miután Seattle polgármestere volt, Ballinger csatlakozott Theodore Roosevelt elnök adminisztrációjához, és 1907-től 1908-ig az Általános Földhivatal biztosa volt. 1909–ben Ballinger segített megszervezni a Alaszka–Yukon-csendes-óceáni kiállítás, világkiállítás az Északnyugati fejlődés kiemelésére.
1909-ben annak ellenére, hogy korábban ígéretet tettek Roosevelt volt elnök kabinettisztjeinek megtartására, az újonnan megválasztott elnök William Howard Taft kinevezte Ballingert a természetvédő (és Ohioan társa) helyére James R. Garfield mint az Egyesült Államok belügyminisztere. Az egyik első cselekedete az volt, hogy visszavonja azoknak a földeknek a végrehajtó védelmét, amelyek potenciálisan a vízenergia fejlesztésének tárgyát képezhetik a felmérésekig, helyreállítva azokat a köztulajdonban lízing céljából. A progresszívek attól tartottak, hogy a vízerőművek monopóliumai megragadják az ilyen helyszíneket, hogy ellenőrizzék vagy kizárják a fejlesztéseket, majd diktálják az energiaárakat, mivel 13 vállalat (köztük a General Electric és a Westinghouse) már a vízerőművek több mint egyharmadát ellenőrizte, amikor Roosevelt elhagyta hivatalát. Ez a helyreállítás azonban hamarosan botrányt váltott ki. Augusztusban, a washingtoni Spokane-i Országos öntözési konferenciával együtt, a United Press riportere egy történetet tett közzé arról, hogy Montanában 15 868 hektár földet adtak el nagyvállalatoknak (General Electric, Guggenheim és Amalgamated Copper). Ballinger először figyelmen kívül hagyta a történetet, majd azzal vádolta az újságírókat, hogy ellenzik a nyugati fejlődést. Bár ez a montanai vízerőmű-történet túlfújtnak bizonyult, a favoritizmus vádjai továbbra is ballingert, mint belügyminisztert kutyázták.
a legsúlyosabb vádak egy Seattle-i fejlesztő és Ballinger cimborája, Clarence Cunningham szénfejlesztése volt a Chugach Nemzeti Erdőben, amelyet egy J. P. Morgannel és a New York-i Guggenheim családdal társult vállalat finanszírozott. A csoport 33 követelést fogadott el, bár az alaszkai földtörvényeket úgy tervezték, hogy elősegítsék a kistermelőket és megakadályozzák a monopóliumot, ezért minden igénylőnek bizonyítania kellett, hogy a saját nevében jár el, valamint minden igénylőt 160 hektárra korlátoztak. Míg a földbiztos, Ballinger különleges hozzáférést biztosított a fejlesztőnek a kormányzati aktákhoz. Az 1908-as földügyi biztosi és belügyminiszteri beosztása közötti több hónapos szünet alatt Ballinger a Cunningham/Morgan/Guggenheim fejlesztési csoport ügynökeként tevékenykedett a szövetségi kormánynál, lobbizott Jim Garfield akkori belügyminiszternél. Miután belügyminiszter lett, Ballinger áthelyezte Louis R. Glavis, és végül kirúgták, miután panaszt tett Gifford Pinchot (vezetője az erdészeti Iroda és így felelős a Chugach, bár szintén alárendelt a belügyminiszter), elnök Taft és együttműködött a sajtóval.
muckraking cikkek sorozata, köztük Glavis’ a Collier ‘ s Weekly novemberi számában felkeltette a természetvédőket. A Hampton ‘ s egyik cikke még Taft elnököt is azzal vádolta, hogy részt vett az 1908-as republikánus konvención kikelt összeesküvésben. Ballinger ismét elutasította a vitát, és Taft elnök úgy tűnt, hogy véget akar vetni a megpróbáltatásoknak, fenntartva, hogy mind Ballinger, mind Pinchot továbbra is elkötelezett Roosevelt természetvédelmi politikája mellett. Ballinger azonban azzal fenyegetőzött, hogy lemond, hacsak Taft nem járul hozzá egy kongresszusi vizsgálathoz, hogy felmentsék, decemberben pedig levelet küldött Washington állam republikánus szenátorának Wesley Jones teljes vizsgálatot követelve.
bár még Charles Taft tanácsolta az elnöknek, hogy kérje Ballinger lemondását, Taft állt az ő kinevezett, és főügyész George Wickersham még visszadátumozott szeptember 11, 1909 vonatkozó jelentést Glavis’ égetés. Miután egy washingtoni bennfentes figyelmeztette Collier – t, hogy Ballinger a tervezett “meszelés” után be akarja perelni magazinját, Louis D. Brandeist vette fel tanácsadójaként. Pinchot nyilvánosságra hozta Ballinger megközelítésével kapcsolatos nézeteltéréseit, és irodája újabb jelentést nyújtott be Dolliver szenátornak, a Mezőgazdasági és Erdészeti Bizottság republikánus elnökének. Ez arra késztette Taftot, hogy Pinchotot is kirúgja, miközben Roosevelt Afrikában volt. A különbizottság meghallgatásai során mind Glavis, mind Pinchot tanúskodott, és a stenográfus visszadátumozásáról szóló tanúvallomások arra késztették Taftot, hogy vállalja a felelősséget a megrendelésért, bár a stenográfust és más alkalmazottakat is elbocsátották. Brandeis kihallgatása egyértelművé tette Ballinger természetvédelemellenességét, de nem tárt fel semmi olyan súlyosat, amely büntetőjogi vádakat indokolna. Ennek ellenére a közvélemény bizalma Ballinger belügyminisztériumi vezetése iránt alábbhagyott.
miután a Republikánus Párt elvesztette erősen a félidős választásokon, hogy November, Ballinger végül lemondott március 12, 1911. Taft felváltotta Pinchotot Henry Graves, aki elkötelezett volt az amerikai erdők védelme mellett, és Ballinger segített Taftnak egy új törvény biztosításában, amely lehetővé tette Taft számára, hogy kivonja az állami földeket a magánfejlesztésből, ezáltal lehetővé téve számukra, hogy egy ciklus alatt annyi hektárt védjenek, mint Roosevelt közel két ciklusban. Azonban a Ballingerrel kapcsolatos botrányok sorozata, Taft hűsége a megtámadott kinevezettjéhez, és Ballinger több mint kilenc hónapig nem volt hajlandó lemondani—a Payne–Aldrich tarifával kapcsolatos vitákkal együtt—megosztotta a Republikánus Pártot, és segített megfordítani az 1912-es választások Taft ellen.