Esta subsección de la sección de función especifica la posición y el tipo de dedos de zinc dentro de la proteína.
Un dedo de zinc es un dominio pequeño, funcional, plegado de forma independiente que coordina uno o más iones de zinc para estabilizar su estructura a través de residuos de cisteína y/o histidina. Los dedos de zinc son estructuralmente diversos y exhiben una amplia gama de funciones, desde la unión de ADN o ARN hasta las interacciones proteína – proteína y la asociación de membrana.
Tipos de dedos de zinc
Hay más de 40 tipos de dedos de zinc anotados en UniProtKB. Los más frecuentes son el tipo C2H2, el tipo CCHC, el tipo PHD y el tipo de ANILLO.
Ejemplos: Q7Z142, P55197, Q9P2R3, Q9P2G1, Q9P2S6, Q8IUH5, P19811, Q92793, P36406, O95081, Q9ULV3
Anotación de dedos de zinc predichos usando recursos InterPro
Anotamos una variedad de dedos de zinc definidos por el InterPro resources PROSITE, Pfam e SMART. El número y el tipo de dedos de zinc previstos se especifican en la subsección «Similitudes de secuencia» de la sección «Familia y Dominios».
Ejemplo: P75093
a) Dedos de zinc de tipo C2H2
Las proteínas de dedos de zinc de tipo C2H2 se encuentran entre las proteínas que aparecen con más frecuencia en el genoma del Homo sapiens. La mayoría de las proteínas de dedo de zinc de tipo C2H2 son activadores transcripcionales o represores que se unen al ADN. Los dedos de zinc de tipo C2H2 se encuentran con frecuencia en múltiples copias en la misma proteína, en cuyo caso las copias individuales están numeradas. La numeración de dedos de zinc es opcional si la proteína es un fragmento en el extremo N y no hay una secuencia ortóloga completa disponible de la que se pueda inferir la numeración exacta.
Anotamos dedos de zinc de tipo C2H2 que se pueden detectar utilizando Pfam, SMART o el perfil de PROSITA PS50157 y el patrón de PROSITA PS00028:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
El perfil se extiende desde los 2 residuos que preceden a la primera cisteína (esto generalmente comienza con un residuo aromático) hasta la segunda histidina. El rango asignado es normalmente el del perfil.
Ejemplo: P08045
Los dedos de zinc de tipo C2H2 se asocian con frecuencia con los siguientes dominios: CANGREJO (represión transcripcional), caja de ESCANEO o LeR (oligomerización – siempre antes de CANGREJO si el CANGREJO está presente en la proteína), BTB/POZ (homodimerización – nunca encontrada en combinación con ESCANEO o CANGREJO), SET (metilación) y Homeobox (unión al ADN). A excepción del dominio Homeobox, estos otros dominios casi siempre se encuentran en la sección N-terminal de la proteína antes del dedo de zinc.
b) Dedos de zinc atípicos y degenerados
Los dedos de zinc atípicos son aquellos que se desvían de un perfil o patrón consensuado pero que, sin embargo, conservan la capacidad de unirse al zinc. Estos pueden incluir dedos de zinc en los que la cisteína se reemplaza por histidina o en los que el espacio entre los residuos de cisteína o histidina se altera ligeramente de una de las siguientes maneras:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
Ejemplo: P47043
Los dedos de zinc degenerados son aquellos que se desvían de un perfil o patrón de consenso y que también han perdido la capacidad de unirse al zinc. Estos pueden incluir dedos de zinc en los que la cisteína es reemplazada por aminoácidos distintos de la histidina o donde el espaciamiento entre los residuos de cisteína o histidina está fuera del rango de dedos de zinc normales o atípicos, o dedos de zinc truncados.
Ejemplos: Q80ZQ5, Q19203, Q15911
Anotación de dedos de zinc no representados en InterPro
Muchos dedos de zinc no se pueden describir mediante un perfil o patrón familiar específico, ya que solo se conservan los aminoácidos que coordinan el ion de zinc. Por lo tanto, el número y el tipo de dichos dedos de zinc NO se especifican en la subsección «Similitudes de secuencia» de la sección «Familia y Dominios».
Estos dedos de zinc generalmente se denominan por el patrón de residuos de cisteína o histidina que coordinan el ion de zinc: tipo C4, tipo C5, tipo C2H3, etc.
Dedos de zinc de tipo C4
Los dedos de zinc de tipo C4 se caracterizan por 4 residuos de cisteína que coordinan el zinc y no comparten más similitud de secuencias; por ejemplo, las distancias entre los residuos de cisteína no se conservan. Los dedos de zinc de tipo C4 se encuentran dentro de las regiones de unión al ADN de algunas familias bien caracterizadas de receptores nucleares.
Ejemplo: P10827
En arqueas y bacterias, los dedos de zinc de tipo C4 se encuentran en un número limitado de proteínas, incluidas algunas familias de proteínas conservadas. Estos incluyen la subfamilia UvrA de transportadores ABC (familia MF_00205), la familia de acompañantes clpX (familia MF_00175) y la familia recR (familia MF_00017). Anotamos estos dedos de zinc de tipo C4 altamente conservados, pero aquellos que no se encuentran en otras proteínas, a menos que haya alguna buena evidencia.
Ejemplos: Q8UF86, P0A6H1, P24277
Palabras clave relacionadas:
Encuadernación metálica,
Zinc,
Dedo de zinc.
Ver también:
Unión al ADN
Dominio
Motivo
Región
Repetición