Protože kosterní sval není schopen se využívají v cyklu močoviny bezpečně nakládat amonné ionty generované v členění pobočka řetězce aminokyselin, musí se ho zbavit jiným způsobem. K tomu, amonný je v kombinaci s volným α-ketoglutarát prostřednictvím transaminace reakce v buňce, čímž se získá glutamátu a α-keto kyseliny. Alanin aminotransaminase (ALT), pak houští glutamát zpět do α-ketoglutarát, tentokrát přenos amonného na pyruvát vyplývající z glykolýzy, tvořící zdarma alanin. Alaninová aminokyselina působí jako raketoplán-opouští buňku, vstupuje do krevního oběhu a cestuje do hepatocytů v játrech,kde je v podstatě celý tento proces obrácen. Alanin prochází transaminační reakci s volnými α-ketoglutarát na výnos glutamát, který je pak deaminovaná tvoří pyruvát a, nakonec, zdarma amonný ion. Hepatocyty jsou schopné metabolizovat toxický amonium močovinovým cyklem, a tak ho bezpečně zlikvidovat. Po úspěšném odstranění svalových buněk amonného iontu pak cyklus poskytuje buňkám kosterního svalstva zbaveným energie glukózu. Pyruvát vytvořený z deaminace glutamátu v hepatocytech prochází se v játrech tvoří glukóza, která pak může vstoupit do krevního řečiště a být pendloval na kosterní svalové tkáně, a tím poskytují zdroje energie, které potřebuje.
Cahill cyklus vyžaduje přítomnost alaninaminotransferázy (alanin transaminázy, ALT), které je omezeno tkání, jako jsou svaly, játra a střeva. Proto se tato cesta používá místo cyklu Cori pouze tehdy, když je přítomna aminotransferáza, když je potřeba přenášet amoniak do jater a když je tělo ve stavu katabolismu(rozpad svalů).