această subsecțiune a secțiunii funcției Specifică poziția(pozițiile) și tipul(tipurile) degetelor de zinc din cadrul proteinei.
un deget de zinc este un domeniu mic, funcțional, pliat independent, care coordonează unul sau mai mulți ioni de zinc pentru a-și stabiliza structura prin reziduuri de cisteină și/sau histidină. Degetele de Zinc sunt diverse din punct de vedere structural și prezintă o gamă largă de funcții, de la legarea ADN – ului sau ARN-ului la interacțiunile proteină-proteină și asocierea membranei.
tipuri de deget de zinc
există mai mult de 40 de tipuri de degete de zinc adnotate în UniProtKB. Cele mai frecvente sunt tipul C2H2, tipul CCHC, tipul PHD și tipul inelar.
Exemple: Q7Z142, P55197, Q9P2R3, Q9P2G1, Q9P2S6, Q8IUH5, P19811, Q92793, P36406, O95081, Q9ULV3
adnotarea degetelor de zinc prezise folosind resursele InterPro
adnotăm o varietate de degete de zinc definite de resursele interpro prosite, pfam și Smart. Numărul și tipul degetelor de zinc prevăzute sunt specificate în subsecțiunea’ asemănări de secvență ‘din secțiunea’ familie și domenii’.
exemplu: P75093
a) degetele de zinc de tip C2H2
proteinele degetelor de Zinc de tip C2H2 sunt printre cele mai frecvente proteine din genomul Homo sapiens. Majoritatea proteinelor degetului de zinc de tip C2H2 sunt activatori transcripționali sau represori care leagă ADN-ul. Degetele de zinc de tip C2H2 se găsesc frecvent în mai multe copii în aceeași proteină, caz în care copiile individuale sunt numerotate. Numerotarea degetelor de zinc este opțională dacă proteina este un fragment la capătul N și nu este disponibilă o secvență ortologică completă din care se poate deduce numerotarea exactă.
adnotăm degetele de zinc de tip C2H2 care pot fi detectate folosind Pfam, SMART sau profilul PROSITE PS50157 și modelul PROSITE PS00028:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
profilul se extinde de la cele 2 reziduuri care preced prima cisteină (aceasta începe în general cu un reziduu aromatic) până la a doua histidină. Intervalul atribuit este în mod normal cel al profilului.
exemplu: P08045
degetele de zinc de tip C2H2 sunt frecvent asociate cu următoarele domenii: KRAB (represiune transcripțională), SCAN box sau LeR (oligomerizare-întotdeauna înainte de KRAB dacă KRAB este prezent în proteină), BTB/POZ (homodimerizare – niciodată găsită în combinație cu SCAN sau KRAB), SET (metilare) și Homeobox (legare ADN). Cu excepția domeniului Homeobox, aceste alte domenii se găsesc aproape întotdeauna în secțiunea N-terminală a proteinei înainte de degetul de zinc.
B) degetele de zinc atipice și degenerate
degetele de zinc atipice sunt cele care se abat de la un profil sau model de consens, dar care păstrează totuși capacitatea de a lega zincul. Acestea pot include degetele de zinc în care cisteina este înlocuită cu histidină sau în care distanța dintre reziduurile de cisteină sau histidină este ușor modificată într – unul din următoarele moduri:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
exemplu: p47043
degetele de zinc Degenerate sunt cele care se abat de la un profil sau model de consens și care au pierdut, de asemenea, capacitatea de a lega zincul. Acestea pot include degetele de zinc în care cisteina este înlocuită cu alți aminoacizi decât histidina sau în care distanța dintre reziduurile de cisteină sau histidină este în afara intervalului degetelor de zinc normale sau atipice sau degetelor de zinc trunchiate.
Exemple: Q80ZQ5, Q19203, Q15911
adnotarea degetelor de zinc nereprezentate în InterPro
multe degete de zinc nu pot fi descrise printr-un profil sau model familial specific, deoarece se conservă doar aminoacizii care coordonează ionul de zinc. Prin urmare, numărul și tipul acestor degete de zinc nu sunt specificate în subsecțiunea ‘asemănări de secvență’ din secțiunea ‘familie și domenii’.
astfel de degete de zinc sunt denumite în general pentru modelul reziduurilor de cisteină sau histidină care coordonează ionul de zinc: Tip C4, tip C5, tip C2H3 și așa mai departe.
degetele de zinc de tip C4
degetele de zinc de tip C4 sunt caracterizate de 4 reziduuri de cisteină care coordonează zincul și nu împărtășesc similitudini ulterioare ale secvenței-de exemplu, distanțele dintre reziduurile de cisteină nu sunt conservate. Degetele de zinc de tip C4 se găsesc în regiunile de legare a ADN-ului unor familii bine caracterizate de receptori nucleari.
exemplu: P10827
în archaea și bacterii, degetele de zinc de tip C4 se găsesc într-un număr limitat de proteine, inclusiv unele familii de proteine conservate. Acestea includ subfamilia UvrA a transportatorilor ABC (familia MF_00205), familia chaperone clpX (familia MF_00175) și familia recR (familia MF_00017). Adnotăm aceste degete de zinc de tip C4 foarte conservate, dar cele care nu se găsesc în alte proteine, cu excepția cazului în care există dovezi bune.
Exemple: Q8UF86, P0A6H1, P24277
cuvinte cheie similare:
metal-obligatoriu,
Zinc,
Zinc deget.
Vezi și:
legare ADN
domeniu
motiv
Regiune
repetare