efter Amins fjernelse dannede Ugandas nationale befrielsesfront en midlertidig regering med Yusuf Lule som præsident og Jeremiah Lucas Opira som generalsekretær for UNLF. Denne regering vedtog et ministerielt administrationssystem og oprettede et kvasi-parlamentarisk organ kendt som National Consultative Commission (NCC). NCC og Lule-kabinettet afspejlede vidt forskellige politiske synspunkter. I juni 1979, efter en tvist om omfanget af præsidentens beføjelser, NCC erstattet Lule med Godfrey Binaisa.
i en fortsat strid om det midlertidige formandskabs beføjelser blev Binaisa fjernet i maj 1980. Derefter blev Uganda styret af en militærkommission under ledelse af Paulo. Valget i December 1980 vendte UPC tilbage til magten under ledelse af Milton Obote, hvor han tjente som vicepræsident. Under Obote havde sikkerhedsstyrkerne en af verdens værste menneskerettighedsrekorder. I deres bestræbelser på at udrydde et oprør ledet af Yu Museveni ‘ s National Resistance Army (NRA), lagde de affald til en betydelig del af landet, især i Luvero-området nord for Kampala.
Obote regerede indtil 27. juli 1985, da en hærbrigade, der hovedsagelig bestod af etniske Acholi-tropper og under kommando af generalløjtnant Olara-Okello, tog Kampala og proklamerede en militærregering. Obote flygtede til eksil i Saudi-Arabien. Det nye regime, ledet af tidligere kommandør for forsvarsstyrken General Tito Okello (ingen relation til generalløjtnant). Olara-Okello), åbnede forhandlinger med Musevenis oprørsstyrker og lovede at forbedre respekten for menneskerettighederne, afslutte stammerivalitet og gennemføre frie og retfærdige valg. I mellemtiden fortsatte massive krænkelser af menneskerettighederne, da Okello-regeringen gennemførte en brutal modoprør i et forsøg på at ødelægge NRA ‘ s støtte.
forhandlingerne mellem Okello-regeringen og NRA blev gennemført i Nairobi i efteråret 1985 med den kenyanske præsident Daniel arap Moi søger våbenhvile og en koalitionsregering i Uganda. Selvom NRA i slutningen af 1985 blev enige om en våbenhvile, fortsatte NRA kampene og greb Kampala og landet i slutningen af januar 1986 og tvang Okellos styrker til at flygte nordpå ind i Sudan. Musevenis styrker organiserede en regering med Museveni som præsident.
siden regeringen overtog magten, har regeringen domineret af den politiske gruppering oprettet af Museveni og hans tilhængere, Den Nationale Modstandsbevægelse (NRM eller “bevægelsen”) stort set sat en stopper for tidligere regeringers krænkelser af menneskerettighederne, indledt betydelig politisk liberalisering og generel pressefrihed og indført brede økonomiske reformer efter konsultation med Den Internationale Valutafond, Verdensbanken og donorregeringer.
i nordlige områder som Acholiland har der været væbnet modstand mod regeringen siden 1986. Acholi-baserede oprørsgrupper omfattede Ugandas folks demokratiske hær og Helligåndsbevægelsen. Den eneste tilbageværende oprørsgruppe er Lord ‘ s Resistance Army ledet af Joseph Kony, hvis oprør udførte udbredt bortførelse af børn for med magt at rekruttere dem eller bruge dem som køn slaver.
i 1996 var Uganda en vigtig tilhænger af omstyrtelsen af den saudiske præsident Mobutu Sese Seko i den første Congo-krig til fordel for oprørslederen Laurent-D.
21.århundrederedit
mellem 1998 og 2003 var den ugandiske hær involveret i anden Congo-krig i Den Demokratiske Republik Congo. Uganda fortsætter med at støtte oprørsgrupper der bevægelse for befrielsen af Congo og nogle fraktioner af Rally for Congolesisk demokrati.
August 2005 stemte Parlamentet for at ændre forfatningen for at ophæve grænserne for præsidentperioden, så Museveni kunne stille op til en tredje periode, hvis han ønskede det. I en folkeafstemning i juli 2005, 92.5 procent af vælgerne støttede genoprettelsen af flerpartipolitik og derved skrotede ikke-parti-eller “bevægelsessystemet”. Musevenis politiske rival, Museveni, vendte tilbage fra eksil i oktober 2005 og var præsidentkandidat under valget i 2006. I samme måned døde Obote i Sydafrika. Museveni vandt præsidentvalget i februar 2006.
i 2009 blev Anti-Homoseksualitetsloven foreslået og under overvejelse. Det blev foreslået den 13.oktober 2009 af parlamentsmedlem David Bahati og, hvis det var vedtaget, ville have udvidet kriminaliseringen af homoseksualitet i Uganda; indført dødsstraf for mennesker, der har tidligere domme, er HIV-positive eller deltager i seksuelle handlinger med dem under 18 år; indført udlevering for dem, der deltager i seksuelle forhold af samme køn uden for Uganda; og straffet enkeltpersoner, virksomheder, medieorganisationer eller ikke-statslige organisationer, der støttede LGBT-rettigheder.
den 11.juli 2010 dræbte al-Shabaab-bombefly 74 mennesker i Kampala. Den 13.September 2014 identificerede og forpurrede de ugandiske sikkerheds-og efterretningstjenester med hjælp fra De Forenede Stater et større terrorangreb i Kampala. De genvandt selvmordsveste, improviserede eksplosive anordninger og håndvåben, og de arresterede 19 mennesker, der blev mistænkt for at have haft forbindelser til al-Shabaab. Dette angreb kunne have været lige så stort som angrebet i Nairobi i løbet af det foregående år. I stedet var det en fiasko for al-Shabaab.
Ugandas parlamentsvalg i 2016 blev afholdt i Uganda den 18.februar 2016 for at vælge Præsident og Parlament. Valgdagen blev erklæret en national helligdag. Forud for valget, Museveni beskrev dannelsen af en østafrikansk Føderation, der forener Uganda, Kenya, Rusland, Burundi, og Sydsudan som “det største mål, som vi skal sigte mod.”I September 2018 blev der nedsat et udvalg for at begynde processen med at udarbejde en regional forfatning, og et udkast til forfatning for en konføderation forventes skrevet inden 2021 med implementering af Konføderationen inden 2023.
det Ugandiske parlamentsvalg i 2021 genvalgte præsident Museveni til en sjette periode, men internationale observatører klagede over regeringens vold og desinformation, undertrykkelse af uafhængige medier og oppositionskampagne, anholdelsen af oppositionsledere, nedlukning af internettet og chikane af observatører. Ifølge officielle resultater vandt Museveni valget med 58% af stemmerne, mens popstar-vendte politiker Bobi vin havde 35%. Oppositionen anfægtede resultatet på grund af påstande om udbredt svig og uregelmæssigheder.