomst (en blandet population) til at finde de genetiske loci, der bidrager til forskelle i sygdomme eller andre fænotyper, der findes mellem de forskellige forfædrepopulationer. Metoden anvendes bedst til populationer med nylig blanding fra to populationer, der tidligere var genetisk isoleret i titusinder af år, såsom afroamerikanere og europæiske amerikanere (blanding af afrikanske og europæiske befolkninger). Metoden forsøger at korrelere graden af herkomst nær et genetisk locus med fænotypen eller sygdommen af interesse. Genetiske markører, der adskiller sig i frekvens mellem forfædrepopulationerne, er nødvendige på tværs af genomet.
Blandingskortlægning er baseret på den antagelse, at forskelle i sygdomsrater eller fænotyper delvis skyldes forskelle i hyppigheden af sygdomsfremkaldende eller fænotype-forårsagende genetiske varianter mellem populationer. I en blandet population forekommer disse kausale varianter hyppigere på kromosomale segmenter arvet fra en eller anden forfædres befolkning. De første blandingsscanninger blev offentliggjort i 2005, og siden da er genetiske bidragydere til en række sygdomme og trækforskelle blevet kortlagt. Disse omfatter hypertension, multipel sklerose, BMI og prostatacancer hos afroamerikanere. I 2010 var kortlægningspaneler med høj densitet blevet konstrueret til afroamerikanere, Latino/latinamerikanere og Uigurer.