den 1.januar 1918 mødtes 12 studerende fra fire stater med Nora Chambers i et ovenpå værelse i Church of God Publishing House i Cleveland, Tennessee. Dette førsteklasses møde i Church of God ‘ s Bible Training School (BTS) førte til grundlæggelsen af Lee University. Oprindeligt fungerede Chambers som det eneste fakultetsmedlem, og de dusin studerende udgjorde hele studenterorganet. De to første kandidater fik deres eksamensbeviser i April 1919, og et korrespondanceprogram blev indledt i September 1919, hvilket øgede skolens samlede tilmelding til 788 studerende. I løbet af de følgende årtier udvidede BTS sit fakultet og læseplan og flyttede til en campus i Sevierville i 1938.
i 1947 flyttede BTS tilbage til Cleveland, besatte en nyligt købt større campus og blev udnævnt til Lee College til ære for Flavius J. Lee, en tidlig leder i kirkesamfundet og anden præsident for skolen. Kollegiet udvidede sin vægt til at omfatte både bibelske studier og traditionel liberal kunst i en fire-årig læseplan. I 1959 blev Lees Bible College akkrediteret af akkrediterende Association of Bible Colleges, og i 1960 blev et junior college akkrediteret af Southern Association of Colleges and Schools (SACS). I 1969 gav SACS Lee fuld akkreditering som et fireårigt liberal arts college. Fra 1970 ‘erne til begyndelsen af 1990’ erne oplevede Lee en enorm vækst og øgede sin tilmelding til mere end 2.600 studerende, hvilket gjorde det til en af de største og hurtigst voksende private colleges i Tennessee. I 1990 ‘ erne tilføjede kollegiet sit første kandidatprogram, en Master of Church Music, til sine otteogtyve bachelorstuderende. I 1996 deltog studerende fra seksogfyrre stater og syvogtyve fremmede lande i klasser på den tres hektar store campus i Cleveland centrum.
i 1996 besluttede Lee College bestyrelse at ændre skolen dramatisk ved at lancere en plan for den institution, der opfordrede til omorganisering og betegnelse som Lee University. Den 1.August 1997 Lee University var formelt på plads; det omfattede fire akademiske enheder: A College of Liberal Arts and Sciences, a School of Music, a School of Ministryog A College of Education. Bestyrelsen efterlod upåvirket institutionens mission, institutionelle mål, politikker og driftsprocedurer. Dermed, Lee Universitys stærke bånd til dets moderselskab og dets forpligtelse til at levere en høj kvalitet, overkommelig uddannelse i en kristen sammenhæng fortsætter med at styre institutionens prioriteter. Lee University har været coeducational siden grundlæggelsen og, i tråd med sin pinse arv, driver pinse Research Center, som kan prale af de mest omfattende samlinger, der er tilgængelige på pinse. Fast besluttet på at bevare sin mere bredt baserede kristne identitet, Lee University identificerer sig selv som “en Campus, hvor Kristus er Konge.”