Après avoir été maire de Seattle, Ballinger rejoint l’administration du président Theodore Roosevelt et est commissaire du General Land Office de 1907 à 1908. En 1909, Ballinger participe à l’organisation de l’Exposition Alaska–Yukon–Pacifique, une Exposition universelle destinée à mettre en valeur le développement du Nord-Ouest.
En 1909, malgré les promesses précédentes de conserver les officiers du cabinet de l’ex-président Roosevelt, le président nouvellement élu William Howard Taft nomma Ballinger pour remplacer le conservateur (et collègue Ohioan) James R. Garfield au poste de secrétaire à l’Intérieur des États-Unis. L’un de ses premiers actes a été de révoquer la protection exécutive des terres potentiellement sujettes au développement de l’énergie hydroélectrique en attendant les levés, les rétablissant dans le domaine public pour les louer. Les progressistes craignaient que les monopoles hydroélectriques s’emparent de tels sites pour contrôler ou empêcher le développement et dictent alors les prix de l’énergie, puisque 13 entreprises (dont General Electric et Westinghouse) contrôlaient déjà plus d’un tiers des ressources en eau lorsque Roosevelt quittait ses fonctions. Cependant, cette restauration a rapidement provoqué un scandale. En août, à l’occasion de la Conférence nationale sur l’irrigation à Spokane, dans l’État de Washington, un journaliste de United Press a publié un article sur la vente de 15 868 acres de terres au Montana à de grandes entreprises (General Electric, Guggenheim et Amalgamated Copper). Ballinger a d’abord ignoré l’histoire, puis a accusé les journalistes de s’opposer au développement en Occident. Bien que cette histoire d’hydroélectricité du Montana se soit avérée exagérée, des accusations de favoritisme ont continué à accuser Ballinger en tant que secrétaire à l’Intérieur.
Les accusations les plus graves concernaient l’exploitation du charbon dans la forêt nationale de Chugach par un promoteur de Seattle et un copain de Ballinger, Clarence Cunningham, et financées par une société associée à J. P. Morgan et à la famille Guggenheim de New York. Le groupe avait jalonné 33 revendications, bien que les lois foncières de l’Alaska aient été conçues pour favoriser les petits agriculteurs et empêcher le monopole et exigeaient donc que chaque demandeur prouve qu’il agissait pour son propre compte, et limitaient chaque demandeur à 160 acres. Alors qu’il était commissaire foncier, Ballinger a accordé au promoteur un accès spécial aux dossiers gouvernementaux. Pendant l’écart de plusieurs mois en 1908 entre son emploi de commissaire aux terres et de secrétaire à l’intérieur, Ballinger a agi en tant qu’agent pour le groupe de développement Cunningham / Morgan / Guggenheim auprès du gouvernement fédéral, faisant pression sur le secrétaire à l’Intérieur de l’époque, Jim Garfield. En devenant Secrétaire à l »Intérieur, Ballinger a réaffecté l »enquêteur du Bureau foncier général Louis R. Glavis, et l’a finalement renvoyé après qu’il se soit plaint à Gifford Pinchot (chef du Bureau des Forêts et donc responsable du Chugach, bien qu’également subordonné au Secrétaire à l’Intérieur), au président Taft et a coopéré avec la presse.
Une série d’articles sur le muckraking, dont celui de Glavis dans le numéro de novembre de Collier Weekly, a réveillé les défenseurs de l’environnement. Un article de Hampton a même accusé le président Taft de faire partie d’un complot ourdi lors de la Convention républicaine de 1908. Ballinger a de nouveau rejeté la controverse et le président Taft semblait vouloir que l’épreuve se termine, soutenant que Ballinger et Pinchot restaient attachés aux politiques de conservation de Roosevelt. Ballinger, cependant, menaça de démissionner à moins que Taft ne consente à une enquête du Congrès pour le disculper, et en décembre envoya une lettre au sénateur républicain de l’État de Washington, Wesley Jones, exigeant une enquête complète.
Bien que même Charles Taft ait conseillé au président de demander la démission de Ballinger, Taft s’est tenu aux côtés de sa personne nommée, et le procureur général George Wickersham a même antidaté au 11 septembre 1909 un rapport concernant le licenciement de Glavis. Après qu’un initié de Washington ait averti Collier que Ballinger envisageait de poursuivre son magazine après le « blanchiment » prévu, il a engagé Louis D. Brandeis comme conseil. Pinchot a rendu public ses divergences avec l’approche de Ballinger et son bureau a remis un autre rapport au sénateur Dolliver, président républicain de la Commission de l’agriculture et des forêts. Cela a incité Taft à renvoyer Pinchot également, alors que Roosevelt était en Afrique. Au cours des audiences du comité spécial, Glavis et Pinchot ont témoigné, et le témoignage sur l’antidatage par un sténographe a incité Taft à prendre la responsabilité de l’ordonner, bien que ce sténographe et d’autres employés aient également été licenciés. L’interrogatoire de Brandeis a rendu clair l’anti-conservationnisme de Ballinger, mais n’a rien découvert de si grave qu’il justifierait des accusations criminelles. Néanmoins, la confiance du public dans la direction du département de l’Intérieur de Ballinger avait diminué.
Après la lourde défaite du parti républicain aux élections de mi-mandat de novembre, Ballinger démissionne finalement le 12 mars 1911. Taft avait remplacé Pinchot par Henry Graves, qui s’était engagé à protéger les forêts américaines, et Ballinger aida Taft à obtenir une nouvelle loi qui permettait à Taft de retirer les terres publiques du développement privé, leur permettant ainsi de protéger autant d’acres en un mandat que Roosevelt en près de deux mandats. Cependant, la série de scandales liés à Ballinger, la loyauté de Taft envers sa personne nommée et le refus de Ballinger de démissionner pendant plus de neuf mois supplémentaires — combinés à la controverse sur le tarif Payne–Aldrich — divisent le Parti républicain et contribuent à renverser la tendance des élections de 1912 contre Taft.