efter Amins avlägsnande bildade Ugandas nationella befrielsefront en interimsregering med Yusuf Lule som president och Jeremiah Lucas Opira som generalsekreterare för UNLF. Denna regering antog ett ministersystem för administration och skapade ett kvasi-parlamentariskt organ som kallas National Consultative Commission (NCC). NCC och Lule-skåpet återspeglade mycket olika politiska åsikter. I juni 1979, efter en tvist om omfattningen av presidentmakterna, ersatte NCC Lule med Godfrey Binaisa.
i en fortsatt tvist om det tillfälliga ordförandeskapets befogenheter avlägsnades Binaisa i maj 1980. Därefter styrdes Uganda av en militärkommission under ledning av Paulo Muwanga. Valet i December 1980 återvände UPC till makten under ledning av Milton Obote, med Muwanga som vice president. Under Obote hade säkerhetsstyrkorna en av världens värsta människorättsrekord. I sina ansträngningar att utplåna en uppror ledd av Yoweri Museveni ’ s National Resistance Army (NRA), ödelade de en betydande del av landet, särskilt i Luwero-området norr om Kampala.
Obote regerade fram till den 27 juli 1985, då en army brigade, bestående mestadels av etniska acholi trupper och under befäl av generallöjtnant Bazilio Olara-Okello, tog Kampala och utropade en militär regering. Obote flydde till exil i Zambia. Den nya regimen, ledd av tidigare Försvarsmaktens befälhavare general Tito Okello (ingen relation till generallöjtnant. Olara-Okello), inledde förhandlingar med Musevenis upproriska styrkor och lovade att förbättra respekten för mänskliga rättigheter, avsluta stamrivalitet och genomföra fria och rättvisa val. Under tiden fortsatte massiva kränkningar av de mänskliga rättigheterna när Okello-regeringen genomförde en brutal motuppror i ett försök att förstöra NRA: s stöd.
förhandlingar mellan Okello-regeringen och NRA genomfördes i Nairobi hösten 1985, med Kenyas President Daniel arap Moi som söker en vapenvila och en koalitionsregering i Uganda. Även om de enades i slutet av 1985 om ett eldupphör fortsatte NRA att slåss och grep Kampala och landet i slutet av januari 1986 och tvingade Okellos styrkor att fly norrut till Sudan. Musevenis styrkor organiserade en regering med Museveni som president.
sedan han tog makten har regeringen dominerat av den politiska gruppering som skapats av Museveni och hans anhängare, National Resistance Movement (NRM eller ”Movement”), till stor del satt stopp för de mänskliga rättigheterna från tidigare regeringar, initierat betydande politisk liberalisering och allmän pressfrihet och infört breda ekonomiska reformer efter samråd med Internationella valutafonden, Världsbanken och givarregeringar.
i norra områden som Acholiland har det varit väpnat motstånd mot regeringen sedan 1986. Acholi-baserade rebellgrupper inkluderade Uganda People ’ s Democratic Army och den Holy Spirit Movement. Den enda kvarvarande rebellgruppen är Lord ’ s Resistance Army under ledning av Joseph Kony, vars uppror genomförde omfattande bortförande av barn för att med våld rekrytera dem eller använda dem som sexslavar.
1996 var Uganda en viktig anhängare av störtandet av Zaireas President Mobutu Sese Seko i Första Kongokriget till förmån för rebelledaren Laurent-D.
21: a århundradetredigera
mellan 1998 och 2003 var Ugandiska armen inblandad i andra Kongokriget i Demokratiska republiken Kongo. Uganda fortsätter att stödja rebellgrupper där rörelse för befrielsen av Kongo och några fraktioner av Rally for Congolese Democracy.
augusti 2005 röstade parlamentet för att ändra konstitutionen för att lyfta presidentperiodens gränser, så att Museveni kunde springa för en tredje period om han ville göra det. I en folkomröstning i juli 2005, 92.5 procent av väljarna stödde återställandet av flerpartipolitiken och skrotade därmed systemet utan parti eller ”rörelse”. Kizza Besigye, Musevenis politiska rival, återvände från exil i oktober 2005 och var presidentkandidat under valet 2006. Samma månad dog Obote i Sydafrika. Museveni vann presidentvalet i februari 2006.
under 2009 föreslogs och övervägdes Anti-Homosexualitetsförslaget. Det föreslogs den 13 oktober 2009 av parlamentsledamot David Bahati och, om det hade antagits, skulle ha breddat kriminaliseringen av homosexualitet i Uganda; infört dödsstraff för personer som har tidigare domar, är HIV-positiva eller deltar i sexuella handlingar med personer under 18 år; infört utlämning för dem som bedriver sexuella relationer av samma kön utanför Uganda; och straffade individer, företag, medieorganisationer eller icke-statliga organisationer som stödde HBT-rättigheter.
den 11 juli 2010 dödade al-Shabaab-bombare 74 personer i Kampala. Den 13 September 2014 ugandiska säkerhets-och underrättelsetjänster, med hjälp av USA, identifierade och omintetgjorde en stor terroristattack i Kampala. De återhämtade självmordsvästar, Improviserade explosiva enheter och handeldvapen, och de arresterade 19 personer som misstänktes ha haft kopplingar till al-Shabaab. Denna attack kunde ha varit lika betydande som attacken i Nairobi under föregående år på Westgate Mall. I stället var det ett misslyckande för al-Shabaab.
de 2016 Ugandas allmänna val hölls i Uganda den 18 februari 2016 för att välja president och parlament. Polling day förklarades en nationell helgdag. Inför valet beskrev Museveni bildandet av en östafrikansk Federation som förenade Uganda, Tanzania, Kenya, Rwanda, Burundi och Sydsudan som ”det främsta målet som vi bör sikta på.”I September 2018 bildades ett utskott för att påbörja processen med att utarbeta en regional konstitution, och ett utkast till konstitution för en konfederation kommer att skrivas av 2021, med genomförandet av Konfederationen av 2023.
2021 Ugandas allmänna val omvaldes president Museveni till en sjätte mandatperiod, men internationella observatörer klagade över regeringsvåld och desinformation, undertryckande av oberoende medier och oppositionskampanjer, gripandet av oppositionsledare, stängningen av Internet och trakasserier av observatörer. Enligt officiella resultat vann Museveni valet med 58% av rösterna medan popstjärnan som blev politiker Bobi Wine hade 35%. Oppositionen ifrågasatte resultatet på grund av anklagelser om omfattande bedrägerier och oegentligheter.