kiegészítő pigmentek a fotoszintetikus organizmusokban található fényelnyelő vegyületek, amelyek a klorofillal együtt működnek a. ezek közé tartoznak a pigment egyéb formái, például a zöld algában található klorofill b és a magasabb növényi antennák, míg más algák tartalmazhatnak klorofill c vagy d. ezenkívül számos nem klorofill kiegészítő pigment létezik, például karotinoidok vagy fikobiliproteinek, amelyek szintén elnyelik a fényt, és átadják ezt a fényenergiát a fotorendszer klorofilljának. Ezen kiegészítő pigmentek egy része, különösen a karotinoidok, szintén a felesleges fényenergia elnyelésére és eloszlatására szolgálnak, vagy antioxidánsként működnek. A klorofillok és más kiegészítő pigmentek nagy, fizikailag társított csoportját néha pigmentágynak nevezik.
a fotorendszerekhez kapcsolódó különböző klorofill és nem klorofill pigmentek eltérő abszorpciós spektrummal rendelkeznek, vagy azért, mert a különböző klorofill pigmentek spektrumát helyi fehérje környezetük módosítja, vagy azért, mert a kiegészítő pigmentek belső szerkezeti különbségekkel rendelkeznek. Az eredmény az, hogy in vivo mindezen pigmentek összetett abszorpciós spektruma kiszélesedik és ellapul, így a látható és infravörös sugárzás szélesebb tartományát nyelik el a növények és az algák. A legtöbb fotoszintetikus organizmus nem szívja fel jól a zöld fényt, így az erdőkben vagy a bőséges planktonnal rendelkező víz alatt a levéltetvek alatt maradt legtöbb fény zöld, a “zöld ablaknak”nevezett spektrális hatás. Az olyan organizmusok, mint a cianobaktériumok és a vörös algák kiegészítő phycobiliproteineket tartalmaznak, amelyek elnyelik a zöld fényt, amely eléri ezeket az élőhelyeket.
a vízi ökoszisztémákban valószínű, hogy a víz abszorpciós spektruma, valamint a gilvin és a tripton (oldott és szemcsés szerves anyag) meghatározza a fototróf niche differenciálódást. A 400-1100 nm hullámhossz közötti víz fényelnyelésének hat válla megfelel legalább húsz különféle fototróf baktériumfaj kollektív abszorpciójának. Egy másik hatás annak az általános tendenciának köszönhető, hogy a víz elnyeli az alacsony frekvenciákat, míg a gilvin és a tripton elnyeli a magasabbakat. Ez az oka annak, hogy a nyílt óceán kék színűnek tűnik, és támogatja a sárga fajokat, mint például a prochlorococcus, amely divinil-klorofillt tartalmaz a és b. A phycoerythrinnel vörös színű Synechococcus a part menti testekhez igazodik, míg a phycocyanin lehetővé teszi a cianobaktériumok virágzását a sötétebb belvizekben.