Amin eltávolítása után Az Ugandai Nemzeti Felszabadítási Front ideiglenes kormányt alakított, amelynek elnöke Yusuf Lule, az UNLF főtitkára pedig Jeremiah Lucas Opira volt. Ez a kormány elfogadta a miniszteri igazgatási rendszert, és létrehozta a Nemzeti konzultatív Bizottság (NCC) néven ismert kvázi parlamenti szervet. Az NCC és a Lule kabinet nagyon eltérő politikai nézeteket tükrözött. 1979 júniusában, az elnöki hatáskörök mértékével kapcsolatos vitát követően, az NCC Lule-t Godfrey Binaisa-val váltotta fel.
az ideiglenes elnökség hatáskörével kapcsolatos folyamatos vita során Binaisát 1980 májusában eltávolították. Ezt követően Ugandát egy katonai bizottság irányította, amelynek elnöke Paulo Muwanga volt. A 1980. decemberi választások vezetésével az UPC került hatalomra Milton Obote, Muwanga alelnökként szolgál. Obote alatt a biztonsági erők a világ egyik legrosszabb emberi jogi nyilvántartásával rendelkeztek. Az általuk vezetett felkelés felszámolására tett erőfeszítéseikben Yoweri Museveni ‘ s Nemzeti Ellenállási hadsereg (NRA), hulladékot raktak az ország jelentős részére, különösen a Luwero terület Kampalától északra.
Obote uralkodott július 27-ig, 1985-ig, amikor egy hadsereg brigád, amely többnyire etnikai Acholi csapatok és parancsnoka altábornagy Bazilio Olara-Okello, vette Kampala és kihirdette a katonai kormány. Obote száműzetésbe menekült Zambia. Az új rezsim, amelynek élén Tito Okello tábornok, a védelmi erők volt parancsnoka áll (nincs kapcsolatban Altábornagygal. Olara-Okello) tárgyalásokat kezdett Museveni felkelő erőivel, és ígéretet tett az emberi jogok tiszteletben tartásának javítására, a törzsi rivalizálás megszüntetésére, valamint a szabad és tisztességes választások lebonyolítására. Időközben az emberi jogok súlyos megsértése folytatódott, amikor az Okellói kormány brutális felkelést hajtott végre az NRA támogatásának megsemmisítése érdekében.
az Okello-kormány és az NRA közötti tárgyalások 1985 őszén zajlottak Nairobiban, Daniel arap Moi kenyai elnök tűzszünetet és koalíciós kormányt kért Ugandában. Bár 1985 végén megállapodtak a tűzszünetben, az NRA folytatta a harcokat, és 1986 január végén elfoglalta Kampalát és az országot, arra kényszerítve Okello erőit, hogy észak felé meneküljenek Szudánba. Museveni erői kormányt szerveztek, amelynek elnöke Museveni volt.
a hatalom átvétele óta a Museveni és követői által létrehozott politikai csoportosulás, a Nemzeti Ellenállási Mozgalom (NRM vagy “mozgalom”) által uralt kormány nagyrészt véget vetett a korábbi kormányok emberi jogi visszaéléseinek, jelentős politikai liberalizációt és általános sajtószabadságot kezdeményezett, és széles körű gazdasági reformokat vezetett be a Nemzetközi Valutaalappal, a Világbankkal és az adományozó kormányokkal folytatott konzultációt követően.
az északi területeken, mint például Acholiland, 1986 óta fegyveres ellenállás van a kormány ellen. Acholi-alapú lázadó csoportok közé tartozott az ugandai Népi Demokratikus Hadsereg és a Szentlélek mozgalom. Az egyetlen megmaradt lázadó csoport az Úr Ellenállási Hadserege élén Joseph Kony, akinek felkelése a gyermekek széles körű elrablását hajtotta végre, hogy erőszakkal toborozza őket, vagy szexrabszolgaként használja őket.
1996-ban Uganda kulcsfontosságú támogatója volt a Zaireai elnök megdöntésének Mobutu Sese Seko ban, – ben első kongói háború a lázadó vezető javára Laurent-D.
21.századszerkesztés
1998 és 2003 között az ugandai hadsereg részt vett a második kongói háborúban a Kongói Demokratikus Köztársaságban. Uganda továbbra is támogatja a Kongói Felszabadítási Mozgalom lázadó csoportjait és a Kongói demokráciáért mozgalom egyes frakcióit.
2005.augusztus, a parlament megszavazta az alkotmány megváltoztatását az elnöki ciklus korlátainak feloldása érdekében, lehetővé téve Museveni számára, hogy harmadik ciklusra induljon, ha ezt meg akarja tenni. A 2005. júliusi népszavazáson 92.A szavazók 5 százaléka támogatta a többpárti politika helyreállítását, ezzel felszámolva a párt nélküli vagy “mozgalom” rendszert. Museveni politikai riválisa, Kiza Besigye 2005 októberében tért vissza száműzetéséből, és a 2006-os választásokon elnökjelölt volt. Ugyanebben a hónapban Obote meghalt Dél-Afrikában. Museveni megnyerte a 2006. februári elnökválasztást.
2009-ben javaslatot tettek a homoszexualitás elleni törvényjavaslatra. Azt javasolta, október 13-án 2009 parlamenti képviselő David Bahati és, ha azt életbe léptették volna, szélesítette volna a homoszexualitás büntethetőségét Ugandában; bevezette a halálbüntetést az emberek, akik a korábbi ítéletek, HIV-pozitív, vagy vegyenek részt a szexuális aktusokat azokkal alatt 18; bevezetett kiadatási azok számára, akik az azonos neműek szexuális kapcsolatok kívül Uganda; és, büntetik az egyének, vállalatok, médiaszervezetek, vagy nem kormányzati szervezetek, akik támogatták az LMBT jogokat.
tovább 11 július 2010, al-Shabaab bombázók megölt 74 ember Kampala. Szeptember 13-án 2014, Az Ugandai biztonsági és hírszerző szolgálatok segítségével az Egyesült Államokban, azonosított és meghiúsított egy jelentős terrortámadás Kampala. Öngyilkos mellényeket, rögtönzött robbanószerkezeteket és kézifegyvereket találtak, és letartóztattak 19 embert, akik a gyanú szerint kapcsolatban álltak az al-Shabaabbal. Ez a támadás ugyanolyan jelentős lehetett, mint az előző év Nairobi támadása a Westgate Mall-ban. Ez az al-Shabaab számára kudarc volt.
a 2016 Ugandai általános választások tartottak Uganda február 18-án 2016 megválasztja az elnök és a parlament. A szavazás napját nemzeti ünnepnek nyilvánították. A választások előtt Museveni az Ugandát, Tanzániát, Kenyát, Ruandát, Burundit és Dél-Szudánt egyesítő Kelet-afrikai szövetség megalakítását “az első számú célpontnak nevezte, amelyet meg kell céloznunk.”2018 szeptemberében bizottságot hoztak létre a regionális alkotmány kidolgozásának megkezdésére, a Konföderáció alkotmánytervezetét pedig 2021-ig kell megírni, a Konföderáció 2023-ig történő végrehajtásával.
a 2021-es Ugandai általános választások hatodik ciklusra újraválasztották Museveni elnököt, de a nemzetközi megfigyelők a kormányzati erőszak és dezinformáció, a független média elnyomása és az ellenzéki kampányok, az ellenzéki vezetők letartóztatása, az Internet leállítása és a megfigyelők zaklatása miatt panaszkodtak. A hivatalos eredmények szerint Museveni a szavazatok 58%-ával nyerte meg a választásokat, míg a popsztárból lett politikus Bobi Wine 35%-ot kapott. Az ellenzék kétségbe vonta az eredményt a széles körben elterjedt csalásokra és szabálytalanságokra vonatkozó állítások miatt.