Dette underavsnittet i Funksjonsseksjonen angir posisjonen(e) og typen(e) av sinkfinger i proteinet.
en sinkfinger er et lite, funksjonelt, uavhengig foldet domene som koordinerer en eller flere sinkioner for å stabilisere strukturen gjennom cystein og/eller histidinrester. Sink fingrene er strukturelt mangfoldig og viser et bredt spekter av funksjoner, FRA DNA – ELLER RNA-binding til protein-protein interaksjoner og membran forening.
Typer sink finger
Det er mer enn 40 typer sink fingre annotert I UniProtKB. DE vanligste ER C2H2-typen, CCHC-typen, PHD-typen og RINGTYPEN.
Eksempler: Q7Z142, P55197, Q9P2R3, Q9P2G1, Q9P2S6, Q8IUH5, P19811, Q92793, P36406, O95081, Q9ULV3
Annotering av sink fingre spådd Ved Hjelp Av interpro ressurser
vi kommenterer en rekke sink fingre definert av interpro resources prosite, Pfam OG SMART. Antall og type spådd sink fingre er spesifisert i ‘Sekvens likheter’ ledd av ‘Familie Og Domener’ seksjon.
Eksempel: P75093
a) sinkfinger av typen c2h2
Sinkfingerproteiner AV TYPEN C2H2 er blant de hyppigst forekommende proteinene I Genomet Til Homo sapiens. DE FLESTE c2h2-type sinkfingerproteiner er transkripsjonelle aktivatorer eller repressorer som binder DNA. C2h2-type sink fingre er ofte funnet i flere kopier i samme protein, i hvilket tilfelle enkelte kopier er nummerert. Nummerering av sink fingre er valgfritt hvis proteinet er et fragment Ved n-terminus og ingen fullstendig orthologe sekvens er tilgjengelig fra hvilken den nøyaktige nummerering kan utledes.
vi kommenterer c2h2-type sink fingre som kan oppdages ved Hjelp Av Pfam, SMART eller PROSITE profil PS50157 og PROSITE mønster PS00028:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
profilen strekker seg fra de 2 rester som går foran den første cystein (dette begynner vanligvis med en aromatisk rest) til den andre histidin. Det tildelte området er normalt det for profilen.
Eksempel: P08045
c2h2-type sink fingre er ofte forbundet med følgende domener: KRAB (transkripsjonell undertrykkelse), SCAN box eller LeR (oligomerisering – alltid før KRAB hvis KRAB er tilstede i proteinet), BTB/POZ (homodimerization – aldri funnet i kombinasjon MED SCAN eller KRAB), SET (metylering) og Homeobox (DNA-bindende). Bortsett Fra Homeobox-domenet, er disse andre domenene nesten alltid funnet I den n-terminale delen av proteinet før sinkfingeren.
b) Atypiske og degenererte sink fingre
Atypiske sink fingre er de som avviker fra en konsensusprofil eller mønster, men som likevel beholder evnen til å binde sink. Disse kan omfatte sink fingre der cystein er erstattet av histidin eller hvor avstanden mellom cystein eller histidin rester er litt endret på en av følgende måter:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
Eksempel: P47043
Degenererte sink fingre er de som avviker fra en konsensusprofil eller mønster, og som også har mistet evnen til å binde sink. Disse kan omfatte sink fingre der cystein er erstattet av andre aminosyrer enn histidin eller hvor avstanden mellom cystein eller histidin rester er utenfor området for normal eller atypisk sink fingre, eller avkortet sink fingre.
Eksempler: Q80ZQ5, Q19203, Q15911
Annotering av sink fingre ikke representert I InterPro
Mange sink fingre kan ikke beskrives av en bestemt familie profil eller mønster som bare aminosyrer som koordinerer sink ion er bevart. Derav antall og type av slike sink fingre er ikke spesifisert i ‘Sekvens likheter’ ledd av ‘Familie Og Domener’ seksjon.
slike sink fingre er vanligvis oppkalt etter mønsteret av cystein eller histidin rester som koordinerer sink ion: C4-type, C5-type, C2H3-type og så videre.
sinkfinger av c4-typen
sinkfinger Av c4-typen kjennetegnes av 4 cysteinrester som koordinerer sink og ikke deler ytterligere sekvenslikhet – for eksempel er avstandene mellom cysteinrester ikke bevart. C4-type sink fingre finnes innenfor DNA-bindende regioner av noen godt karakteriserte familier av nukleare reseptorer.
Eksempel: P10827
i arkea og bakterier finnes c4-type sinkfinger i et begrenset antall proteiner, inkludert noen konserverte proteinfamilier. Disse inkluderer UvrA-underfamilien TIL ABC transportører (mf_00205-familien), clpX chaperone-familien (mf_00175-familien) og recR-familien (mf_00017-familien). Vi annoterer disse svært konserverte c4-type sink fingrene, men de som ikke finnes i andre proteiner, med mindre det er noen gode bevis.
Eksempler: Q8UF86, P0A6H1, P24277
Relaterte nøkkelord:
metallbinding,
Sink,
Sinkfinger.
Se også:
DNA-binding
Domene
Motiv
Region
Gjenta