esta subsecção da secção da função especifica a posição (ões) e o(S) Tipo (s) de dedos de zinco dentro da proteína.
um dedo de zinco é um pequeno, funcional, domínio independentemente dobrado que coordena um ou mais iões de zinco para estabilizar a sua estrutura através de cisteína e/ou resíduos de histidina. Os dedos de zinco são estruturalmente diversos e exibem uma ampla gama de funções, desde a ligação DNA – ou RNA às interações proteína-proteína e associação membrana.
tipos de dedo de zinco
existem mais de 40 tipos de dedos de zinco anotados no UniProtKB. Os mais frequentes são o tipo C2H2, o tipo CCHC, o tipo PHD e o tipo anel.
Exemplos: Q7Z142, P55197, Q9P2R3, Q9P2G1, Q9P2S6, Q8IUH5, P19811, Q92793, P36406, O95081, Q9ULV3
Anotação de zinco dedos previstos usando a InterPro recursos
Nós anotar uma variedade de zinco dedos definido pela InterPro recursos PROSITE, Pfam e INTELIGENTE. O número e o tipo de dedos de zinco previstos são especificados na subsecção “semelhanças sequenciais” da secção “família e domínios”.
Example: P75093
a) C2H2-type zinc fingers
Zinc finger proteins of the C2H2-type are among the most frequently occurring proteins in the genome of Homo sapiens. A maioria das proteínas de zinco do tipo C2H2 são activadores transcritionais ou repressores que se ligam ao ADN. Dedos de zinco do tipo C2H2 são frequentemente encontrados em múltiplas cópias na mesma proteína, caso em que as cópias individuais são numeradas. A numeração dos dedos de zinco é opcional se a proteína é um fragmento no terminus N e nenhuma sequência ortóloga completa está disponível a partir da qual a numeração exata pode ser inferida.
anotamos os dedos de zinco do tipo C2H2 que podem ser detectados usando Pfam, SMART ou o perfil de PROSITE PS50157 e o padrão de PROSITE PS00028:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
o perfil estende-se desde os 2 resíduos anteriores à primeira cisteína (isto geralmente começa com um resíduo aromático) até à segunda histidina. O intervalo atribuído é normalmente o do perfil.
exemplo: P08045
C2H2-tipo de zinco dedos são frequentemente associados com os seguintes domínios: CASCUDO (transcrição da repressão), caixa de VERIFICAÇÃO ou a LeR (a oligomerização – sempre antes de SIRI o SIRI se presente na proteína), BTB/POZ (homodimerization – nunca encontrado em combinação com o SCAN ou SIRI), SET (metilação) e Homeobox (DNA-binding). Com exceção do domínio Homebox, esses outros domínios são quase sempre encontrados na seção N-terminal da proteína antes do dedo de zinco.
B) dedos atípicos e degenerados de zinco
dedos atípicos de zinco são aqueles que se desviam de um perfil consensual ou padrão, mas que, no entanto, mantêm a capacidade de ligar o zinco. Estes podem incluir o zinco dedos em que a cisteína é substituído por histidina ou onde o espaçamento entre cisteína ou resíduos de histidina é um pouco alterada de uma das seguintes maneiras:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
Exemplo: P47043
Degenerada dedos de zinco são aqueles que se desviam de um consenso perfil ou padrão e que também perderam a capacidade de se ligar de zinco. Estes podem incluir dedos de zinco em que a cisteína é substituída por aminoácidos que não a histidina ou em que o espaçamento entre os resíduos de cisteína ou histidina está fora da Gama de dedos de zinco normais ou atípicos, ou dedos de zinco truncados.
Exemplos: Q80ZQ5, Q19203, Q15911
Anotação de zinco dedos que não estão representados no InterPro
Muitos dedos de zinco não pode ser descrita por uma família específica de perfil ou padrão de medida que apenas os aminoácidos que coordenar o íon zinco são conservados. Por conseguinte, o número e o tipo desses dedos de zinco não são especificados na subsecção “semelhanças sequenciais” da secção “família e domínios”.
tais dedos de zinco são geralmente nomeados para o padrão de resíduos de cisteína ou histidina que coordenam o íon de zinco: C4-tipo, C5-tipo, C2H3-tipo e assim por diante.
dedos Tipo C4 de zinco
dedos Tipo C4 de zinco são caracterizados por 4 resíduos de cisteína que coordenam zinco e não compartilham maior similaridade de seqüência – por exemplo, as distâncias entre os resíduos de cisteína não são conservadas. Dedos de zinco Tipo C4 são encontrados dentro das regiões de ligação de DNA de algumas famílias bem caracterizadas de receptores nucleares.Exemplo: P10827
em archaea e bactérias, dedos de zinco do tipo C4 são encontrados em um número limitado de proteínas, incluindo algumas famílias de proteínas conservadas. Estes incluem a subfamília UvrA de transportadores ABC( família MF_00205), a família clpx chaperone (família MF_00175) e a família recR (família MF_00017). Nós anotamos estes dedos altamente conservados C4-tipo de zinco, mas aqueles não encontrados em outras proteínas, a menos que haja alguma boa evidência.Exemplos: Q8uf86, P0A6H1, P24277
palavras-chave relacionadas:
ligação ao Metal,
zinco,
dedo de zinco.
Veja também:
DNA binding
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