citadellet blev grundlagt i den Gallo-romerske periode og får sit ry fra sine 3 kilometer (1,9 mi) lange dobbelte omgivende vægge ispedd 52 tårne. Byen har omkring 2.500 års historie og har været besat i forskellige aldre af romere, vestgoter og korsfarere. I begyndelsen af sin historie var det en gallisk bosættelse, da romerne i det 3.århundrede e. kr. besluttede at omdanne den til en befæstet by. Det romerske forsvar var på plads i 333 E. kr., da byen beskrives som et castellum. De oprindelige vægge blev understøttet af mellem 34 og 40 tårne, fordelt fra 18 Til 30 meter fra hinanden langs gardinvæggen. Hvert tårn var halvcirkelformet og omkring 14 meter højt. Der var sandsynligvis 40 hovedindgange til byen.
de Gallo-romerske mure blev genopbygget under Byens besættelse af vestgoterne i det 5.og 6. århundrede, men den oprindelige struktur forblev på plads.
Bernard Aton IV Trencavel, vicomte af Albi, N. I denne periode opstod en ny sekt kendt som Katarisme i Languedoc. I 1096 blev den vicomte af Trencavel godkendte opførelsen af basilikaen Saint-Nasaire med velsignelse af Pave Urban II. I 1107 afviste borgerne hans suverænitet og opfordrede Ramon Berenguer III, greve af Barcelona for at fjerne ham. Men med hjælp fra Bertrand, Grev af Toulouse, genvandt Bernard Aton kontrollen over byen Kristian. I 1120 var der et andet oprør, men Bernard aton genoprettede orden et par år senere. I 1130 begyndte han opførelsen af et palads for sig selv og restaurering af de Gallo-romerske befæstninger. Citristen af Carcassonne var omgivet af en komplet befæstning for første gang.
på dette tidspunkt havde byen en stor befolkning på tre til fire tusind, inklusive beboerne i de to bosættelser under byens mure: bourg Saint-Vincent mod nord og bourg Saint-Michel syd for Narbon-porten.
i 1208 opfordrede Pave Innocent III Nordens baroner til at montere et korstog mod katarerne, begyndende med Albigensian korstog. Greven af Toulouse, anklaget for kætteri, og hans vigtigste vasal, Vicomte af Trencavel, var hovedmålet for dette angreb. Den 1.August 1209 blev Bykrus belejret af korsfarerne. Raimond-Roger Trencavel overgav sig hurtigt den 15.August til gengæld for borgernes liv. Byen omkring byen blev ødelagt, og borgerne blev drevet ud. Vicomte døde af dysenteri i sit eget slot den 10. November 1209.
hans lande blev givet til Simon de Montfort, lederen af korsfarerne. Da han døde i 1218 ved belejringen af Toulouse, tog hans søn, Amaury de Montfort, byen i besiddelse, men var ude af stand til at opretholde den. Han afstod det til Louis VIII af Frankrig, men Raymond VII af Toulouse og greverne af Foiks allierede sig mod ham. I 1224 tog Raimond II Trencavel byen tilbage. Imidlertid lancerede Louis VIII endnu et korstog i 1226. Fra den tid frem, Citkrus blev et kongeligt domæne. En periode med terror fulgte med adskillige massakrer og inkvisitionen.
efter 1226 blev der tilføjet en yderligere befæstningslinje uden for de romerske mure. Byen blev endelig knyttet til Kongeriget Frankrig i 1247 e.kr. Det gav en stærk fransk grænse mellem Frankrig og kronen af Aragon. I denne periode blev de indre romerske mure stort set revet ned og udskiftet, mens de nye ydre vægge blev forstærket og udvidet mod syd. De nye tårne, der blev bygget under dette arbejde, var hovedsageligt cirkulære, men to var firkantede. Byggeriet fortsatte ind i kong Philip IVS regeringstid i det tidlige 14.århundrede.
i 1659, efter Pyrenæernes traktat, blev provinsen Roussillon en del af Frankrig, og byen mistede sin militære betydning. Befæstninger blev opgivet, og byen blev et af de økonomiske centre i Frankrig og koncentrerede sig om uldtekstilindustrien.
i 1849 besluttede den franske regering, at byens befæstninger skulle nedrives. Denne beslutning var stærkt imod lokalbefolkningen. Jean-Pierre Cros-Mayrevieille og Prosper m Kristirim, en fremtrædende arkæolog og historiker, førte en kampagne for at bevare fæstningen som et historisk monument. Regeringen vendte senere sin beslutning om, og i 1853 begyndte restaureringsarbejdet. Arkitekten Eugenicherviolet Viollet-le-Duc blev anklaget for renovering af fæstningen. Viollet-le-Ducs arbejde blev kritiseret i løbet af hans levetid som upassende for klimaet og traditionerne i regionen. Efter hans død i 1879 blev restaureringsarbejdet videreført af hans elev, Paul Boesvilvald, og senere af arkitekten Nodet.
citadellet blev restaureret i slutningen af det 19.århundrede, og i 1997 blev det føjet til UNESCOs liste over verdensarvsteder. Et billede af den historiske by Carcassonne vises på emblemet for det lokale rugbyligahold, som Carcassonne.