Po Amin je odstranění, Uganda Národní Osvobozenecká Fronta vznikla prozatímní vláda s Yusuf Lule jako prezident a Jeremiáš Lucas Opira jako Generální Tajemník UNLF. Tato vláda přijala ministerský systém správy a vytvořila kvazi-parlamentní orgán známý jako Národní poradní komise (NCC). NCC a kabinet Lule odrážely široce odlišné politické názory. V červnu 1979, po sporu o rozsah prezidentských pravomocí, NCC nahradil Lulea Godfreyem Binaisou.
v pokračujícím sporu o pravomoci prozatímního předsednictví byl Binaisa v květnu 1980 odvolán. Poté, Ugandě vládla vojenská komise, které předsedal Paulo Muwanga. Volby v prosinci 1980 vrátily UPC k moci pod vedením Miltona Oboteho, přičemž Muwanga působil jako viceprezident. Pod Obote, bezpečnostní síly, byl jeden z světa je nejhorší lidská práva záznamů. Ve snaze potlačit povstání vedené armádou Národního odporu Yoweri Museveniho (NRA) zpustošili podstatnou část země, zejména v oblasti Luwero severně od Kampaly.
Obote vládl až do 27. července 1985, kdy armádní brigády, složené převážně z etnických Acholi vojáků a velel Lt. Gen. Bazilio Olaru-Okello, vzal Kampala a vyhlásil vojenskou vládu. Obote uprchl do exilu v Zambii. Nový režim v čele s bývalým velitelem obranných sil generálem Titem Okellem (žádný vztah k Generálporučíkovi. Olara-Okello), zahájil jednání s Museveniho povstaleckými silami a zavázal se zlepšit dodržování lidských práv, ukončit kmenové soupeření a vést svobodné a spravedlivé volby. Mezitím pokračovalo masivní porušování lidských práv, když vláda Okello provedla brutální protipovstání ve snaze zničit podporu NRA.
Jednání mezi Okello vlády a NRA byly provedeny v Nairobi na podzim roku 1985, s Keňský Prezident Daniel arap Moi, kteří hledají klid zbraní a koaliční vlády v Ugandě. Ačkoliv souhlasili v roce 1985 na příměří, NRA pokračoval v boji, a chytil Kampala a zemi, na konci ledna 1986, nutí Okello síly uprchnout na sever do Súdánu. Museveniho síly zorganizovaly vládu s Musevenim jako prezidentem.
Od převzetí moci, vláda dominuje politické uskupení vytvořené Museveni a jeho následovníci, Národní Hnutí Odporu (NRM nebo „Hnutí“), má do značné míry ukončily porušování lidských práv, které předchozí vlády, zahájila podstatné politické liberalizace a obecné svobody tisku, a zavedl široké ekonomické reformy po konzultaci s Mezinárodní Měnový Fond, Světová Banka, dárcovské vlády.
v severních oblastech, jako je Acholiland, existuje od roku 1986 ozbrojený odpor proti vládě. Mezi povstalecké skupiny založené na Acholi patřila Ugandská Lidově demokratická armáda a hnutí Ducha Svatého. Jediný zbývající povstalecká skupina Armáda božího Odporu vedená Josephem Kony, jejichž povstání rozsáhlé únosů dětí násilně rekrutovat je, nebo je použít jako sexuální otrokyně.
V roce 1996, Ugandě byl klíčovým zastáncem svržení Zairskou Prezident Mobutu Sese Seko v První Konžské Války ve prospěch vůdce rebelů Laurenta-Désiré Kabily.
21 centuryEdit
Mezi rokem 1998 a 2003, Ugandské Armády byl zapojen do Druhé Konžské Války v Demokratické Republice Kongo. Uganda nadále podporuje tamní povstalecké skupiny hnutí za osvobození Konga a některé frakce shromáždění za Konžskou demokracii.
srpnu 2005 Parlament hlasoval pro změnu ústavy, aby zrušila omezení funkčního období, což umožňuje Museveni kandidovat na třetí funkční období, pokud si přál, aby tak učinily. V referendu v červenci 2005, 92.5 procent voličů podpořilo obnovení vícestranné politiky, čímž zrušilo systém bez strany nebo „hnutí“. Kizza Besigye, Museveniho politický soupeř, se vrátil z exilu v říjnu 2005 a byl prezidentským kandidátem během voleb v roce 2006. Ve stejném měsíci zemřel Obote v Jižní Africe. Museveni vyhrál prezidentské volby v únoru 2006.
v roce 2009 byl navržen a zvažován návrh zákona proti homosexualitě. Bylo navrženo, dne 13. října 2009 Člen Parlamentu Davida Bahatiho a, pokud by byl přijat, by rozšířila kriminalizaci homosexuality v Ugandě; zaveden trest smrti pro lidi, kteří mají předchozí odsouzení, jsou HIV-pozitivní, nebo se zapojit do sexuálních aktů s osoby mladší 18 let; představil vydání pro ty, kteří účast na stejné pohlaví, sexuální vztahy mimo Ugandy; a potrestán jednotlivců, firem, organizací, médií či nevládních organizací, kteří podpořili LGBT práva.
11. července 2010 atentátníci z al-Šabábu zabili v Kampale 74 lidí. Dne 13. září 2014, Ugandské bezpečnostní a zpravodajské služby, s podporou Spojených Států, identifikovány a zmařil hlavní teroristický útok v Kampale. Našli sebevražedné vesty, improvizovaných výbušných zařízení, a malé ruce, a zatkli 19 lidí, kteří byli podezřelí, že měli vazby na al-Shabaab. Tento útok mohl být stejně podstatný jako útok v Nairobi během předchozího roku ve Westgate Mall. Místo toho to byl neúspěch pro al-Shabaab.
ugandské všeobecné volby 2016 se konaly v Ugandě dne 18. února 2016 za účelem volby prezidenta a parlamentu. Volební den byl vyhlášen státním svátkem. Před volbami, Museveni popsal vytvoření Východoafrické federace spojující Ugandu, Tanzanie, Keňa, Rwanda, Burundi, a Jižní Súdán jako „cíl číslo jedna, na který bychom se měli zaměřit.“V září 2018 výbor byl tvořen pro zahájení procesu přípravy regionální ústavy a návrhu ústavy pro konfederaci je napsáno do roku 2021, s prováděním konfederace do roku 2023.
2021 Ugandské všeobecných volbách znovu zvolen prezident Museveni na šestý termín, ale mezinárodní pozorovatelé si stěžovali na vládní násilí a dezinformace, potlačení nezávislých sdělovacích prostředků a opozičních kampaní, zatýkání představitelů opozice, vypnutí Internetu a obtěžování pozorovatelů. Podle oficiálních výsledků Museveni vyhrál volby s 58% hlasů, zatímco popstar-otočený politik Bobi Wine měl 35%. Opozice výsledek zpochybnila kvůli nařčení z rozsáhlých podvodů a nesrovnalostí.