da skeletmuskulatur ikke er i stand til at udnytte urinstofcyklussen til sikkert at bortskaffe ammoniumioner genereret i nedbrydningen af grenkædeaminosyrer, skal den slippe af med det på en anden måde. For at gøre dette kombineres ammonium med frit Kurt-ketoglutarat via en transamineringsreaktion i cellen, hvilket giver glutamat og Kurt-keto-syre. Alaninaminotransaminase (ALT) dækker derefter glutamat tilbage til Kurt-ketoglutarat, denne gang overfører ammonium til pyruvat som følge af glykolyse og danner fri alanin. Alaninaminosyren fungerer som en shuttle – den forlader cellen, kommer ind i blodstrømmen og rejser til hepatocytter i leveren, hvor i det væsentlige hele denne proces vendes. Alanin gennemgår en transamineringsreaktion med frit kurshetoglutarat for at give glutamat, som derefter deamineres til dannelse af pyruvat og i sidste ende fri ammoniumion. Hepatocytter er i stand til at metabolisere det giftige ammonium ved urinstofcyklussen og dermed bortskaffe det sikkert. Efter at have fjernet muskelcellerne fra ammoniumionen med succes, giver cyklussen derefter de energiberøvede skeletmuskelceller glukose. Pyruvat dannet ved deaminering af glutamat i hepatocytterne gennemgår glukoneogenese til dannelse af glukose, som derefter kan komme ind i blodbanen og blive sendt til skeletmuskelvævet og således give det den energikilde, den har brug for.
Cahill-cyklussen kræver tilstedeværelse af alaninaminotransferase (alanintransaminase, ALT), som er begrænset til væv såsom muskel, lever og tarm. Derfor anvendes denne vej i stedet for Cori-cyklussen kun, når en aminotransferase er til stede, når der er behov for at overføre ammoniak til leveren, og når kroppen er i en tilstand af katabolisme (muskelnedbrydning).