na zijn functie als burgemeester van Seattle trad Ballinger toe tot de regering van president Theodore Roosevelt en diende hij als commissaris van het General Land Office van 1907 tot 1908. In 1909 hielp Ballinger bij het organiseren van de Alaska–Yukon–Pacific Exposition, een Wereldtentoonstelling om de ontwikkeling in het noordwesten te belichten.In 1909, ondanks eerdere beloften om ex-President Roosevelt ‘ s kabinetsmedewerkers te behouden, benoemde de nieuw verkozen President William Howard Taft Ballinger als vervanger van de conservator James R. Garfield als minister van Binnenlandse Zaken. Een van zijn eerste handelingen was het intrekken van de uitvoerende bescherming van gronden mogelijk onderworpen aan de ontwikkeling van hydro-elektrische energie in afwachting van onderzoeken, het herstel van hen in het publieke domein voor leasing. Progressieven vreesden dat hydro-elektrische monopolies dergelijke sites zouden grijpen om de ontwikkeling te controleren of uit te sluiten en vervolgens de energieprijzen zouden dicteren, aangezien 13 bedrijven (waaronder General Electric en Westinghouse) al meer dan een derde van de waterkrachtbronnen beheersten toen Roosevelt het kantoor verliet. Deze restauratie leidde echter al snel tot een schandaal. In augustus, in samenwerking met de National Irrigation Conference in Spokane, Washington, publiceerde een United Press reporter een verhaal over 15.868 hectare grond in Montana die werd verkocht aan grote bedrijven (General Electric, Guggenheim en Amalgamated Copper). Ballinger aanvankelijk negeerde het verhaal, vervolgens beschuldigd verslaggevers van tegengestelde ontwikkeling in het Westen. Hoewel dat Montana waterpower verhaal overdreven bleek te zijn, bleven beschuldigingen van vriendjespolitiek doorgaan bij dog Ballinger als minister van Binnenlandse Zaken.De ernstigste aanklachten betroffen de ontwikkeling van steenkool in het Chugach National Forest door Clarence Cunningham, een projectontwikkelaar uit Seattle en Ballinger crony, en gefinancierd door een bedrijf dat gelieerd was aan J. P. Morgan en de familie Guggenheim uit New York. De groep had ingezet 33 claims, hoewel Alaska land wetten waren ontworpen om kleine boeren te bevorderen en monopoly te voorkomen en dus vereist elke eiser om te bewijzen dat hij of zij handelde voor zijn of haar eigen rekening, evenals beperkt elke eiser tot 160 acres. Terwijl land commissaris, Ballinger verleende de ontwikkelaar speciale toegang tot overheidsbestanden. Tijdens de maandenlange kloof in 1908 tussen zijn werk als Land commissaris en minister van Binnenlandse Zaken, Ballinger trad op als een agent voor de Cunningham/Morgan / Guggenheim development group met de federale overheid, lobbyen toen minister van Binnenlandse Zaken Jim Garfield. Toen hij minister van Binnenlandse Zaken werd, werd Ballinger overgeplaatst naar generaal Land Office onderzoeker Louis R. Glavis, en uiteindelijk ontsloeg hem nadat hij klaagde bij Gifford Pinchot (hoofd van het Bosbouwbureau en dus verantwoordelijk voor de Chugach, hoewel ook ondergeschikt aan de minister van Binnenlandse Zaken), President Taft en werkte samen met de pers.
een reeks artikelen over het verwijderen van vuil, waaronder Glavis’ in het novembernummer van Collier ‘ s Weekly wekte de natuurbeschermers op. Een artikel in Hampton ‘ s beschuldigde President Taft zelfs van deel te zijn van een samenzwering uitgebroed op de 1908 Republikeinse Conventie. Ballinger Wees de controverse opnieuw af en President Taft leek te willen dat de beproeving zou eindigen, met het argument dat zowel Ballinger als Pinchot toegewijd bleven aan het conservatiebeleid van Roosevelt. Ballinger dreigde echter om af te treden, tenzij Taft instemde met een onderzoek van het Congres om hem vrij te pleiten, en in December stuurde hij een brief aan de Republikeinse senator Wesley Jones van de staat Washington om een volledig onderzoek te eisen.Hoewel zelfs Charles Taft de President adviseerde om Ballinger’ s ontslag te vragen, bleef Taft bij zijn aangestelde, en procureur-generaal George Wickersham heeft zelfs een rapport over Glavis ‘ ontslag uitgesteld tot 11 September 1909. Nadat een Washington insider Collier waarschuwde dat Ballinger van plan was om zijn tijdschrift aan te klagen na de geplande “whitewash”, huurde het Louis D. Brandeis in als zijn raadsman. Pinchot ging Openbaar met zijn verschillen met Ballinger ‘ s aanpak en zijn kantoor leverde een ander rapport aan de Senator Dolliver, Republikeinse voorzitter van de Commissie voor Landbouw en bosbouw. Dit bracht Taft ertoe Pinchot ook te ontslaan, terwijl Roosevelt in Afrika was. Tijdens de hoorzittingen van de speciale commissie getuigden Glavis en Pinchot, en getuigenissen over de backdating door een stenograaf brachten Taft ertoe de verantwoordelijkheid op zich te nemen voor de opdracht, hoewel die stenograaf en andere medewerkers ook werden ontslagen. Brandeis ‘ondervraging maakte Ballinger’ s anti-conservationisme duidelijk, maar vond niets zo ernstig dat strafvervolging gerechtvaardigd was. Toch was het vertrouwen van het publiek in Ballinger ‘ s leiderschap van het Ministerie van Binnenlandse Zaken afgenomen.Nadat de Republikeinse Partij zwaar verloor in de tussentijdse verkiezingen van November, nam Ballinger uiteindelijk ontslag op 12 maart 1911. Taft had Pinchot vervangen door Henry Graves, die zich inzette voor de bescherming van de Amerikaanse bossen, en Ballinger hielp Taft om een nieuwe wet te krijgen die Taft in staat stelde om publieke gronden terug te trekken uit de particuliere ontwikkeling, waardoor ze in één term zoveel acres konden beschermen als Roosevelt in bijna twee termen had. Echter, de reeks van Ballinger-gerelateerde schandalen, Taft ’s loyaliteit aan zijn omstreden aangestelde, en Ballinger’ s weigering om af te treden voor meer dan negen extra maanden—gecombineerd met controverse over het Payne–Aldrich tarief—splitste de Republikeinse Partij en hielp om het tij van de verkiezingen van 1912 tegen Taft te keren.