koska luurankolihas ei pysty ureakierron avulla hävittämään turvallisesti haaraketjuisten aminohappojen hajoamisessa syntyneitä ammoniumioneja, sen on hankkiuduttava siitä eroon eri tavalla. Tällöin ammonium yhdistyy vapaaseen α-ketoglutaraattiin transaminaatioreaktiolla solussa, jolloin muodostuu glutamaattia ja α-ketohappoa. Tämän jälkeen alaniiniaminotransaminaasi (alat) peittää glutamaatin takaisin α-ketoglutaraatiksi, tällä kertaa välittäen ammoniumin glykolyysin tuloksena syntyvälle pyruvaatille muodostaen vapaan alaniinin. Alaniiniaminohappo toimii sukkulana – se lähtee solusta, pääsee verenkiertoon ja matkustaa maksasoluihin maksassa, jossa pohjimmiltaan tämä koko prosessi on päinvastainen. Alaniini käy transaminaatioreaktiossa vapaan α-ketoglutaraatin kanssa, jolloin muodostuu glutamaattia, joka deaminoituu muodostaen pyruvaatin ja lopulta vapaan ammoniumionin. Hepatosyytit pystyvät metaboloimaan myrkyllistä ammonium ureakierron avulla, jolloin se hävitetään turvallisesti. Kun ammoniumionin lihassoluista on päästy eroon onnistuneesti, sykli antaa sitten energiaa riistäneille luurankolihassoluille glukoosia. Maksasolujen glutamaatin deaminaatiosta muodostunut pyruvaatti käy läpi glukoneogeneesin muodostaen glukoosia, joka voi sitten päästä verenkiertoon ja sukkuloida luurankolihaskudokseen, jolloin se saa tarvitsemansa energianlähteen.
Cahill-sykli edellyttää alaniiniaminotransferaasin (alaniinitransaminaasi, alat) esiintymistä, joka rajoittuu kudoksiin, kuten lihakseen, maksaan ja suolistoon. Siksi tätä reittiä käytetään Cori-syklin sijaan vain silloin, kun aminotransferaasi on läsnä, kun on tarve siirtää ammoniakkia maksaan ja kun keho on katabolisessa tilassa (lihasten hajoaminen).