założona w okresie Gallo-Roman, Cytadela wywodzi swoją reputację z jego 3 kilometry (1.9 mi) długie podwójne otaczające mury przeplatane przez 52 wieże. Miasto ma około 2500 lat historii i było okupowane w różnych wiekach przez Rzymian, Wizygotów i krzyżowców. Na początku swojej historii była to Gaulijska osada, a następnie w III wieku n. e.Rzymianie postanowili przekształcić ją w ufortyfikowane miasto. Rzymskie umocnienia istniały do 333 roku n. e., kiedy to miasto zostało opisane jako castellum. Pierwotne mury wspierały od 34 do 40 wież, rozmieszczonych od 18 do 30 metrów wzdłuż muru kurtynowego. Każda wieża była półkolista na planie i miała około 14 metrów wysokości. Do miasta znajdowało się prawdopodobnie 40 głównych wejść.
Gallo-Rzymskie mury zostały odbudowane podczas okupacji miasta przez Wizygotów w V i VI wieku, ale pierwotna struktura pozostała na miejscu.
Bernard Aton IV Trencavel, wicehrabia Albi, Nîmes i Béziers, wprowadził okres dobrobytu dla miasta z licznymi projektami budowlanymi. W tym okresie w Langwedocji narodziła się nowa sekta znana jako Kataryzm. W 1096 roku wicehrabia Trencavel zezwolił na budowę Bazyliki Saint-Nazaire z błogosławieństwem papieża Urbana II. W 1107 obywatele odrzucili jego zwierzchnictwo i wezwali Ramona Berenguera III, hrabiego Barcelony, do usunięcia go. Jednak z pomocą Bertranda, hrabiego Tuluzy, Bernard Aton odzyskał kontrolę nad Cité. W 1120 doszło do drugiego buntu, ale Bernard Aton przywrócił porządek kilka lat później. W 1130 roku rozpoczął budowę pałacu dla siebie i odbudowę Gallo-rzymskich fortyfikacji. Miasto Carcassonne zostało po raz pierwszy otoczone kompletną fortyfikacją.
w tym czasie miasto liczyło od trzech do czterech tysięcy mieszkańców, w tym mieszkańców dwóch osiedli pod murami Cité: bourg Saint-Vincent na północy i bourg Saint-Michel na południe od bramy Narbońskiej.
w 1208 roku papież Innocenty III wezwał baronów północy do rozpoczęcia krucjaty przeciwko katarom, począwszy od Krucjaty Albigeńskiej. Hrabia Tuluzy, oskarżony o herezję, i jego główny wasal, Wicehrabia Trencavel, byli głównym celem tego ataku. 1 sierpnia 1209 miasto zostało oblegane przez krzyżowców. Raimond-Roger Trencavel poddał się szybko 15 sierpnia w zamian za życie mieszkańców. Miasto wokół Cité zostało zniszczone, a mieszkańcy wypędzeni. Wicehrabia zmarł na czerwonkę w swoim zamku 10 listopada 1209 roku.
jego ziemie zostały przekazane Szymonowi de Montfortowi, przywódcy krzyżowców. Gdy zmarł w 1218 roku podczas oblężenia Tuluzy, jego syn, Amaury de Montfort, przejął Cité, ale nie był w stanie go utrzymać. Przekazał je Francji Ludwikowi VIII, ale Raymond VII z Tuluzy i hrabiowie Foix sprzymierzyli się przeciwko niemu. W 1224 r. Raimond II Trencavel odzyskał Cité. Ludwik VIII rozpoczął jednak kolejną krucjatę w 1226 roku. Od tego czasu Cité stało się domeną królewską. Nastał okres terroru, z licznymi masakrami i Inkwizycją.
po 1226 roku dobudowano dodatkową linię fortyfikacji poza murami rzymskimi. Miasto zostało ostatecznie przyłączone do Królestwa Francji w 1247 R. zapewniło silną granicę francuską między Francją a koroną Aragonii. W tym okresie wewnętrzne, Rzymskie mury zostały w dużej mierze wyburzone i zastąpione, natomiast nowe mury zewnętrzne zostały wzmocnione i przedłużone na południe. Nowe wieże zbudowane podczas tych prac były głównie okrągłe, ale dwie były kwadratowe. Budowa trwała do panowania króla Filipa IV na początku XIV wieku.
w 1659 roku, po traktacie pirenejskim, Prowincja Roussillon stała się częścią Francji, a miasto straciło znaczenie militarne. Fortyfikacje zostały opuszczone, a miasto stało się jednym z ośrodków gospodarczych Francji, koncentrując się na wełnianym przemyśle włókienniczym.
w 1849 r.rząd francuski zdecydował o wyburzeniu fortyfikacji miejskich. Decyzja ta spotkała się z zdecydowanym sprzeciwem miejscowej ludności. Jean-Pierre Cros-Mayrevieille i Prosper Mérimée, wybitny archeolog i historyk, poprowadzili kampanię na rzecz zachowania twierdzy jako zabytku historycznego. Rząd później odwrócił decyzję i w 1853 roku rozpoczęto prace konserwatorskie. Architekt Eugène Viollet-le-Duc został oskarżony o renowację twierdzy. Twórczość Viollet-le-Duca była za jego życia krytykowana jako nieodpowiednia dla klimatu i tradycji regionu. Po jego śmierci w 1879 roku prace konserwatorskie kontynuował jego uczeń Paul Boeswillwald, a później architekt Nodet.
Cytadela została odrestaurowana pod koniec XIX wieku, a w 1997 roku została wpisana na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO. Wizerunek historycznego miasta Carcassonne pojawia się na godle lokalnej drużyny rugby league, jako Carcassonne.