deze subsectie van de Functiesectie specificeert de positie(s) en het type (n) van zinkvingers binnen het eiwit.
een zinkvinger is een klein, functioneel, onafhankelijk gevouwen domein dat een of meer zinkionen coördineert om zijn structuur door cysteïne en/of histidineresiduen te stabiliseren. De zinkvingers zijn structureel divers en stellen een brede waaier van functies, van DNA – of RNA-band aan eiwit-eiwitinteractie en membraanassociatie tentoon.
soorten zinkvinger
er zijn meer dan 40 soorten zinkvinger geannoteerd in UniProtKB. De meest voorkomende zijn het C2H2-type, het CCHC-type, het PHD-type en het RING-type.
voorbeelden: Q7Z142, P55197, Q9P2R3, Q9P2G1, Q9P2S6, Q8IUH5, P19811, Q92793, P36406, O95081, Q9ULV3
annotatie van zinkvingers voorspeld met behulp van InterPro-bronnen
we annoteren een verscheidenheid aan zinkvingers gedefinieerd door de InterPro-bronnen PROSITE, Pfam en SMART. Het aantal en het type voorspelde zinkvingers wordt gespecificeerd in de sectie “Sequence similarities” van de sectie “Family and Domains”.
voorbeeld: P75093
a) zinkvinger van het C2H2-type
zinkvinger-eiwitten van het C2H2-type behoren tot de meest voorkomende eiwitten in het genoom van Homo sapiens. De meeste C2H2-type de vingerproteã nen van het zink zijn transcriptional activators of onderdrukkers die DNA binden. C2H2-type zinkvingers worden vaak gevonden in meerdere kopieën in hetzelfde eiwit, in welk geval individuele kopieën worden genummerd. De nummering van zinkvingers is facultatief als de proteã Ne een fragment bij het n-eindpunt is en er geen volledige orthologe opeenvolging beschikbaar is waaruit de nauwkeurige nummering kan worden afgeleid.
we annoteren zinkvingers van het C2H2-type die kunnen worden gedetecteerd met Pfam, SMART of het PROSITE-profiel PS50157 en het PROSITE-patroon PS00028:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
het profiel strekt zich uit van de 2 residuen voorafgaand aan de eerste cysteïne (dit begint meestal met een Aromatisch residu) tot het tweede histidine. Het toegewezen bereik is normaal gesproken dat van het profiel.
voorbeeld: P08045
C2H2-type zinkvingers worden vaak geassocieerd met de volgende domeinen: KRAB (transcriptionele onderdrukking), Scanbox of LeR (oligomerisatie – altijd vóór KRAB indien KRAB aanwezig is in het eiwit), BTB/POZ (homodimerisatie – nooit gevonden in combinatie met SCAN of KRAB), SET (methylering) en Homeobox (DNA-binding). Behalve voor het Homeobox domein, worden deze andere domeinen bijna altijd gevonden in de n-eindsectie van het eiwit vóór de zinkvinger.
b) atypische en gedegenereerde zinkvingers
atypische zinkvingers zijn die welke afwijken van een consensusprofiel of-patroon, maar niettemin het vermogen behouden zink te binden. Deze kunnen zinkvingers omvatten waarin cysteïne door histidine wordt vervangen of waarbij de afstand tussen cysteïne of histidineresiduen op een van de volgende manieren lichtjes wordt veranderd:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
voorbeeld: p47043
gedegenereerde zinkvingers zijn vingers die afwijken van een consensusprofiel of-patroon en die ook het vermogen om zink te binden hebben verloren. Deze kunnen zinkvingers omvatten waarin cysteïne wordt vervangen door andere aminozuren dan histidine of waar de afstand tussen cysteïne of histidineresiduen buiten het bereik van normale of atypische zinkvingers of afgeknotte zinkvingers ligt.
voorbeelden: Q80ZQ5, Q19203, Q15911
annotatie van zinkvingers niet vertegenwoordigd in InterPro
veel zinkvingers kunnen niet worden beschreven door een specifiek Familieprofiel of patroon omdat alleen de aminozuren die het zinkion coördineren behouden blijven. Het aantal en het type van dergelijke zinkvingers is daarom niet gespecificeerd in de subsectie “Sequence similarities” van de sectie “Family and Domains”.
deze zinkvingers worden meestal genoemd naar het patroon van cysteïne-of histidineresiduen die het zinkion coördineren: C4-type, C5-type, C2H3-type, enzovoort.
C4-zinkvingers
C4-zinkvingers worden gekarakteriseerd door 4 cysteïneresiduen die zink coördineren en geen verdere sequentiegelijkenissen vertonen – zo worden de afstanden tussen de cysteïneresiduen niet bewaard. C4-type zinkvingers worden gevonden binnen de DNA-bindende gebieden van sommige goed gekarakteriseerde families van nucleaire receptoren.
voorbeeld: P10827
in archaea en bacteriën worden C4-type zinkvingers aangetroffen in een beperkt aantal eiwitten, waaronder enkele geconserveerde eiwitfamilies. Deze omvatten de uvra subfamilie van ABC transporters (mf_00205 familie), de clpx chaperone familie (mf_00175 familie) en de recR familie (mf_00017 familie). We annoteren deze zeer geconserveerde C4-type zinkvingers, maar die niet gevonden in andere eiwitten, tenzij er goed bewijs is.
voorbeelden: Q8uf86, P0A6H1, P24277
gerelateerde zoekwoorden:
metaalbinding,
zink,
zinkvinger.
zie ook:
DNA-binding
domein
motief
Regio
herhaal