Nach seiner Tätigkeit als Bürgermeister von Seattle trat Ballinger der Regierung von Präsident Theodore Roosevelt bei und war von 1907 bis 1908 Kommissar des General Land Office. 1909 half Ballinger bei der Organisation der Alaska-Yukon-Pacific Exposition, einer Weltausstellung zur Hervorhebung der Entwicklung im Nordwesten.
1909 ernannte der neu gewählte Präsident William Howard Taft Ballinger trotz früherer Versprechen, die Kabinettsoffiziere von Ex-Präsident Roosevelt zu behalten, zum Nachfolger des Naturschützers (und Ohioan-Kollegen) James R. Garfield als US-Innenminister. Eine seiner ersten Handlungen bestand darin, den Exekutivschutz von Ländern zu widerrufen, die möglicherweise der Entwicklung von Wasserkraft unterliegen, während Erhebungen anstehen, Wiederherstellung des öffentlichen Eigentums zur Verpachtung. Progressive befürchteten, dass Wasserkraftmonopole solche Standorte entweder ergreifen würden, um die Entwicklung zu kontrollieren oder auszuschließen, und dann die Energiepreise diktieren würden, da 13 Unternehmen (einschließlich General Electric und Westinghouse) bereits mehr als ein Drittel der Wasserkraftressourcen kontrollierten, als Roosevelt das Amt verließ. Diese Restaurierung löste jedoch bald einen Skandal aus. Im August veröffentlichte ein Reporter von United Press in Verbindung mit der National Irrigation Conference in Spokane, Washington, eine Geschichte über 15.868 Hektar Land in Montana, das an große Unternehmen (General Electric, Guggenheim und Amalgamated Copper) verkauft wurde. Ballinger ignorierte die Geschichte zunächst und beschuldigte Reporter, sich der Entwicklung im Westen zu widersetzen. Obwohl sich diese Montana Waterpower-Geschichte als übertrieben erwies, Vorwürfe der Bevorzugung verfolgten Ballinger weiterhin als Innenminister.
Die schwerwiegendsten Anklagen betrafen die Kohleentwicklung im Chugach National Forest durch einen Entwickler und Ballinger-Kumpan aus Seattle, Clarence Cunningham, und finanziert von einem Unternehmen, das mit JP Morgan und der Guggenheim-Familie in New York City verbunden ist. Die Gruppe hatte 33 Ansprüche abgesteckt, obwohl die Landgesetze Alaskas darauf abzielten, Kleinbauern zu fördern und Monopole zu verhindern, und daher jeden Antragsteller aufforderten, nachzuweisen, dass er in seinem eigenen Namen handelte, und jeden Antragsteller auf 160 Morgen beschränkten. Als Landkommissar gewährte Ballinger dem Entwickler besonderen Zugang zu Regierungsakten. Während der mehrmonatigen Lücke zwischen seiner Anstellung als Landkommissar und Innenminister im Jahr 1908 fungierte Ballinger als Agent der Cunningham / Morgan / Guggenheim Development Group bei der Bundesregierung und setzte sich für den damaligen Innenminister Jim Garfield ein. Als er Innenminister wurde, übertrug Ballinger den Ermittler des General Land Office, Louis R. Glavis und feuerte ihn schließlich, nachdem er sich bei Gifford Pinchot (Leiter des Forstamtes und damit verantwortlich für den Chugach, obwohl auch dem Innenminister unterstellt), Präsident Taft beschwert und mit der Presse zusammengearbeitet hatte.
Eine Reihe von Muckraking-Artikeln, darunter Glavis ‚in der November-Ausgabe von Collier’s Weekly, weckten die Naturschützer. Ein Artikel in Hamptons beschuldigte Präsident Taft sogar, Teil einer Verschwörung zu sein, die auf dem republikanischen Kongress von 1908 ausgebrütet wurde. Ballinger wies die Kontroverse erneut zurück und Präsident Taft schien zu wollen, dass die Tortur endet, und behauptete, dass sowohl Ballinger als auch Pinchot Roosevelts Naturschutzpolitik verpflichtet blieben. Ballinger drohte jedoch mit seinem Rücktritt, es sei denn, Taft stimmte einer Untersuchung des Kongresses zu, um ihn zu entlasten, und sandte im Dezember einen Brief an den republikanischen Senator Wesley Jones des Staates Washington, in dem er eine vollständige Untersuchung forderte.
Obwohl sogar Charles Taft dem Präsidenten riet, Ballingers Rücktritt zu beantragen, stand Taft zu seinem Beauftragten, und Generalstaatsanwalt George Wickersham datierte sogar einen Bericht über Glavis ‚Entlassung auf den 11. September 1909 zurück. Nachdem ein Washingtoner Insider Collier gewarnt hatte, Ballinger plane, sein Magazin nach der geplanten „Tünche“ zu verklagen, engagierte es Louis D. Brandeis als seinen Anwalt. Pinchot ging mit seinen Differenzen mit Ballingers Ansatz an die Öffentlichkeit und sein Büro lieferte dem Senator Dolliver, dem republikanischen Vorsitzenden des Ausschusses für Land- und Forstwirtschaft, einen weiteren Bericht. Dies veranlasste Taft, Pinchot ebenfalls zu feuern, während Roosevelt in Afrika war. Während der Anhörungen des Sonderausschusses, Sowohl Glavis als auch Pinchot sagten aus, und Zeugenaussagen über die Rückdatierung durch einen Stenographen veranlassten Taft, die Verantwortung für die Bestellung zu übernehmen, obwohl dieser Stenograph und andere Mitarbeiter ebenfalls entlassen wurden. Brandeis ‚Befragung machte Ballingers Anti-Konservativismus deutlich, brachte aber nichts so Ernstes ans Licht, dass eine Strafanzeige gerechtfertigt wäre. Dennoch hatte das Vertrauen der Öffentlichkeit in Ballingers Führung des Innenministeriums nachgelassen.
Nachdem die Republikanische Partei bei den Zwischenwahlen im November stark verloren hatte, trat Ballinger schließlich am 12.März 1911 zurück. Taft hatte Pinchot durch Henry Graves ersetzt, der sich für den Schutz der amerikanischen Wälder einsetzte, und Ballinger half Taft, ein neues Gesetz zu erlassen, das es Taft ermöglichte, öffentliches Land aus der privaten Entwicklung zurückzuziehen, So dass sie in einer Amtszeit so viele Hektar schützen konnten wie Roosevelt in fast zwei Amtszeiten. Die Reihe von Skandalen im Zusammenhang mit Ballinger, Tafts Loyalität gegenüber seinem umkämpften Ernannten und Ballingers Weigerung, für mehr als neun weitere Monate zurückzutreten — kombiniert mit Kontroversen über den Payne–Aldrich—Tarif – spaltete die Republikanische Partei und trug dazu bei, das Blatt zu wenden der Wahlen von 1912 gegen Taft.