tento pododdíl funkční části určuje polohu(polohy) a typ(typy) zinkových prstů v proteinu.
zinek prst je malý, funkční, nezávisle složené domény, která koordinuje jeden nebo více zinku ionty stabilizovat jeho struktura přes cystein a/nebo zbytky histidinu. Zinkové prsty jsou strukturálně rozmanité a vykazují širokou škálu funkcí, od vazby DNA nebo RNA k interakcím protein – protein a membránové asociaci.
typy zinkových prstů
existuje více než 40 typů zinkových prstů anotovaných v UniProtKB. Nejčastější jsou Typ C2H2, Typ CCHC, Typ PHD a typ kroužku.
Příklady: Q7Z142, P55197, Q9P2R3, Q9P2G1, Q9P2S6, Q8IUH5, P19811, Q92793, P36406, O95081, Q9ULV3
Anotace zinkové prsty předpověděl pomocí InterPro zdrojů,
komentovat různé zinkové prsty definován InterPro zdrojů PROSITE, Pfam a INTELIGENTNÍ. Počet a typ předpokládaných zinkových prstů je uveden v podsekci „podobnosti sekvencí“ v části „rodina a domény“.
Příklad: P75093
a) C2H2-typ zinkové prsty
Zinek prst proteiny C2H2-typ patří mezi nejčastěji se vyskytující proteiny v genomu Homo sapiens. Většina proteinů zinkových prstů typu C2H2 jsou transkripční aktivátory nebo represory, které vážou DNA. Zinkové prsty typu C2H2 se často nacházejí ve více kopiích ve stejném proteinu, v tomto případě jsou jednotlivé kopie očíslovány. Číslování zinkových prstů je volitelné, pokud je protein fragmentem na n-konci a není k dispozici úplná ortologická sekvence, ze které lze odvodit přesné číslování.
komentovat C2H2-typ zinkové prsty, které mohou být detekovány pomocí Pfam, INTELIGENTNÍ nebo PROSITE profil PS50157 a PROSITE vzor PS00028:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
profil sahá od 2 reziduí před první cystein (tato se obvykle začíná s aromatických reziduí) do druhého histidin. Přiřazený rozsah je obvykle rozsah profilu.
příklad: P08045
C2H2-typ zinkové prsty jsou často spojeny s následující domény: KRAB (transkripční represe), SCAN box nebo LeR (oligomerization – vždy před KRAB pokud KRAB přítomen v proteinu), BTB/POZ (homodimerization – nikdy nenašla v kombinaci s SKENOVÁNÍ nebo KRAB), SET (metylace) a Homeobox (DNA-binding). Kromě domény Homeobox se tyto další domény téměř vždy nacházejí v n-koncové části proteinu před zinkovým prstem.
b) Atypické a degenerované zinkové prsty
Atypické zinkové prsty jsou ty, které se odchylují od konsensu profil nebo vzor, ale přesto si zachovávají schopnost vázat zinek. Ty mohou zahrnovat zinkové prsty, v nichž cystein je nahrazen histidin, nebo tam, kde vzdálenost mezi cystein nebo zbytky histidinu je lehce pozměněny v jedné z následujících způsobů:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
Příklad: P47043
Degenerovaný zinkové prsty jsou ty, které se odchylují od konsensu profil nebo vzor, a které mají také ztratil schopnost vázat zinek. Ty mohou zahrnovat zinkové prsty, v nichž cystein je nahrazen aminokyseliny, jiné než histidin, nebo tam, kde vzdálenost mezi cystein nebo histidin zbytky je mimo rozsah normální nebo netypické zinkové prsty, nebo zkrácen zinkové prsty.
Příklady: Q80ZQ5, Q19203, Q15911
Anotace zinkové prsty nejsou zastoupeny v InterPro
Mnoho zinkové prsty nelze popsat konkrétní rodině profil nebo vzorec protože pouze aminokyseliny, které koordinují zinek ion jsou zachovány. Počet a typ takových zinkových prstů proto není uveden v podsekci „podobnosti sekvencí“ v části „rodina a domény“.
Tyto zinkové prsty jsou obecně pojmenované po vzoru cystein nebo histidin zbytky, které koordinují zinku ion: C4-type, C5-typ, C2H3-typ a tak dále.
C4-typ zinkové prsty
C4-typ zinkové prsty jsou charakterizovány 4 cystein zbytky, které koordinují zinek a nesdílejí další sekvenční podobnost – například vzdálenosti mezi zbytky cysteinu nejsou zachovány. Zinkové prsty typu C4 se nacházejí v oblastech vázajících DNA některých dobře charakterizovaných rodin jaderných receptorů.
Příklad: P10827
V archaea a bakterie, C4-typ zinkové prsty se nacházejí v omezeném množství bílkovin, včetně některých zachovaných proteinové rodiny. Patří sem podčeledi UVRA transportérů ABC (rodina MF_00205), rodina clpx chaperone (rodina MF_00175) a rodina recR (rodina MF_00017). Označujeme tyto vysoce konzervované zinkové prsty typu C4, ale ty, které se nenacházejí v jiných proteinech, pokud neexistují nějaké dobré důkazy.
příklady: Q8UF86, P0A6H1, P24277
Související klíčová slova:
vázání kovů,
zinek,
Zinkový prst.
Viz také:
vazba DNA
doména
motiv
Region
opakování