după ce a ocupat funcția de primar al orașului Seattle, Ballinger s-a alăturat administrației președintelui Theodore Roosevelt și a ocupat funcția de comisar al Oficiului General funciar din 1907 până în 1908. În 1909, Ballinger a ajutat la organizarea expoziției Alaska–Yukon–Pacific, un târg mondial pentru a evidenția dezvoltarea în nord-vest.
în 1909, în ciuda promisiunilor anterioare de a păstra ofițerii cabinetului fostului președinte Roosevelt, președintele nou ales William Howard Taft l-a numit pe Ballinger să-l înlocuiască pe conservaționistul (și colegul Ohioan) James R. Garfield în calitate de Secretar de Interne al SUA. Unul dintre primele sale acte a fost revocarea protecției executive a terenurilor potențial supuse dezvoltării energiei hidroelectrice în așteptarea anchetelor, readucându-le în domeniul public pentru leasing. Progresiștii s-au temut că monopolurile hidroelectrice vor apuca astfel de site-uri fie pentru a controla, fie pentru a împiedica dezvoltarea și vor dicta apoi prețurile la energie, deoarece 13 companii (inclusiv General Electric și Westinghouse) controlau deja mai mult de o treime din resursele de apă pe măsură ce Roosevelt a părăsit funcția. Cu toate acestea, această restaurare a provocat curând un scandal. În August, împreună cu Conferința Națională de irigații Din Spokane, Washington, un reporter United Press a publicat o poveste despre 15.868 de acri de teren din Montana fiind vândute marilor corporații (General Electric, Guggenheim și cupru amalgamat). Ballinger a ignorat la început povestea, apoi a acuzat reporterii că se opun dezvoltării în Occident. Deși acea poveste despre puterea apei din Montana s-a dovedit a fi exagerată, acuzațiile de favoritism au continuat să-l urmărească pe Ballinger ca secretar de Interne.
cele mai grave acuzații au implicat dezvoltarea cărbunelui în Pădurea Națională Chugach de către un dezvoltator din Seattle și Ballinger crony, Clarence Cunningham, și finanțat de o corporație asociată cu J. P. Morgan și familia Guggenheim din New York. Grupul a mizat 33 de revendicări, deși legile funciare din Alaska au fost concepute pentru a încuraja micii fermieri și a preveni monopolul și, prin urmare, a cerut fiecărui reclamant să demonstreze că acționează în numele său, precum și a limitat fiecare reclamant la 160 de acri. În timp ce comisarul land, Ballinger a acordat dezvoltatorului acces special la dosarele guvernamentale. În timpul decalajului de câteva luni din 1908 între angajarea sa ca comisar funciar și secretar de Interne, Ballinger a acționat ca agent pentru grupul de dezvoltare Cunningham/Morgan/Guggenheim cu guvernul federal, făcând lobby pe atunci Secretar de Interne Jim Garfield. După ce a devenit Secretar de Interne, Ballinger l-a repartizat pe anchetatorul Biroului funciar general Louis R. Glavis și, în cele din urmă, l-a concediat după ce s-a plâns Gifford Pinchot (șeful Biroului forestier și astfel responsabil pentru Chugach, deși este subordonat și secretarului de Interne), Președintele Taft și a cooperat cu presa.
o serie de articole de muckraking, inclusiv cele ale lui Glavis în numărul din noiembrie al săptămânalului lui Collier i-au trezit pe conservaționiști. Un articol din Hampton chiar l-a acuzat pe președintele Taft că face parte dintr-o conspirație eclozată la convenția republicană din 1908. Ballinger a respins din nou controversa și președintele Taft părea să dorească ca calvarul să se încheie, susținând că atât Ballinger, cât și Pinchot au rămas dedicați politicilor de conservare ale lui Roosevelt. Cu toate acestea, Ballinger a amenințat că va demisiona, cu excepția cazului în care Taft a consimțit la o anchetă a Congresului pentru a-l exonera și, în decembrie, a trimis o scrisoare senatorului Republican al Statului Washington Wesley Jones cerând o anchetă completă.
deși chiar Charles Taft l-a sfătuit pe președinte să ceară demisia lui Ballinger, Taft a stat alături de numirea sa, iar procurorul general George Wickersham a dat chiar înapoi la 11 septembrie 1909 un raport privind concedierea lui Glavis. După ce un insider din Washington l-a avertizat pe Collier că Ballinger intenționează să-și dea în judecată revista după „spălarea albă” planificată, l-a angajat pe Louis D. Brandeis ca avocat. Pinchot a făcut public diferențele sale cu abordarea lui Ballinger, iar biroul său a transmis un alt raport senatorului Dolliver, președintele Republican al Comisiei pentru agricultură și silvicultură. Acest lucru l-a determinat pe Taft să-l concedieze și pe Pinchot, în timp ce Roosevelt se afla în Africa. În timpul audierilor Comitetului special, atât Glavis, cât și Pinchot au depus mărturie, iar mărturia despre retrocedarea de către un stenograf l-a determinat pe Taft să-și asume responsabilitatea pentru ordonarea acesteia, deși stenograful și alți angajați au fost concediați. Întrebarea lui Brandeis a făcut clar anti-conservaționismul lui Ballinger, dar nu a scos la iveală nimic atât de grav încât să justifice acuzații penale. Cu toate acestea, încrederea publicului în conducerea Departamentului de Interne a lui Ballinger scăzuse.
după ce Partidul Republican a pierdut puternic în alegerile intermediare din noiembrie, Ballinger a demisionat în cele din urmă la 12 martie 1911. Taft îl înlocuise pe Pinchot cu Henry Graves, care se angajase să protejeze pădurile americane, iar Ballinger l-a ajutat pe Taft să asigure o nouă lege care i-a permis lui Taft să retragă terenurile publice de la dezvoltarea privată, permițându-le astfel să protejeze cât mai mulți acri într-un singur termen ca Roosevelt în aproape doi termeni. Cu toate acestea, seria de scandaluri legate de Ballinger, loialitatea lui Taft față de numirea sa și refuzul lui Ballinger de a demisiona pentru mai mult de nouă luni suplimentare-combinate cu controverse cu privire la tariful Payne—Aldrich–au împărțit Partidul Republican și au ajutat la răsturnarea valului alegerilor din 1912 împotriva lui Taft.