po usunięciu Amina, Front Wyzwolenia Narodowego Ugandy utworzył rząd tymczasowy z Yusufem Lule jako prezydentem i Jeremiahem Lucasem Opirą jako Sekretarzem Generalnym UNLF. Rząd ten przyjął ministerialny system administracji i utworzył quasi-parlamentarny organ znany jako Krajowa Komisja Konsultacyjna (NCC). NCC i gabinet Lule odzwierciedlały bardzo różne poglądy polityczne. W czerwcu 1979, w wyniku sporu o zakres uprawnień prezydenckich, NCC zastąpiła Lule ’ a Godfreyem Binaisą.
w ciągłym sporze o uprawnienia prezydencji tymczasowej, Binaisa została usunięta w maju 1980. Następnie Ugandą rządziła Komisja Wojskowa pod przewodnictwem Paulo Muwangi. Wybory z grudnia 1980 przywróciły UPC do władzy pod przywództwem Miltona Obote, a Muwanga pełnił funkcję wiceprezydenta. Pod Obote siły bezpieczeństwa miały jedną z najgorszych na świecie kartotek dotyczących praw człowieka. W swoich wysiłkach, aby stłumić powstanie dowodzone przez Narodową armię oporu Yoweri Museveni (NRA), zniszczyli znaczną część kraju, zwłaszcza w rejonie Luwero na północ od Kampali.
Obote rządził do 27 lipca 1985, kiedy to Brygada Armii, złożona głównie z etnicznych oddziałów Acholi, dowodzona przez gen. Bazilio Olara-Okello, zajęła Kampalę i proklamowała rząd wojskowy. Obote uciekł na wygnanie do Zambii. Nowy reżim, na czele którego stanął były dowódca sił obronnych Gen. Tito Okello (brak pokrewieństwa z gen. por. Olara-Okello), rozpoczął negocjacje z siłami powstańczymi Museveniego i zobowiązał się do poprawy poszanowania praw człowieka, zakończenia rywalizacji plemiennej oraz przeprowadzenia wolnych i uczciwych wyborów. W międzyczasie, masowe łamanie praw człowieka nadal trwało, gdy rząd Okello przeprowadził brutalną walkę z rebelią, próbując zniszczyć poparcie NRA.
jesienią 1985 roku w Nairobi przeprowadzono negocjacje między rządem Okello a NRA, w których prezydent Kenii Daniel arap Moi dążył do zawieszenia broni i utworzenia koalicyjnego rządu w Ugandzie. Mimo że pod koniec 1985 r.NRA zgodziła się na zawieszenie broni, NRA kontynuowała walki i pod koniec stycznia 1986 r. zajęła Kampalę i kraj, zmuszając siły Okello do ucieczki na północ do Sudanu. Siły Museveni zorganizowały rząd z Museveni jako prezydentem.
od przejęcia władzy, rząd zdominowany przez ugrupowanie polityczne stworzone przez Museveniego i jego zwolenników, Narodowy Ruch Oporu (NRM lub „ruch”), w dużej mierze położył kres łamaniu praw człowieka przez wcześniejsze rządy, zainicjował znaczną liberalizację polityczną i ogólną wolność prasy oraz wprowadził szerokie reformy gospodarcze po konsultacji z Międzynarodowym Funduszem Walutowym, Bankiem Światowym i rządami donatorów.
na północnych obszarach, takich jak Acholiland, od 1986 roku istnieje zbrojny opór przeciwko rządowi. Grupy rebeliantów z siedzibą w Acholi obejmowały Ludowo-Demokratyczną armię Ugandy i ruch Ducha Świętego. Jedyną pozostałą grupą rebeliantów jest armia Lord 's Resistance dowodzona przez Josepha Kony’ ego, której rebelia przeprowadziła powszechne uprowadzanie dzieci, aby siłą rekrutować je lub wykorzystywać jako niewolników seksualnych.
w 1996 Uganda była głównym zwolennikiem obalenia Zairskiego prezydenta Mobutu Sese Seko w pierwszej wojnie Kongo na rzecz przywódcy rebeliantów Laurenta-Désiré Kabili.
XXI wiek
w latach 1998-2003 Armia Ugandyjska brała udział w ii wojnie kongijskiej w Demokratycznej Republice Konga. Uganda nadal wspiera tamtejsze grupy rebelianckie ruch na rzecz Wyzwolenia Konga i niektóre frakcje wiecu na rzecz Demokracji kongijskiej.
W referendum w lipcu 2005 roku 92.5 procent wyborców opowiedziało się za przywróceniem wielopartyjnej polityki, likwidując w ten sposób system bezpartyjny lub „ruchowy”. Kizza Besigye, rywal polityczny Museveni, powrócił z wygnania w październiku 2005 roku i był kandydatem na prezydenta w wyborach w 2006 roku. W tym samym miesiącu Obote zmarł w RPA. Museveni wygrał wybory prezydenckie w lutym 2006 roku.
w 2009 roku zaproponowano i rozważono projekt ustawy o przeciwdziałaniu homoseksualizmowi. Został on zaproponowany w dniu 13 października 2009 roku przez posła do Parlamentu Davida Bahatiego i, gdyby został przyjęty, rozszerzyłby kryminalizację homoseksualizmu w Ugandzie; wprowadził karę śmierci dla osób, które miały wcześniejsze wyroki skazujące, są zakażone wirusem HIV lub angażują się w akty seksualne z osobami poniżej 18 roku życia; wprowadził ekstradycję dla osób angażujących się w stosunki seksualne osób tej samej płci poza Ugandą; i ukarał osoby, firmy, organizacje medialne lub organizacje pozarządowe, które wspierały prawa LGBT.
w dniu 11 lipca 2010 r.bombowce al-Shabaab zabiły w Kampali 74 osoby. W dniu 13 września 2014 r.Ugandyjskie Służby Bezpieczeństwa i wywiadu, z pomocą Stanów Zjednoczonych, zidentyfikowały i udaremniły poważny atak terrorystyczny w Kampali. Odzyskali Kamizelki samobójcze, improwizowane urządzenia wybuchowe i broń strzelecką, a także aresztowali 19 osób podejrzewanych o powiązania z al-Shabaab. Ten atak mógł być równie poważny jak atak w Nairobi w poprzednim roku w Westgate Mall. Zamiast tego była to porażka dla al-Shabaab.
Dzień głosowania został ogłoszony świętem narodowym. Przed wyborami Museveni opisał powstanie Federacji Wschodnioafrykańskiej łączącej Ugandę, Tanzanię, Kenię, Rwandę, Burundi I Sudan Południowy jako „cel numer jeden, do którego powinniśmy dążyć.”We wrześniu 2018 r.utworzono komitet, który rozpoczął proces opracowywania konstytucji regionalnej, a projekt konstytucji Konfederacji ma zostać napisany do 2021 r., z wdrożeniem Konfederacji do 2023 r.
w wyborach powszechnych w Ugandzie w 2021 roku ponownie wybrano prezydenta Museveni na szóstą kadencję, ale międzynarodowi obserwatorzy skarżyli się na przemoc rządową i dezinformację, tłumienie niezależnych mediów i kampanii opozycji, aresztowanie liderów opozycji, zamknięcie Internetu i nękanie obserwatorów. Według oficjalnych wyników Museveni wygrał wybory z 58% głosów, podczas gdy Bobi Wine miał 35% głosów. Opozycja zakwestionowała wynik z powodu zarzutów o powszechne nadużycia finansowe i nieprawidłowości.