pigmenții accesorii sunt compuși absorbanți de lumină, găsiți în organismele fotosintetice, care funcționează împreună cu clorofila a. acestea includ alte forme ale acestui pigment, cum ar fi clorofila b în algele verzi și antenele superioare ale plantelor, în timp ce alte alge pot conține clorofila C sau d. în plus, există mulți pigmenți accesorii non-clorofilă, cum ar fi carotenoizii sau ficobiliproteinele, care absorb și lumina și transferă energia luminii către clorofila fotosistemului. Unii dintre acești pigmenți auxiliari, în special carotenoizii, servesc, de asemenea, la absorbția și disiparea excesului de energie luminoasă sau funcționează ca antioxidanți. Grupul mare, asociat fizic de clorofile și alți pigmenți accesorii este uneori denumit pat de pigment.
diferiții pigmenți clorofili și non-clorofili asociați fotosistemelor au spectre de absorbție diferite, fie pentru că spectrele diferiților pigmenți clorofili sunt modificați de mediul lor proteic local, fie pentru că pigmenții auxiliari au diferențe structurale intrinseci. Rezultatul este că, in vivo, un spectru de absorbție compozit al tuturor acestor pigmenți este lărgit și aplatizat astfel încât o gamă mai largă de radiații vizibile și infraroșii este absorbită de plante și alge. Majoritatea organismelor fotosintetice nu absorb bine lumina verde, astfel încât cea mai mare parte a luminii rămase sub copertinele frunzelor din păduri sau sub apă cu plancton abundent este verde, un efect spectral numit „fereastra verde”. Organisme precum unele cianobacterii și alge roșii conțin fitobiliproteine accesorii care absorb lumina verde care ajunge la aceste habitate.
în ecosistemele acvatice, este probabil ca spectrul de absorbție al apei, împreună cu gilvin și tripton (materie organică dizolvată și, respectiv, particule), să determine diferențierea fototrofică a nișei. Cele șase umeri în absorbția luminii apei între lungimile de undă 400 și 1100 nm corespund jgheaburilor în absorbția colectivă a cel puțin douăzeci de specii diverse de bacterii fototrofice. Un alt efect se datorează tendinței generale a apei de a absorbi frecvențele joase, în timp ce gilvin și tripton absorb cele mai mari. Acesta este motivul pentru care oceanul deschis apare albastru și susține specii galbene, cum ar fi Prochlorococcus, care conține divinil-clorofilă a și b. Synechococcus, colorat în roșu cu ficoeritrină, este adaptat corpurilor de coastă, în timp ce ficocianina permite cianobacteriilor să prospere în apele interioare mai întunecate.