a Modern felületfüggetlen optikai egerek optoelektronikus érzékelővel (lényegében egy apró, alacsony felbontású videokamerával) működnek, hogy egymást követő képeket készítsenek arról a felületről, amelyen az egér működik. Ahogy a számítási teljesítmény olcsóbbá vált, lehetővé vált erősebb speciális célú képfeldolgozó chipek beágyazása magába az egérbe. Ez az előrelépés lehetővé tette az egér számára, hogy a legkülönbözőbb felületeken észlelje a relatív mozgást, lefordítva az egér mozgását a kurzor mozgására, és kiküszöbölve a speciális egérpad szükségességét. A felületfüggetlen koherens fény optikai egér kialakítását Stephen B. Jackson szabadalmaztatta a Xeroxnál 1988-ban.
az első kereskedelmi forgalomban kapható, modern optikai számítógépes egér a Microsoft IntelliMouse volt az IntelliEye-vel és az IntelliMouse Explorer-rel, amelyet 1999-ben mutattak be a Hewlett-Packard által kifejlesztett technológiával. Szinte bármilyen felületen működött, és örvendetes javulást jelentett a mechanikus egerekkel szemben, amelyek felszedték a szennyeződéseket, szeszélyesen nyomon követték, durva kezelést igényeltek, és gyakran szét kellett szedni és tisztítani. Más gyártók hamarosan követték a Microsoft vezetését a HP spin-off Agilent Technologies által gyártott alkatrészek felhasználásával, és a következő néhány évben a mechanikus egerek elavultak.
a modern optikai számítógépes egér alapjául szolgáló technológia néven ismert digitális képkorreláció, a védelmi ipar úttörő technológiája a katonai célok nyomon követésére. A digitális képkorreláció egyszerű bináris képváltozatát használták az 1980-as lyoni optikai egérben. Az optikai egerek képérzékelőket használnak a természetben előforduló textúrák ábrázolására olyan anyagokban, mint a fa, a szövet, az egérpadok és a Formica. Ezek a felületek, amikor legeltetési szögben megvilágítják a fénykibocsátó dióda, különálló árnyékokat vetnek, amelyek hasonlítanak a naplementekor megvilágított dombos terepre. Ezeknek a felületeknek a képeit folyamatosan egymás után rögzítik, és összehasonlítják egymással, hogy meghatározzák, milyen messzire mozog az egér.
ahhoz, hogy megértsük, hogyan használják az optikai áramlást az optikai egerekben, képzeljünk el két fényképet ugyanarról az objektumról, kivéve kissé eltolva egymástól. Helyezze mindkét fényképet egy világos asztalra, hogy átlátszóak legyenek, és csúsztassa át egymást, amíg a képek nem állnak sorba. Az az összeg, amelyet az egyik fénykép szélei túlnyúlnak a másikon, a képek közötti eltolást jelenti, optikai számítógépes egér esetén pedig az elmozdult távolságot.
az optikai egerek másodpercenként ezer egymást követő képet vagy annál többet rögzítenek. Attól függően, hogy az egér milyen gyorsan mozog, minden képet egy pixel töredéke vagy akár több Pixel eltol az előzőtől. Az optikai egerek matematikailag feldolgozzák ezeket a képeket keresztkorreláció segítségével annak kiszámításához, hogy az egyes egymást követő képek mennyire vannak eltolva az előzőtől.
az optikai egér olyan képérzékelőt használhat, amelynek 18 68 pixeles monokróm képpontja van. Az érzékelő általában ugyanazt az ASIC-t használja, mint a képek tárolására és feldolgozására. Az egyik finomítás a korrelációs folyamat felgyorsítása lenne a korábbi mozgásokból származó információk felhasználásával, egy másik finomítás pedig megakadályozná a holtsávokat, amikor lassan mozognak interpoláció vagy keret-kihagyás hozzáadásával.
a modern optikai egér fejlesztése a Hewlett-Packard Co. – nál. az 1990-es években a HP Laboratories-ban számos kapcsolódó projekt támogatta. 1992-ben William Holland megkapta az 5.089.712 Számú amerikai szabadalmat, John Ertel, William Holland, Kent Vincent, Rueiming Jamp és Richard Baldwin pedig az 5.149.980 számú amerikai szabadalmat a lineáris papír előrehaladásának nyomtatóban történő mérésére a papírszálak képeinek korrelálásával. Ross R. Allen, David Beard, Mark T. Smith és Barclay J. Tullis 5,578,813 (1996) és 5,644,139 (1997) amerikai szabadalmat kapott a 2-dimenziós optikai navigációs (pl., pozíciómérés) azon felület mikroszkopikus, inherens jellemzőinek észlelésén és korrelálásán alapuló elvek, amelyen a navigációs érzékelő áthaladt, és a lineáris (dokumentum) képérzékelő mindkét végének helyzetmérésén alapul a dokumentum képének rekonstruálásához. Ez a szabadkézi szkennelési koncepció, amelyet a HP CapShare 920 kézi szkennerben használnak. Egy olyan optikai eszköz leírásával, amely kifejezetten legyőzte a mai számítógépes egerekben használt kerekek, golyók és görgők korlátait, az optikai egér várható volt. Ezek a szabadalmak képezték az alapját a Travis N. Blalock, Richard A. Baumgartner, Thomas Hornak, Mark T. Smith és Barclay J. Tullis által odaítélt 5,729,008 (1998) amerikai szabadalomnak, ahol a felületi képérzékelés, a képfeldolgozás és a képkorreláció integrált áramkörrel valósult meg a helyzetmérés előállításához. A 2D optikai navigáció jobb pontossága, amely az optikai navigáció alkalmazásához szükséges a Média (papír) előrehaladásának pontos 2D méréséhez a HP DesignJet nagy formátumú nyomtatókban, tovább finomították a 6 195 475 számú amerikai szabadalomban, amelyet 2001-ben Raymond G. Beausoleil Jr. és Ross R. Allen.
míg a rekonstrukció a kép a dokumentum szkennelés alkalmazás (Allen et al.) az optikai navigátorok által megkövetelt felbontás 1/600 hüvelyk nagyságrendű, az optikai helyzetmérés számítógépes egerekben történő végrehajtása nemcsak az alacsonyabb felbontású navigációval járó költségcsökkentésekből származik, hanem a vizuális visszajelzés előnyeit is élvezheti a felhasználó számára a kurzor pozíciójáról a számítógép képernyőjén. 2002-ben Gary Gordon, Derek Knee, Rajeev Badyal és Jason Hartlove elnyerte a 6 433 780 Számú amerikai szabadalmat egy optikai számítógépes egér számára, amely képkorreláció segítségével mérte a pozíciót. Néhány kis trackpad úgy működik, mint egy optikai egér.