Accessoires pigmenten zijn licht-absorberende stoffen, gevonden in fotosynthetische organismen, die werken in combinatie met chlorofyl-a. Zij zijn ook andere vormen van pigment, zoals chlorofyl b in groene algen en hogere plantaardige antennes, terwijl andere algen kunnen bevatten chlorofyl c of d. Daarnaast zijn er veel niet-chlorofyl accessoire pigmenten, zoals carotenoïden of phycobiliproteins, die ook licht absorberen en overdragen licht-energie te photosystem chlorofyl. Sommige van deze accessoire pigmenten, in het bijzonder de carotenoïden, dienen ook om overtollige lichtenergie op te nemen en af te voeren, of werken als antioxidanten. De grote, fysisch geassocieerde groep van chlorofyllen en andere accessoire pigmenten wordt soms aangeduid als een pigmentbed.
de verschillende chlorofyl-en niet-chlorofylpigmenten die met de fotosystemen worden geassocieerd, hebben allemaal verschillende absorptiespectra, hetzij omdat de spectra van de verschillende chlorofylpigmenten worden gewijzigd door hun lokale eiwitomgeving, hetzij omdat de bijbehorende pigmenten intrinsieke structurele verschillen vertonen. Het resultaat is dat in vivo een samengesteld absorptiespectrum van al deze pigmenten wordt verbreed en afgeplat, zodat een breder spectrum van zichtbare en infrarode straling wordt geabsorbeerd door planten en algen. De meeste fotosynthetische organismen absorberen groen licht niet goed, dus de meeste resterende licht onder bladafijnen in bossen of onder water met overvloedig plankton is groen, een spectraal effect genaamd de “groene venster”. Organismen zoals sommige cyanobacteriën en rode algen bevatten accessoire fycobiliproteïnen die groen licht absorberen dat deze habitats bereikt.In aquatische ecosystemen is het waarschijnlijk dat het absorptiespectrum van water, samen met gilvin en tripton (respectievelijk opgelost en fijnstof), fototrofe nichedifferentiatie bepaalt. De zes schouders in de lichtabsorptie van water tussen golflengten 400 en 1100 nm komen overeen met dalen in de collectieve absorptie van ten minste twintig verschillende soorten fototrofe bacteriën. Een ander effect is te wijten aan de algemene trend dat water lage frequenties absorbeert, terwijl gilvin en tripton hogere frequenties absorberen. Daarom is de open oceaan blauw en ondersteunt gele soorten zoals Prochlorococcus, die divinyl-chlorofyl A en b bevat. Synechococcus, rood gekleurd met phycoerythrine, is aangepast aan kustlichamen, terwijl phycocyanine cyanobacteriën laat gedijen in donkere binnenwateren.