Después de la destitución de Amin, el Frente de Liberación Nacional de Uganda formó un gobierno interino con Yusuf Lule como presidente y Jeremiah Lucas Opira como Secretario General de la UNLF. Este gobierno adoptó un sistema de administración ministerial y creó un órgano cuasiparlamentario conocido como la Comisión Consultiva Nacional. El NCC y el gabinete de Lule reflejaron opiniones políticas muy diferentes. En junio de 1979, tras una disputa sobre el alcance de los poderes presidenciales, el NCC reemplazó a Lule con Godfrey Binaisa.
En una disputa continua sobre los poderes de la presidencia interina, Binaisa fue removida en mayo de 1980. Posteriormente, Uganda fue gobernada por una comisión militar presidida por Paulo Muwanga. Las elecciones de diciembre de 1980 devolvieron a la UPC al poder bajo el liderazgo de Milton Obote, con Muwanga sirviendo como vicepresidente. Bajo Obote, las fuerzas de seguridad tenían uno de los peores registros de derechos humanos del mundo. En sus esfuerzos por acabar con una insurgencia dirigida por el Ejército de Resistencia Nacional (NRA) de Yoweri Museveni, arrasaron una parte sustancial del país, especialmente en la zona de Luwero, al norte de Kampala.
Obote gobernó hasta el 27 de julio de 1985, cuando una brigada del ejército, compuesta principalmente por tropas de etnia Acholi y comandada por el Teniente General Bazilio Olara-Okello, tomó Kampala y proclamó un gobierno militar. Obote huyó al exilio en Zambia. El nuevo régimen, encabezado por el ex comandante de las fuerzas de defensa, General Tito Okello (sin relación con el Teniente General. Olara-Okello), inició negociaciones con las fuerzas insurgentes de Museveni y se comprometió a mejorar el respeto de los derechos humanos, poner fin a la rivalidad tribal y celebrar elecciones libres y justas. Mientras tanto, continuaron las violaciones masivas de los derechos humanos mientras el gobierno de Okello llevaba a cabo una brutal contrainsurgencia en un intento de destruir el apoyo de la NRA.
Las negociaciones entre el gobierno de Okello y la NRA se llevaron a cabo en Nairobi en el otoño de 1985, con el presidente keniano Daniel arap Moi buscando un alto el fuego y un gobierno de coalición en Uganda. Aunque a finales de 1985 acordaron un alto el fuego, la NRA continuó luchando y se apoderó de Kampala y del país a finales de enero de 1986, obligando a las fuerzas de Okello a huir al norte hacia Sudán. Las fuerzas de Museveni organizaron un gobierno con Museveni como presidente.
Desde que asumió el poder, el gobierno dominado por el grupo político creado por Museveni y sus seguidores, el Movimiento de Resistencia Nacional (MNR o el «Movimiento»), ha puesto fin en gran medida a los abusos de los derechos humanos de gobiernos anteriores, ha iniciado una liberalización política sustancial y la libertad de prensa en general, e instituido amplias reformas económicas después de consultar con el Fondo Monetario Internacional, el Banco Mundial y los gobiernos donantes.
En las zonas septentrionales, como Acholiland, ha habido resistencia armada contra el gobierno desde 1986. Los grupos rebeldes con base en Acholi incluían el Ejército Democrático Popular de Uganda y el Movimiento Espíritu Santo. El único grupo rebelde que queda es el Ejército de Resistencia del Señor encabezado por Joseph Kony, cuya insurgencia llevó a cabo el secuestro generalizado de niños para reclutarlos por la fuerza o utilizarlos como esclavos sexuales.
En 1996, Uganda fue un partidario clave del derrocamiento del presidente zaireño Mobutu Sese Seko en la Primera Guerra del Congo a favor del líder rebelde Laurent-Désiré Kabila.
Siglo 21editar
Entre 1998 y 2003, el Ejército ugandés participó en la Segunda Guerra del Congo en la República Democrática del Congo. Uganda sigue apoyando a los grupos rebeldes del Movimiento para la Liberación del Congo y a algunas facciones de la Coalición para la Democracia Congoleña.
En agosto de 2005, el Parlamento votó a favor de cambiar la constitución para levantar los límites del mandato presidencial, permitiendo a Museveni postularse para un tercer mandato si así lo deseaba. En un referéndum celebrado en julio de 2005, 92.el 5 por ciento de los votantes apoyó la restauración de la política multipartidista, eliminando así el sistema de «movimiento» o sin partidos. Kizza Besigye, rival político de Museveni, regresó del exilio en octubre de 2005 y fue candidato presidencial durante las elecciones de 2006. En el mismo mes, Obote murió en Sudáfrica. Museveni ganó las elecciones presidenciales de febrero de 2006.
En 2009, se propuso y se estaba examinando el proyecto de ley contra la Homosexualidad. Se propuso el 13 de octubre de 2009, por el Miembro del Parlamento David Bahati y, de haber sido promulgada, habría ampliado la criminalización de la homosexualidad en Uganda; introdujo la pena de muerte para las personas que tienen condenas anteriores, que son VIH-positivas, o participar en actos sexuales con menores de 18 años; introdujo la extradición de los que intervienen en el mismo sexo, las relaciones sexuales fuera de Uganda; y, penalizado individuos, empresas, organizaciones de medios de comunicación o las organizaciones no gubernamentales que apoyaron los derechos de los LGBT.
On 11 July 2010, al-Shabaab bombers killed 74 people in Kampala. El 13 de septiembre de 2014, los servicios de seguridad e inteligencia de Uganda, con la asistencia de los Estados Unidos, identificaron y frustraron un importante ataque terrorista en Kampala. Recuperaron chalecos suicidas, artefactos explosivos improvisados y armas pequeñas, y detuvieron a 19 personas de las que se sospechaba que tenían vínculos con al-Shabaab. Este ataque podría haber sido tan sustancial como el ataque en Nairobi durante el año anterior en el centro comercial Westgate. En cambio, fue un fracaso para al-Shabaab.
Las elecciones generales de Uganda de 2016 se celebraron en Uganda el 18 de febrero de 2016 para elegir al presidente y al parlamento. El día de las elecciones fue declarado feriado nacional. Antes de las elecciones, Museveni describió la formación de una Federación de África Oriental que uniera a Uganda, Tanzania, Kenia, Ruanda, Burundi y Sudán del Sur como «el objetivo número uno al que deberíamos apuntar.»En septiembre de 2018 se formó un comité para comenzar el proceso de redacción de una constitución regional, y se espera que se escriba un proyecto de constitución para una confederación para 2021, con la implementación de la confederación para 2023.
Las elecciones generales ugandesas de 2021 reeligieron al presidente Museveni para un sexto mandato, pero los observadores internacionales se quejaron de la violencia y la desinformación del gobierno, la supresión de los medios de comunicación independientes y las campañas de la oposición, el arresto de líderes de la oposición, el cierre de Internet y el acoso a los observadores. Según los resultados oficiales, Museveni ganó las elecciones con el 58% de los votos, mientras que la estrella pop convertida en política Bobi Wine obtuvo el 35%. La oposición impugnó el resultado debido a acusaciones de fraude e irregularidades generalizados.