după îndepărtarea lui Amin, Frontul de Eliberare Națională din Uganda a format un guvern interimar cu Yusuf Lule ca președinte și Jeremiah Lucas Opira ca secretar general al UNLF. Acest guvern a adoptat un sistem ministerial de administrare și a creat un organ cvasi-parlamentar cunoscut sub numele de Comisia Consultativă Națională (NCC). NCC și cabinetul Lule au reflectat opinii politice foarte diferite. În iunie 1979, în urma unei dispute privind amploarea puterilor prezidențiale, NCC l-a înlocuit pe Lule cu Godfrey Binaisa.
într-o dispută continuă asupra puterilor Președinției interimare, Binaisa a fost înlăturată în mai 1980. Ulterior, Uganda a fost condusă de o comisie militară prezidată de Paulo Muwanga. Alegerile din decembrie 1980 au readus UPC la putere sub conducerea Milton Obote, Muwanga servind ca vicepreședinte. Sub Obote, forțele de securitate au avut una dintre cele mai grave înregistrări ale drepturilor omului din lume. În eforturile lor de a elimina o insurgență condusă de Yoweri Museveniarmata Națională de rezistență (NRA), au risipit o secțiune substanțială a țării, în special în Luwero zona de la nord de Kampala.
Obote a domnit până la 27 iulie 1985, când o brigadă a armatei, compusă în mare parte din trupe etnice Acholi și comandată de generalul locotenent Bazilio Olara-Okello, a luat Kampala și a proclamat un guvern militar. Obote a fugit în exil în Zambia. Noul regim, condus de fostul comandant al forțelor de apărare, generalul Tito Okello (fără nicio legătură cu generalul locotenent. Olara-Okello), a deschis negocieri cu forțele insurgente ale lui Museveni și s-a angajat să îmbunătățească respectarea drepturilor omului, să pună capăt rivalității tribale și să organizeze alegeri libere și corecte. Între timp, încălcările masive ale drepturilor omului au continuat pe măsură ce guvernul Okello a efectuat o contrainsurgență brutală în încercarea de a distruge sprijinul ANR.
negocierile dintre Guvernul Okello și ANR au avut loc la Nairobi în toamna anului 1985, Președintele Kenyan Daniel arap Moi căutând o încetare a focului și un guvern de coaliție în Uganda. Deși a fost de acord la sfârșitul anului 1985 cu o încetare a focului, NRA a continuat să lupte și a confiscat Kampala și țara la sfârșitul lunii ianuarie 1986, forțând forțele lui Okello să fugă spre nord în Sudan. Forțele lui Museveni au organizat un guvern cu Museveni ca președinte.
de la preluarea puterii, guvernul dominat de gruparea politică creată de Museveni și adepții săi, Mișcarea Națională de rezistență (NRM sau „mișcarea”), a pus în mare măsură capăt abuzurilor drepturilor omului ale guvernelor anterioare, a inițiat liberalizarea politică substanțială și libertatea generală a presei și a instituit reforme economice ample după consultarea cu Fondul Monetar Internațional, Banca Mondială și guvernele donatoare.
în zonele nordice, cum ar fi Acholiland, a existat o rezistență armată împotriva guvernului din 1986. Grupurile rebele bazate pe Acholi au inclus Armata Democrată Populară din Uganda și mișcarea Duhului Sfânt. Singurul grup rebel rămas este armata de rezistență a Domnului condusă de Joseph Kony, a cărui insurgență a efectuat răpirea pe scară largă a copiilor pentru a-i recruta cu forța sau a-i folosi ca sclavi sexuali.
în 1996, Uganda a fost un susținător cheie al răsturnării Președintelui Zairean Mobutu Sese Seko în Primul Război din Congo în favoarea liderului rebel Laurent-d Inktsir inkt Kabila.
secolul 21edit
între 1998 și 2003, Armata ugandeză a fost implicată în al doilea război Congo în Republica Democrată Congo. Uganda continuă să sprijine grupurile rebele de acolo mișcarea pentru eliberarea Congo și unele facțiuni ale mitingului pentru democrația congoleză.
August 2005, Parlamentul a votat pentru modificarea Constituției pentru a ridica limitele mandatului prezidențial, permițându-i lui Museveni să candideze pentru un al treilea mandat dacă dorește acest lucru. Într-un referendum din iulie 2005, 92.5% dintre alegători au susținut restaurarea politicii multipartite, eliminând astfel sistemul fără partid sau „mișcare”. Kizza Besigye, rivalul politic al lui Museveni, s-a întors din exil în octombrie 2005 și a fost candidat la președinție în timpul alegerilor din 2006. În aceeași lună, Obote a murit în Africa de Sud. Museveni a câștigat alegerile prezidențiale din februarie 2006.
în 2009, proiectul de lege Anti-homosexualitate a fost propus și în curs de examinare. A fost propusă la 13 octombrie 2009 de către deputatul David Bahati și, dacă ar fi fost adoptată, ar fi extins incriminarea homosexualității în Uganda; a introdus pedeapsa cu moartea pentru persoanele care au condamnări anterioare, sunt HIV-pozitive sau se angajează în acte sexuale cu cei sub 18 ani; a introdus extrădarea pentru cei care se angajează în relații sexuale de același sex în afara Ugandei; și, a penalizat persoane, companii, organizații media sau organizații neguvernamentale care susțineau drepturile LGBT.
la 11 iulie 2010, bombardierele al-Shabaab au ucis 74 de persoane în Kampala. La 13 septembrie 2014, serviciile de securitate și informații ugandeze, cu asistența Statelor Unite, au identificat și au împiedicat un atac terorist major în Kampala. Au recuperat veste sinucigașe, dispozitive explozive improvizate și arme de calibru mic și au arestat 19 persoane suspectate că ar fi avut legături cu al-Shabaab. Acest atac ar fi putut fi la fel de substanțial ca atacul din Nairobi din anul precedent la Westgate Mall. În schimb, a fost un eșec pentru al-Shabaab.
alegerile generale ugandeze din 2016 au avut loc în Uganda la 18 februarie 2016 pentru a alege președintele și Parlamentul. Ziua votării a fost declarată sărbătoare națională. Înainte de alegeri, Museveni a descris formarea unei federații din Africa de Est care să unească Uganda, Tanzania, Kenya, Rwanda, Burundi și Sudanul de Sud drept „ținta numărul unu pe care ar trebui să o vizăm.”În septembrie 2018 a fost format un comitet pentru a începe procesul de elaborare a unei constituții regionale, iar un proiect de Constituție pentru o confederație urmează să fie scris până în 2021, cu implementarea Confederației până în 2023.
alegerile generale din Uganda din 2021 l-au reales pe președintele Museveni pentru un al șaselea mandat, dar observatorii internaționali s-au plâns de violența și dezinformarea guvernului, suprimarea presei independente și a campaniilor opoziției, arestarea liderilor opoziției, închiderea Internetului și hărțuirea observatorilor. Potrivit rezultatelor oficiale, Museveni a câștigat alegerile cu 58% din voturi, în timp ce popstar-ul transformat în politician Bobi Wine a avut 35%. Opoziția a contestat rezultatul din cauza acuzațiilor de fraudă și nereguli pe scară largă.