機能セクションのこのサブセクションでは、タンパク質内の亜鉛フィンガーの位置とタイプを指定します。
亜鉛フィンガーは、システインおよび/またはヒスチジン残基を介してその構造を安定化するために一つ以上の亜鉛イオンを調整する小さな、機能的 亜鉛指は構造的に多様であり、DNAまたはRNA結合からタンパク質-タンパク質相互作用および膜会合に至るまで、幅広い機能を示す。
亜鉛フィンガーの種類
UniProtKBには40種類以上の亜鉛フィンガーが注釈されています。 最も頻繁なのは、C2H2型、CCHC型、PHD型およびリング型である。
例：Q7Z142、P55197、Q9P2R3、Q9P2G1、Q9P2S6、Q8IUH5、P19811、Q92793、P36406、O95081、Q9ULV3
InterProリソースを使用して予測された亜鉛指の注釈
interproリソースprosite、Pfamとスマート。 予測される亜鉛フィンガーの数と種類は、”ファミリーとドメイン”セクションの”配列の類似性”サブセクションで指定されています。
例:P75093
a)C2H2型亜鉛フィンガー
C2h2型の亜鉛フィンガータンパク質は、ホモ-サピエンスのゲノムで最も頻繁に発生するタンパク質の一つである。 ほとんどのC2H2型亜鉛フィンガータンパク質は、DNAに結合する転写活性化因子またはリプレッサーである。 C2H2型亜鉛指は、多くの場合、個々のコピーが番号が付けられている場合には、同じタンパク質内の複数のコピーで発見されています。 亜鉛指の番号付けは、タンパク質がN末端の断片であり、正確な番号付けが推測できる完全なオルソログ配列が利用できない場合には任意である。
Pfam、SMARTまたはPROSITEプロファイルPS50157およびPROSITEパターンPS00028を使用して検出できるC2H2型亜鉛指に注釈を付けます:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
プロファイルは、最初のシステイン（これは一般的に芳香族残基で始まる）に先行する2つの残基から第二のヒスチジンに及ぶ。 割り当てられた範囲は、通常、プロファイルの範囲です。
: P08045
C2H2型亜鉛フィンガーは、KRAB（転写抑制）、SCAN boxまたはLeR（オリゴマー化-タンパク質中にKRABが存在する場合は常にKRABの前に）、BTB/POZ（ホモ二量体化-SCANまたはKRABとの組 Homeoboxドメインを除いて、これらの他のドメインは、ほとんどの場合、亜鉛フィンガーの前のタンパク質のN末端セクションに見られます。
b)非定型および縮退亜鉛指
非定型亜鉛指は、コンセンサスプロファイルまたはパターンから逸脱しているが、亜鉛と結合する能力を保持している指 これらはシステインがヒスチジンによって取り替えられるか、またはシステインまたはヒスチジンの残余間の間隔が次の方法の1つでわずかに変:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
例：P47043
縮退亜鉛指は、コンセンサスプロファイルまたはパターンから逸脱し、亜鉛と結合する能力も失ったものである。 これらには、システインがヒスチジン以外のアミノ酸に置換されている亜鉛指、またはシステインまたはヒスチジン残基の間隔が正常または非定型の亜鉛指、または切り捨てられた亜鉛指の範囲外である亜鉛指が含まれ得る。
例：Q80ZQ5、Q19203、Q15911
InterProで表されていない亜鉛指の注釈
多くの亜鉛指は、亜鉛イオンを調整するアミノ酸のみが保存されているため、特定のファミ したがって、そのような亜鉛指の数と種類は、”ファミリーとドメイン”セクションの”配列の類似性”サブセクションでは指定されていません。
このような亜鉛指は、一般的に、亜鉛イオンを調整するシステインまたはヒスチジン残基のパターン、すなわちC4型、C5型、C2H3型などにちなんで命名されている。
C4型亜鉛フィンガー
C4型亜鉛フィンガーは、亜鉛を配位し、それ以上の配列類似性を共有しない4つのシステイン残基によって特徴付けられる-例えば、システイン残基間の距離は保存されていない。 C4型亜鉛指は、核受容体のいくつかのよく特徴付けられた家族のDNA結合領域内に発見されています。
例：p10827
古細菌や細菌では、C4型亜鉛フィンガーは、いくつかの保存されたタンパク質ファミリーを含むタンパク質の限られた数で発見されています。 これらには、ABCトランスポーターのUvrAサブファミリー（MF_00205ファミリー）、clpXシャペロンファミリー（MF_00175ファミリー）およびrecRファミリー（MF_00017ファミリー）が含まれます。 我々は、これらの高度に保存されたC4型亜鉛指に注釈を付けるが、いくつかの良い証拠がない限り、他のタンパク質には見られないもの。
: 関連キーワード：
金属結合、
亜鉛、
亜鉛指。
も参照してください：
DNA結合
ドメイン
モチーフ
領域
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