ten podrozdział sekcji funkcyjnej określa pozycję (- y) i typ (- Y) palców cynkowych w obrębie białka.
palec cynkowy jest małą, funkcjonalną, niezależnie złożoną domeną, która koordynuje jeden lub więcej jonów cynku, aby ustabilizować jego strukturę za pomocą reszt cysteiny i/lub histydyny. Palce cynkowe są zróżnicowane strukturalnie i wykazują szeroki zakres funkcji, od wiązania DNA lub RNA do interakcji białko-białko i asocjacji błonowej.
rodzaje palców cynkowych
w UniProtKB opisano ponad 40 rodzajów palców cynkowych. Najczęstsze są typu C2H2, typu CCHC, typu PHD i typu pierścieniowego.
przykłady: Q7Z142, P55197, Q9P2R3, Q9P2G1, Q9P2S6, Q8IUH5, P19811, Q92793, P36406, O95081, Q9ULV3
opisywanie palców cynkowych przewidywanych za pomocą zasobów InterPro
opisujemy różne palce cynkowe zdefiniowane przez zasoby InterPro PROSITE, PFAM i Smart. Liczba i rodzaj przewidywanych palców cynkowych jest określona w podsekcji „podobieństwa sekwencji” w sekcji „Rodzina i domeny”.
przykład: P75093
a) palce cynkowe typu C2H2
białka palców cynkowych typu C2H2 należą do najczęściej występujących białek w genomie Homo sapiens. Większość białek palca cynkowego typu C2H2 to aktywatory transkrypcyjne lub represory, które wiążą DNA. Palce cynkowe typu C2H2 występują często w wielu kopiach tego samego białka, w którym to przypadku poszczególne kopie są numerowane. Numeracja palców cynkowych jest opcjonalna, jeśli białko jest fragmentem na N-końcu i nie jest dostępna pełna sekwencja ortologiczna, z której można wywnioskować dokładną numerację.
oznaczamy palce cynkowe typu C2H2, które można wykryć za pomocą Pfam, SMART lub profilu PROSITE PS50157 i wzoru PROSITE PS00028:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
profil rozciąga się od 2 reszt poprzedzających pierwszą cysteinę (zwykle zaczyna się to od reszty aromatycznej) do drugiej histydyny. Przypisany zakres jest zwykle zakresem profilu.
przykład: P08045
palce cynkowe typu C2H2 są często związane z następującymi domenami: KRAB (represja transkrypcyjna), SCAN box lub LeR (oligomeryzacja-zawsze przed Krabem, jeśli KRAB jest obecny w białku), BTB/POZ (homodimeryzacja – nigdy nie występuje w połączeniu ze SCAN lub KRAB), SET (metylacja) i Homeobox (Wiązanie DNA). Z wyjątkiem domeny Homeobox, te inne domeny prawie zawsze znajdują się w n-końcowej części białka przed palcem cynkowym.
b) nietypowe i zwyrodniałe palce cynkowe
nietypowe palce cynkowe to te, które odbiegają od profilu lub wzorca konsensusu, ale mimo to zachowują zdolność wiązania cynku. Mogą to być palce cynkowe, w których cysteinę zastępuje histydyna lub gdzie odstępy między cysteiną lub pozostałościami histydyny są nieznacznie zmienione w jeden z następujących sposobów:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
przykład: P47043
zdegenerowane palce cynkowe to te, które odbiegają od profilu konsensusu lub wzoru i które również utraciły zdolność wiązania cynku. Mogą one obejmować palce cynkowe, w których cysteinę zastępuje się aminokwasami innymi niż histydyna lub gdzie odstępy między cysteiną lub pozostałościami histydyny wykraczają poza zakres normalnych lub nietypowych palców cynkowych lub obciętych palców cynkowych.
przykłady: Q80ZQ5, Q19203, Q15911
adnotacja o palcach cynkowych nie przedstawionych w InterPro
wiele palców cynkowych nie może być opisanych przez określony profil rodziny lub wzór, ponieważ tylko aminokwasy koordynujące jon cynku są zachowane. Stąd liczba i rodzaj takich palców cynkowych nie jest określona w podsekcji „podobieństwa sekwencji” sekcji „Rodzina i domeny”.
takie palce cynkowe są ogólnie nazwane wzorem reszt cysteiny lub histydyny, które koordynują jon cynku: Typ C4, Typ C5, Typ C2H3 i tak dalej.
palce cynkowe typu C4
palce cynkowe typu C4 charakteryzują się 4 resztami cysteiny, które koordynują cynk i nie mają dalszego podobieństwa sekwencji-na przykład odległości między resztami cysteiny nie są zachowane. Palce cynkowe typu C4 znajdują się w regionach wiążących DNA niektórych dobrze scharakteryzowanych rodzin receptorów jądrowych.
przykład: P10827
u archeonów i bakterii palce cynkowe typu C4 występują w ograniczonej liczbie białek, w tym w niektórych rodzinach białek konserwowanych. Należą do nich Podrodzina uvra transporterów ABC (rodzina mf_00205), rodzina clpx (rodzina mf_00175) i rodzina recR (rodzina mf_00017). Opisujemy te wysoce zachowane palce cynkowe typu C4, ale te, których nie ma w innych białkach, chyba że istnieją jakieś dobre dowody.
przykłady: Q8uf86, P0A6H1, P24277
Powiązane słowa kluczowe:
oprawa metalowa,
cynkowa,
palec Cynkowy.
Zobacz też:
domena
motyw
Region
powtórz