detta underavsnitt i Funktionssektionen anger position(er) och typ(er) för zinkfingrar i proteinet.
ett zinkfinger är en liten, funktionell, oberoende vikad domän som samordnar en eller flera zinkjoner för att stabilisera sin struktur genom cystein och/eller histidinrester. Zinkfingrar är strukturellt olika och uppvisar ett brett spektrum av funktioner, från DNA – eller RNA-bindning till protein-proteininteraktioner och membranförening.
typer av zinkfinger
det finns mer än 40 typer av zinkfingrar kommenterade i UniProtKB. De vanligaste är C2H2-typen, CCHC-typen, PHD-typen och RINGTYPEN.
exempel: Q7Z142, P55197, Q9P2R3, Q9P2G1, Q9P2S6, Q8IUH5, P19811, Q92793, P36406, O95081, Q9ULV3
Annotation av zinkfingrar förutsagda med InterPro-resurser
vi kommenterar en mängd zinkfingrar definierade av interpro resurser prosite, PFAM och smart. Antalet och typen av förutsagda zinkfingrar anges i underavsnittet ’Sekvenslikheter’ i avsnittet ’familj och domäner’.
exempel: P75093
a) C2H2-typ zinkfingrar
Zinkfingerproteiner av C2H2-typen är bland de vanligaste proteinerna i genomet av Homo sapiens. De flesta zinkfingerproteiner av C2H2-typ är transkriptionsaktivatorer eller repressorer som binder DNA. C2H2-typ zinkfingrar finns ofta i flera kopior i samma protein, i vilket fall enskilda kopior numreras. Numrering av zinkfingrar är valfritt om proteinet är ett fragment vid N-terminalen och ingen fullständig orthologous sekvens är tillgänglig från vilken den exakta numreringen kan härledas.
vi kommenterar zinkfingrar av C2H2-typ som kan detekteras med Pfam, SMART eller PROSITE-profilen PS50157 och PROSITE-mönstret PS00028:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
profilen sträcker sig från de 2 rester som föregår den första cysteinen (detta börjar vanligtvis med en aromatisk rest) till den andra histidin. Det tilldelade intervallet är normalt profilens.
exempel: P08045
C2H2-typ zinkfingrar är ofta associerade med följande domäner: KRAB (transkriptionell förtryck), SCAN box eller LeR (oligomerisering – alltid före KRAB om KRAB finns i proteinet), BTB/POZ (homodimerisering – hittades aldrig i kombination med SCAN eller KRAB), SET (metylering) och Homeobox (DNA-bindning). Förutom Homeobox-domänen finns dessa andra domäner nästan alltid i den N-terminala delen av proteinet före zinkfingeren.
b) atypiska och degenererade zinkfingrar
atypiska zinkfingrar är de som avviker från en konsensusprofil eller ett mönster men som ändå behåller förmågan att binda zink. Dessa kan inkludera zinkfingrar där cystein ersätts med histidin eller där avståndet mellan cystein-eller histidinrester förändras något på något av följande sätt:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
exempel: P47043
degenererade zinkfingrar är de som avviker från en konsensusprofil eller ett mönster och som också har förlorat förmågan att binda zink. Dessa kan inkludera zinkfingrar där cystein ersätts med andra aminosyror än histidin eller där avståndet mellan cystein-eller histidinrester ligger utanför intervallet för normala eller atypiska zinkfingrar eller stympade zinkfingrar.
exempel: Q80ZQ5, Q19203, Q15911
annotering av zinkfingrar som inte representeras i InterPro
många zinkfingrar kan inte beskrivas med en specifik familjeprofil eller mönster eftersom endast aminosyrorna som koordinerar zinkjonen bevaras. Därför anges inte antalet och typen av sådana zinkfingrar i underavsnittet ’ Sekvenslikheter ’i avsnittet’ familj och domäner’.
sådana zinkfingrar är i allmänhet namngivna för mönstret av cystein – eller histidinrester som samordnar zinkjonen: C4-typ, C5-typ, C2H3-typ och så vidare.
C4-typ zinkfingrar
C4-typ zinkfingrar kännetecknas av 4 cysteinrester som samordnar zink och delar inte ytterligare sekvenslikhet – till exempel är avstånden mellan cysteinresterna inte bevarade. C4-typ zinkfingrar finns inom de DNA-bindande regionerna hos vissa väl karakteriserade familjer av kärnreceptorer.
exempel: P10827
i archaea och bakterier finns zinkfingrar av C4-typ i ett begränsat antal proteiner, inklusive vissa konserverade proteinfamiljer. Dessa inkluderar UVRA-underfamiljen till ABC-transportörer (mf_00205-familjen), clpX chaperone-familjen (mf_00175-familjen) och recR-familjen (mf_00017-familjen). Vi kommenterar dessa mycket konserverade zinkfingrar av C4-typ, men de som inte finns i andra proteiner, såvida det inte finns några bra bevis.
exempel: Q8UF86, P0A6H1, P24277
relaterade nyckelord:
metallbindande,
zink,
Zinkfinger.
Se även:
DNA-bindning
domän
motiv
Region
upprepa