efter at have tjent som borgmester i Seattle sluttede Ballinger sig til administrationen af præsident Theodore Roosevelt og fungerede som kommissær for General Land Office fra 1907 til 1908. I 1909 hjalp Ballinger med at organisere Alaska–Yukon–Pacific-udstillingen, en Verdensmesse for at fremhæve udviklingen i Nordvest.
i 1909 trods tidligere løfter om at beholde tidligere præsident Roosevelts kabinetsofficerer, nyvalgte præsident Taft udnævnte Ballinger til at erstatte conservationist (og kollega Ohioan) James R. Garfield som den amerikanske indenrigsminister. En af hans første handlinger var at tilbagekalde udøvende beskyttelse af lande, der potentielt var underlagt udvikling af vandkraft i afventning af undersøgelser, genoprette dem til det offentlige domæne til leasing. Progressive frygtede, at vandkraftmonopoler ville gribe sådanne steder enten for at kontrollere eller udelukke udvikling og derefter diktere energipriser, da 13 virksomheder allerede kontrollerede mere end en tredjedel af vandkraftressourcerne, da Roosevelt forlod kontoret. Imidlertid fremkaldte denne restaurering snart en skandale. I August offentliggjorde en United Press reporter en historie om 15.868 hektar jord i Montana, der sælges til store virksomheder (General Electric, Guggenheim og Amalgamated Copper). Ballinger ignorerede først historien og beskyldte derefter journalister for at modsætte sig udvikling i Vesten. Selvom Montana-vandkrafthistorien viste sig at være overdreven, beskyldninger om favoritisme fortsatte med at hund Ballinger som indenrigsminister.
de mest alvorlige anklager involverede kuludvikling i Chugach National Forest af en Seattle-udvikler og Ballinger crony, Clarence Cunningham, og finansieret af et selskab tilknyttet J. P. Morgan og Guggenheim-familien i Ny York City. Gruppen havde satset 33 krav, skønt Alaska-jordlove var designet til at fremme små landmænd og forhindre monopol og krævede således, at hver sagsøger skulle bevise, at han eller hun handlede på hans eller hendes egne vegne, samt begrænsede hver sagsøger til 160 hektar. Mens landkommissær, Ballinger gav udvikleren særlig adgang til regeringsfiler. I løbet af flere måneders kløft i 1908 mellem hans ansættelse som landkommissær og indenrigsminister, Ballinger fungerede som agent for Cunningham/Morgan/Guggenheim udviklingsgruppe med den føderale regering, lobbyvirksomhed derefter indenrigsminister Jim Garfield. Efter at være blevet indenrigsminister, Ballinger omfordelt General Land Office investigator Louis R. Glavis, og i sidste ende fyrede ham, efter at han klagede til Gifford Pinchot (leder af Skovbrugsbureauet og dermed ansvarlig for Chugach, skønt også underordnet indenrigsministeren), præsident Taft og samarbejdede med pressen.
en række muckraking-artikler, herunder Glavis’ i novemberudgaven af Colliers ugentlige vækkede bevarerne. En artikel i Hamptons beskyldte endda præsident Taft for at være en del af en sammensværgelse, der blev udklækket ved den republikanske konvention i 1908. Ballinger afviste igen kontroversen, og præsident Taft så ud til at ønske, at prøvelsen skulle ende, idet han fastholdt, at både Ballinger og Pinchot forblev engagerede i Roosevelts bevaringspolitik. Ballinger truede dog med at træde tilbage, medmindre Taft gav sit samtykke til en kongresundersøgelse for at frikende ham, og i December sendte han et brev til den republikanske senator, der krævede en fuldstændig efterforskning.
selvom selv Charles Taft rådede præsidenten til at bede om Ballingers fratræden, stod Taft ved sin udnævnte, og justitsadvokat George Væckersham dateres endda tilbage til 11.September 1909 en rapport om Glavis’ fyring. Efter at en insider advarede Collier om, at Ballinger planlagde at sagsøge sit magasin efter den planlagte “hvidvask”, hyrede det Louis D. Brandeis som sin rådgiver. Pinchot gik offentligt med sine forskelle med Ballingers tilgang, og hans kontor leverede en anden rapport til Senator Dolliver, republikansk formand for Udvalget om Landbrug og skovbrug. Dette fik Taft til også at skyde Pinchot, mens Roosevelt var i Afrika. Under det særlige udvalgs høringer, både Glavis og Pinchot vidnede, og vidnesbyrd om backdating af en stenograf fik Taft til at tage ansvar for at bestille det, skønt stenografen og andre ansatte også blev fyret. Brandeis ‘ afhøring gjorde Ballingers anti-conservationism klar, men afslørede ikke noget så alvorligt, at det berettiger kriminelle anklager. Ikke desto mindre var offentlighedens tillid til Ballingers ledelse af Indenrigsministeriet aftaget.
efter at det republikanske parti tabte kraftigt i midtvejsvalget i November, trådte Ballinger endelig tilbage den 12.marts 1911. Taft havde erstattet Pinchot med Henry Graves, der var forpligtet til at beskytte amerikanske skove, og Ballinger hjalp Taft med at sikre en ny lov, der gjorde det muligt for Taft at trække offentlige lande tilbage fra privat udvikling og således give dem mulighed for at beskytte så mange hektar på en periode som Roosevelt havde på næsten to vilkår. Serien af Ballinger-relaterede skandaler, Tafts loyalitet over for sin embatterede udnævnte og Ballingers afvisning af at træde tilbage i mere end ni yderligere måneder—kombineret med kontrovers over Payne–Aldrich—tariffen-splittede det republikanske parti og hjalp med at vende tidevandet i valget i 1912 mod Taft.