análise da expressão diferencial significa tomar os dados normalizados da contagem de leituras e realizar análises estatísticas para descobrir alterações quantitativas nos níveis de expressão entre grupos experimentais. Por exemplo, usamos testes estatísticos para decidir se, para um dado gene, uma diferença observada nas contagens de leitura é significativa, ou seja, se é maior do que seria esperado apenas devido à variação aleatória natural.
Métodos para a análise da expressão diferencial de
Existem diferentes métodos para a análise da expressão diferencial de como edgeR e DESeq com base em binomial negativa (NB) distribuições ou baySeq e EBSeq que são Bayesiana de abordagens baseadas em um modelo binomial negativa. É importante considerar o projeto experimental ao escolher um método de análise. Enquanto algumas das ferramentas de expressão diferencial só podem realizar comparações par a par, outras como edgeR, limma-voom, DESeq e maSigPro podem realizar comparações múltiplas.
na Figura 11, abaixo, delineamos o gasoduto de processamento RNA-seq usado para gerar dados para expressão Atlas.
neste oleoduto leitura raw (arquivos FASTQ) passar por Avaliação de qualidade e filtragem. As leituras de qualidade filtradas estão alinhadas ao genoma de referência através do HISAT2. As leituras mapeadas são resumidas e agregadas sobre os genes via HTSeq. Para a expressão de base, o FPKMs é calculado a partir das contagens brutas pelo iRAP. Estas são médias para cada conjunto de replicados técnicos, e então quantil normalizadas dentro de cada conjunto de replicados biológicos usando limma.