na de verwijdering van Amin vormde het Uganda National Liberation Front een interim-regering met Yusuf Lule als president en Jeremiah Lucas Opira als secretaris-generaal van de UNLF. Deze regering nam een ministerieel bestuurssysteem aan en richtte een quasi-parlementair orgaan op dat bekend staat als de nationale Adviescommissie (NCC). De NCC en het kabinet-Lule hadden zeer uiteenlopende politieke standpunten. In juni 1979, na een geschil over de omvang van de presidentiële bevoegdheden, de NCC vervangen Lule door Godfrey Binaisa.In een voortdurend geschil over de bevoegdheden van het interimvoorzitterschap werd Binaisa in mei 1980 ontslagen. Daarna werd Oeganda geregeerd door een militaire commissie onder leiding van Paulo Muwanga. Bij de verkiezingen van december 1980 kwam de UPC weer aan de macht onder leiding van Milton Obote, met muwanga als vicepresident. Onder Obote hadden de veiligheidstroepen een van ‘ s werelds slechtste mensenrechtenrecords. In hun pogingen om een opstand onder leiding van Yoweri Museveni ‘ s National Resistance Army (NRA) uit te roeien, legden ze een groot deel van het land plat, vooral in het Luwero-gebied ten noorden van Kampala.Obote regeerde tot 27 juli 1985, toen een legerbrigade, die voornamelijk bestond uit etnische Acholi-troepen en onder leiding stond van luitenant-generaal Bazilio Olara-Okello, Kampala innam en een militaire regering uitriep. Obote vluchtte naar ballingschap in Zambia. Het nieuwe regime, geleid door voormalig commandant van de defensiemacht, generaal Tito Okello (geen relatie met luitenant-generaal). Olara-Okello), begon onderhandelingen met Museveni ‘ s opstandelingen en beloofde respect voor de mensenrechten te verbeteren, tribale rivaliteit te beëindigen en vrije en eerlijke verkiezingen te houden. In de tussentijd gingen de massale schendingen van de mensenrechten door toen de Okello-regering een brutale contra-opstand uitbracht in een poging om de steun van de NRA te vernietigen.
in de herfst van 1985 werden in Nairobi onderhandelingen gevoerd tussen de Okello-regering en de NRA, met de Keniaanse President Daniel arap Moi om een staakt-het-vuren en een coalitieregering in Oeganda te bewerkstelligen. Hoewel de NRA eind 1985 akkoord ging met een staakt-het-vuren, bleef ze vechten en veroverde Kampala en het land eind januari 1986, waardoor Okello ‘ s troepen moesten vluchten naar Soedan. Museveni ‘ s troepen organiseerden een regering met Museveni als president.Sinds de machtsovername heeft de regering, gedomineerd door de door Museveni en zijn volgelingen opgerichte politieke groepering, de nationale verzetsbeweging (NRM of de “beweging”), grotendeels een einde gemaakt aan de schendingen van de mensenrechten door eerdere regeringen, een substantiële politieke liberalisering en algemene persvrijheid in gang gezet en brede economische hervormingen doorgevoerd na overleg met het Internationaal Monetair Fonds, de Wereldbank en donorregeringen.In noordelijke gebieden zoals Acholiland is er sinds 1986 gewapend verzet tegen de regering. In Acholi gevestigde rebellengroepen waren onder meer Het Uganda People ‘ s Democratic Army en de Holy Spirit Movement. De enige overgebleven rebellengroep is het Lord ‘ s Resistance Army onder leiding van Joseph Kony, wiens opstand een wijdverbreide ontvoering van kinderen uitvoerde om hen met geweld te rekruteren of te gebruiken als seksslaven.In 1996 was Oeganda een groot voorstander van de omverwerping van de Zaïrese President Mobutu Sese Seko in de eerste Congo-oorlog ten gunste van rebellenleider Laurent-Désiré Kabila.Tussen 1998 en 2003 was het Oegandese leger betrokken bij de tweede Congo-oorlog in de Democratische Republiek Congo. Oeganda blijft steun verlenen aan rebellengroeperingen in de beweging voor de bevrijding van Congo en aan enkele facties van de Rally voor de Congolese democratie.In augustus 2005 stemde het Parlement voor een wijziging van de grondwet om de termijnlimieten voor het presidentschap op te heffen, waardoor Museveni voor een derde termijn mocht kiezen. In een referendum in juli 2005, 92.5 procent van de kiezers steunde het herstel van de meerpartijenpolitiek, waardoor het no-party-of “beweging” – systeem werd geschrapt. Kizza Besigye, Museveni ‘ s politieke rivaal, keerde terug uit ballingschap in oktober 2005 en was een presidentskandidaat tijdens de verkiezingen van 2006. In dezelfde maand overleed Obote in Zuid-Afrika. Museveni won de presidentsverkiezingen van februari 2006.
in 2009 werd de anti-homoseksualiteit wet voorgesteld en overwogen. Het werd op 13 oktober 2009 voorgesteld door parlementslid David Bahati en zou, als het was aangenomen, de criminalisering van homoseksualiteit in Oeganda hebben verbreed; de doodstraf hebben ingevoerd voor mensen die eerder zijn veroordeeld, HIV-positief zijn of seksuele handelingen verrichten met mensen onder de 18 jaar; uitlevering hebben ingevoerd voor mensen die buiten Oeganda seksuele relaties van hetzelfde geslacht aangaan; en personen, bedrijven, mediaorganisaties of niet-gouvernementele organisaties hebben gestraft die LGBT-rechten steunden.Op 11 juli 2010 hebben al-Shabaab-bommenwerpers 74 mensen gedood in Kampala. Op 13 September 2014 hebben de Oegandese veiligheids-en inlichtingendiensten, met de hulp van de Verenigde Staten, een grote terroristische aanslag in Kampala geïdentificeerd en verijdeld. Ze vonden zelfmoordvesten, geïmproviseerde explosieven en handvuurwapens en arresteerden 19 mensen die vermoedelijk banden hadden met al-Shabaab. Deze aanval had net zo groot kunnen zijn als de aanval in Nairobi in het afgelopen jaar bij Westgate Mall. In plaats daarvan was het een mislukking voor al-Shabaab.De Oegandese parlementsverkiezingen 2016 werden gehouden in Oeganda op 18 februari 2016 om de president en het parlement te kiezen. De verkiezingsdag werd uitgeroepen tot nationale feestdag. Voorafgaand aan de verkiezingen beschreef Museveni de vorming van een Oost-Afrikaanse Federatie die Oeganda, Tanzania, Kenia, Rwanda, Burundi en Zuid-Soedan verenigt als “het belangrijkste doel dat we moeten nastreven.”In September 2018 werd een comité gevormd om het proces van het opstellen van een regionale grondwet te beginnen, en een ontwerp grondwet voor een confederatie is ingesteld om te worden geschreven in 2021, met de implementatie van de Confederatie in 2023.De Oegandese parlementsverkiezingen van 2021 herkozen president Museveni voor een zesde termijn, maar internationale waarnemers klaagden over regeringsgeweld en desinformatie, onderdrukking van onafhankelijke media en campagne van de oppositie, de arrestatie van oppositieleiders, de sluiting van het Internet en intimidatie van waarnemers. Volgens de officiële uitslagen Won Museveni de verkiezingen met 58% van de stemmen, terwijl popster-geworden-politicus Bobi Wine 35% had. De oppositie betwistte het resultaat vanwege beschuldigingen van wijdverbreide fraude en onregelmatigheden.