Nach Amins Entfernung bildete die Nationale Befreiungsfront Ugandas eine Übergangsregierung mit Yusuf Lule als Präsident und Jeremiah Lucas Opira als Generalsekretär der UNLF. Diese Regierung verabschiedete ein ministerielles Verwaltungssystem und schuf ein quasi-parlamentarisches Organ, das als Nationale Beratende Kommission (NCC) bekannt ist. Der NCC und das Lule-Kabinett spiegelten sehr unterschiedliche politische Ansichten wider. Im Juni 1979, nach einem Streit über den Umfang der Befugnisse des Präsidenten, ersetzte der NCC Lule durch Godfrey Binaisa.
In einem anhaltenden Streit über die Befugnisse der Interimspräsidentschaft wurde Binaisa im Mai 1980 entfernt. Danach wurde Uganda von einer Militärkommission unter dem Vorsitz von Paulo Muwanga regiert. Die Wahlen im Dezember 1980 brachten die UPC unter der Führung von Milton Obote an die Macht, wobei Muwanga als Vizepräsident fungierte. Unter Obote hatten die Sicherheitskräfte eine der schlimmsten Menschenrechtsbilanzen der Welt. In ihren Bemühungen, einen von Yoweri Musevenis Nationaler Widerstandsarmee (NRA) angeführten Aufstand auszumerzen, verwüsteten sie einen wesentlichen Teil des Landes, insbesondere im Gebiet Luwero nördlich von Kampala.
Obote regierte bis zum 27. Juli 1985, als eine Armeebrigade, die hauptsächlich aus ethnischen Acholi-Truppen bestand und von Generalleutnant Bazilio Olara-Okello kommandiert wurde, Kampala einnahm und eine Militärregierung proklamierte. Obote floh ins Exil nach Sambia. Das neue Regime, angeführt vom ehemaligen Befehlshaber der Verteidigungskräfte, General Tito Okello (keine Beziehung zu Generalleutnant. Olara-Okello), eröffnete Verhandlungen mit Musevenis Aufständischen und versprach, die Achtung der Menschenrechte zu verbessern, die Rivalität der Stämme zu beenden und freie und faire Wahlen durchzuführen. In der Zwischenzeit setzten sich massive Menschenrechtsverletzungen fort, als die Okello-Regierung einen brutalen Aufstand gegen die Aufständischen durchführte, um die Unterstützung der NRA zu zerstören.
Verhandlungen zwischen der Okello-Regierung und der NRA wurden im Herbst 1985 in Nairobi geführt, wobei der kenianische Präsident Daniel arap Moi einen Waffenstillstand und eine Koalitionsregierung in Uganda anstrebte. Obwohl sie Ende 1985 einem Waffenstillstand zustimmte, kämpfte die NRA weiter und eroberte Kampala und das Land Ende Januar 1986 und zwang Okellos Streitkräfte, nach Norden in den Sudan zu fliehen. Musevenis Truppen organisierten eine Regierung mit Museveni als Präsidenten.
Seit ihrer Machtübernahme hat die von der von Museveni und seinen Anhängern geschaffenen politischen Gruppierung, der Nationalen Widerstandsbewegung (NRM oder „Bewegung“), dominierte Regierung die Menschenrechtsverletzungen früherer Regierungen weitgehend beendet, eine wesentliche politische Liberalisierung und allgemeine Pressefreiheit eingeleitet und nach Konsultation mit dem Internationalen Währungsfonds, der Weltbank und den Geberregierungen umfassende Wirtschaftsreformen eingeleitet.
In nördlichen Gebieten wie dem Acholiland gibt es seit 1986 bewaffneten Widerstand gegen die Regierung. Zu den in Acholi ansässigen Rebellengruppen gehörten die Demokratische Volksarmee Ugandas und die Heilig-Geist-Bewegung. Die einzige verbliebene Rebellengruppe ist die Lord’s Resistance Army unter der Leitung von Joseph Kony, deren Aufstand weit verbreitete Entführungen von Kindern durchführte, um sie gewaltsam zu rekrutieren oder als Sexsklaven einzusetzen.
1996 war Uganda ein wichtiger Unterstützer des Sturzes des zairischen Präsidenten Mobutu Sese Seko im Ersten Kongokrieg zugunsten des Rebellenführers Laurent-Désiré Kabila.
21.Jahrhundertbearbeiten
Zwischen 1998 und 2003 war die ugandische Armee am Zweiten Kongokrieg in der Demokratischen Republik Kongo beteiligt. Uganda unterstützt weiterhin Rebellengruppen dort Bewegung für die Befreiung des Kongo und einige Fraktionen der Kundgebung für die kongolesische Demokratie.
Im August 2005 stimmte das Parlament dafür, die Verfassung zu ändern, um die Amtszeitbeschränkungen des Präsidenten aufzuheben, so dass Museveni für eine dritte Amtszeit kandidieren kann, wenn er dies wünscht. In einem Referendum im Juli 2005, 92.5 Prozent der Wähler unterstützten die Wiederherstellung der Mehrparteienpolitik und damit die Abschaffung des Partei- oder „Bewegungs“ -Systems. Kizza Besigye, Musevenis politischer Rivale, kehrte im Oktober 2005 aus dem Exil zurück und war Präsidentschaftskandidat bei den Wahlen 2006. Im selben Monat starb Obote in Südafrika. Museveni gewann die Präsidentschaftswahlen im Februar 2006.
Im Jahr 2009 wurde das Anti-Homosexualitätsgesetz vorgeschlagen und geprüft. Es wurde am 13. Oktober 2009 vom Abgeordneten David Bahati vorgeschlagen und hätte, wäre es in Kraft getreten, die Kriminalisierung der Homosexualität in Uganda ausgeweitet; die Todesstrafe für Menschen eingeführt, die vorbestraft sind, HIV-positiv sind oder sexuelle Handlungen mit Personen unter 18 Jahren begehen; die Auslieferung für diejenigen eingeführt, die sich außerhalb Ugandas mit gleichgeschlechtlichen sexuellen Beziehungen befassen; und Einzelpersonen, Unternehmen, Medienorganisationen oder Nichtregierungsorganisationen bestraft, die LGBT-Rechte unterstützten.
Am 11.Juli 2010 töteten Al-Shabaab-Bomber 74 Menschen in Kampala. Am 13.September 2014 identifizierten und vereitelten die ugandischen Sicherheits- und Nachrichtendienste mit Unterstützung der Vereinigten Staaten einen schweren Terroranschlag in Kampala. Sie stellten Selbstmordwesten, improvisierte Sprengkörper und Kleinwaffen sicher und verhafteten 19 Personen, die verdächtigt wurden, Verbindungen zu Al-Shabaab gehabt zu haben. Dieser Angriff hätte so umfangreich sein können wie der Angriff in Nairobi im Vorjahr in der Westgate Mall. Stattdessen war es ein Misserfolg für Al-Shabaab.
Die ugandischen Parlamentswahlen 2016 fanden am 18.Februar 2016 in Uganda statt, um den Präsidenten und das Parlament zu wählen. Der Wahltag wurde zum Nationalfeiertag erklärt. Im Vorfeld der Wahl bezeichnete Museveni die Bildung einer ostafrikanischen Föderation, die Uganda, Tansania, Kenia, Ruanda, Burundi und den Südsudan vereint, als „das Ziel Nummer eins, das wir anstreben sollten.“ Im September 2018 wurde ein Ausschuss gebildet, um mit der Ausarbeitung einer regionalen Verfassung zu beginnen, und bis 2021 soll ein Verfassungsentwurf für eine Konföderation verfasst werden, wobei die Konföderation bis 2023 umgesetzt werden soll.
Bei den ugandischen Parlamentswahlen 2021 wurde Präsident Museveni für eine sechste Amtszeit wiedergewählt, aber internationale Beobachter beklagten sich über Gewalt und Desinformation der Regierung, Unterdrückung unabhängiger Medien und Oppositionskampagnen, Verhaftung von Oppositionsführern, Abschaltung des Internets und Belästigung von Beobachtern. Laut offiziellen Ergebnissen gewann Museveni die Wahlen mit 58% der Stimmen, während Popstar-Turned-Politiker Bobi Wein hatte 35%. Die Opposition stellte das Ergebnis wegen Vorwürfen des weit verbreiteten Betrugs und der Unregelmäßigkeiten in Frage.