omdat skeletspieren de ureumcyclus niet kunnen gebruiken om ammoniumionen die ontstaan bij de afbraak van de aminozuren van de vertakkingsketens veilig af te voeren, moet het op een andere manier worden verwijderd. Om dit te doen, wordt het ammonium gecombineerd met vrij α-ketoglutaraat via een transaminatiereactie in de cel, die glutamaat en α-ketozuur oplevert. Alanineaminotransaminase (alat) bedekt vervolgens glutamaat terug in α-ketoglutaraat, waarbij dit keer het ammonium wordt omgezet in pyruvaat als gevolg van glycolyse, waarbij vrij alanine wordt gevormd. Het alanine aminozuur werkt als een shuttle-het verlaat de cel, gaat de bloedstroom binnen en reist naar hepatocytes in de lever, waar in wezen dit hele proces wordt omgekeerd. Alanine ondergaat een transaminatiereactie met vrij α-ketoglutaraat om glutamaat te produceren, dat vervolgens wordt gedeamineerd tot pyruvaat en uiteindelijk vrij ammoniumion. Hepatocytes kunnen het giftige ammonium door de ureumcyclus metaboliseren, waardoor het veilig wordt afgevoerd. Nadat de spiercellen van het ammoniumion met succes zijn verwijderd, voorziet de cyclus vervolgens de energiearme skeletspiercellen van glucose. Pyruvate die van de deamination van glutamate in de hepatocytes wordt gevormd ondergaat gluconeogenesis om glucose te vormen, die dan de bloedbaan kan ingaan en aan het skeletachtige spierweefsel worden shuttled, waarbij het van de energiebron wordt verstrekt het nodig heeft.
de Cahill-cyclus vereist de aanwezigheid van alanineaminotransferase (alaninetransaminase, ALT), dat beperkt is tot weefsels zoals spieren, lever en de darm. Daarom wordt deze route in plaats van de Cori-cyclus alleen gebruikt wanneer een aminotransferase aanwezig is, wanneer ammoniak naar de lever moet worden overgebracht en wanneer het lichaam in een staat van katabolisme (spierafbraak) verkeert.