fordi skjelettmuskulatur ikke er i stand til å utnytte ureasyklusen for å avhende ammoniumioner som genereres i nedbrytningen av grenkjedeaminosyrer, må den kvitte seg med det på en annen måte. For å gjøre dette kombineres ammonium med gratis α-ketoglutarat via en transamineringsreaksjon i cellen som gir glutamat og α-keto-syre. Alaninaminotransaminase (ALAT) dekker deretter glutamat tilbake til α-ketoglutarat, denne gangen overfører ammonium til pyruvat som følge av glykolyse, og danner fritt alanin. Alaninaminosyren fungerer som en shuttle – den forlater cellen, går inn i blodstrømmen og reiser til hepatocytter i leveren, hvor i hovedsak hele denne prosessen reverseres. Alanin gjennomgår en transamineringsreaksjon med gratis α-ketoglutarat for å gi glutamat, som deretter deamineres til pyruvat og til slutt fri ammoniumion. Hepatocytter er i stand til å metabolisere giftig ammonium ved ureasyklusen, og dermed avhende det trygt. Etter å ha kvitt muskelcellene i ammoniumionet vellykket, gir syklusen de energirelaterte skjelettmuskelcellene med glukose. Pyruvat dannet fra deaminering av glutamat i hepatocyttene gjennomgår glukoneogenese for å danne glukose, som deretter kan komme inn i blodet og bli skyttlet til skjelettmuskelvevet, og dermed gi den den energikilden den trenger.
cahill-syklusen krever tilstedeværelse av alaninaminotransferase (alanintransaminase, ALT), som er begrenset til vev som muskel, lever og tarm. Derfor brukes Denne banen i Stedet For Cori-syklusen bare når en aminotransferase er tilstede, når det er behov for å overføre ammoniakk til leveren og når kroppen er i katabolisme (muskelbrudd).