eftersom skelettmuskulaturen inte kan utnyttja ureacykeln för att säkert kassera ammoniumjoner som genereras vid nedbrytning av grenkedjiga aminosyror, måste den bli av med den på ett annat sätt. För att göra detta kombineras ammonium med fritt sackaros-ketoglutarat via en transamineringsreaktion i cellen, vilket ger glutamat och ketosyra av typen. Alaninaminotransaminas (ALT) täcker sedan glutamat tillbaka till Bisexuell-ketoglutarat, denna gång överför ammonium till pyruvat som härrör från glykolys och bildar fri alanin. Alaninaminosyran fungerar som en skyttel – den lämnar cellen, går in i blodflödet och reser till hepatocyter i levern, där i huvudsak hela processen är omvänd. Alanin genomgår en transamineringsreaktion med fritt Kazaki-ketoglutarat för att ge glutamat, som sedan deamineras för att bilda pyruvat och i slutändan fri ammoniumjon. Hepatocyter kan metabolisera det giftiga ammoniumet genom ureacykeln och därmed kassera det säkert. Efter att ha befriat muskelcellerna i ammoniumjonen framgångsrikt, ger cykeln sedan de energiberövade skelettmuskelcellerna med glukos. Pyruvat som bildas av deaminering av glutamat i hepatocyterna genomgår glukoneogenes för att bilda glukos, som sedan kan komma in i blodomloppet och transporteras till skelettmuskelvävnaden, vilket ger den den energikälla den behöver.
Cahill-cykeln kräver närvaro av alaninaminotransferas (alanintransaminas, ALT), som är begränsad till vävnader som muskler, lever och tarmen. Därför används denna väg istället för Cori-cykeln endast när ett aminotransferas är närvarande, när det finns behov av att överföra ammoniak till levern och när kroppen befinner sig i katabolism (muskelnedbrytning).