Poté, co sloužil jako starosta Seattlu, Ballinger připojil administrativa Prezidenta Theodora Roosevelta a sloužil jako komisař všeobecného pozemkového Úřadu z roku 1907 až 1908. V roce 1909 pomohl Ballinger uspořádat výstavu Aljaška-Yukon-Pacific, světový veletrh zaměřený na rozvoj na severozápadě.
V roce 1909 i přes předchozí sliby udržet ex-Prezidenta Roosevelta skříň důstojníci, nově zvolený Prezident William Howard Taft jmenován Ballinger nahradit ochránce přírody a kolegové (Ohioan) James R. Garfield jako Ministr Vnitra. Jedním z jeho prvních aktů bylo zrušit výkonnou ochranu pozemků potenciálně podléhajících rozvoji vodní energie až do průzkumů, jejich obnovení do veřejné sféry k pronájmu. Pokrokáři se obával, že vodní monopolů by chytit tyto stránky buď ovládat nebo bránit rozvoji a by pak diktovat ceny energií, od 13 firem (včetně General Electric a Westinghouse) již kontrolovala více než třetina vysokošk zdrojů jako Roosevelt opustil úřad. Tato obnova však brzy vyvolala skandál. V srpnu, ve spolupráci s Národní Zavlažování Konferenci v Spokane, Washington, United Press reportér publikoval příběh o 15,868 akrů půdy v Montaně, které se prodávají velké korporace (General Electric, Guggenheim a Sloučil Měď). Ballinger nejprve ignoroval příběh, pak obvinil reportéry z odporu proti vývoji na Západě. I když, že Montana vysokošk příběh se ukázalo být přehnané, obvinění z nadržování pokračoval psa Ballinger jako Ministr Vnitra.
nejvážnější obvinění podílí uhlí vývoj v Chugach National Forest do Seattle developer a Ballinger kamarádem, Clarence Cunningham, a financované korporace spojován s J. P. Morgan a Guggenheim rodině z New Yorku. Skupina se vsadil 33 tvrzení, i když Aljaška zemi, zákony jsou určeny na podporu drobných zemědělců a zabránit monopolu, a tak musí každý žalobce prokázat, že on nebo ona se chovala na jeho nebo její vlastní prospěch, stejně jako je omezený každý žadatel 160 akrů. Zatímco pozemkový komisař, Ballinger udělil vývojáři zvláštní přístup k vládním spisům. Během několika měsíců v roce 1908 mezi jeho zaměstnání jako země komisař a ministr vnitra, Ballinger působil jako agent pro Cunningham/Morgan/Guggenheim development group s federální vládou, lobbování pak Ministr Vnitra Jim Garfield. Poté, co se stal ministrem vnitra, Ballinger přeřadil generálního vyšetřovatele pozemkového úřadu Louise R. Glavis, a nakonec ho vyhodil poté, co si stěžoval na Gifford Pinchot (vedoucí Lesní Úřad, a tudíž zodpovědný za Chugach, i když také podřízena ministrovi Vnitra), Prezident Taft a spolupracoval s tiskem.
řada muckrakingových článků, včetně Glavisových v listopadovém čísle Collierova týdeníku vzbudila ochránce přírody. Článek v Hamptonu dokonce obvinil prezidenta Tafta, že je součástí spiknutí vylíhnutého na Republikánském sjezdu v roce 1908. Ballinger znovu odmítl kontroverzi a zdálo se, že prezident Taft chce, aby utrpení skončilo, tvrdí, že Ballinger i Pinchot zůstali oddáni Rooseveltově politice ochrany. Ballinger, nicméně, hrozil odstoupit, pokud Taft souhlas kongresu vyšetřování, které by ho očistily, a v prosinci poslal dopis, ve státě Washington je Republikánský senátor Wesley Jones náročné kompletní vyšetřování.
i když i Karel Taft radil Prezident požádat o Ballinger rezignaci, Taft stál u jeho pověřenec, prokurátor George Wickersham i zpětně na 11. září 1909 zprávu o Glavis‘ střílet. Poté, co Washington insider varoval Colliera, že Ballinger plánuje žalovat svůj časopis po plánovaném „vápno“, najal Louis D.Brandeis jako svého poradce. Pinchot šel veřejnost s jeho neshody s Ballinger přístup a jeho úřad vydal další zprávu Senátora Dolliver, Republikánský předseda Výboru pro Zemědělství a Lesnictví. To přimělo Tafta, aby vypálil Pinchota, zatímco Roosevelt byl v Africe. Během slyšení zvláštního výboru, jak glavis, tak Pinchot svědčili, a svědectví o antedatování stenografem přimělo Tafta převzít odpovědnost za jeho objednání, ačkoli ten stenograf a další zaměstnanci byli také propuštěni. Brandeis‘ výslechu vyrobeny Ballinger je anti-conservationism jasné, ale ne odhalit něco tak vážné, jak se k povolení trestní obvinění. Důvěra veřejnosti v Ballingerovo vedení ministerstva vnitra nicméně opadla.
poté, co Republikánská strana těžce prohrála ve volbách v polovině listopadu, Ballinger nakonec rezignoval 12. března 1911. Taft nahradil Pinchot s Henry Graves, který byl odhodlán chránit Amerického lesích, a Ballinger pomohl Taft zajistit nový zákon, který dovolil Taft odstoupit veřejných pozemků od soukromých vývoje, což jim umožňuje chránit jak mnoho akrů v jednom termínu jako Roosevelt měl v téměř dvou podmínek. Nicméně, série Ballinger-související skandály, Taft je věrnost jeho angažovaný pověřenec, a Ballinger odmítnutí rezignovat na více než devět měsíců navíc—v kombinaci s polemiku nad Payne–Aldrichův celní—split Republikánské Strany a pomohl otočit příliv 1912 volbách proti Taft.