palveltuaan Seattlen pormestarina Ballinger liittyi presidentti Theodore Rooseveltin hallintoon ja toimi vuosina 1907-1908 yleisen Maaviraston komissaarina. Vuonna 1909 Ballinger oli mukana järjestämässä Alaska–Yukon–Pacific Exposition-maailmannäyttelyä, jonka tarkoituksena oli tuoda esiin maan luoteisosan kehitystä.
vuonna 1909 vastavalittu presidentti William Howard Taft nimitti Ballingerin luonnonsuojelija James R. Garfieldin tilalle Yhdysvaltain sisäministeriksi. Yksi hänen ensimmäisistä teoistaan oli kumota toimeenpanovallan suojelu mailta, jotka saattavat joutua vesivoiman kehittämisen alaisiksi ennen tutkimuksia, palauttamalla ne yleiseen käyttöön vuokrausta varten. Edistysmieliset pelkäsivät, että vesivoimamonopolit valtaisivat tällaiset kohteet joko valvoakseen tai estääkseen kehitystä ja sanelisivat sitten energian hinnat, sillä 13 yhtiötä (mukaan lukien General Electric ja Westinghouse) hallitsi jo yli kolmannesta vesivoimaresursseista Rooseveltin lähtiessä virastaan. Restaurointi aiheutti kuitenkin pian skandaalin. Elokuussa United Pressin toimittaja julkaisi Spokanessa Washingtonissa pidetyn kansallisen Kastelukonferenssin yhteydessä jutun, jossa kerrottiin Montanassa sijaitsevan 15868 eekkeriä maata myytävän suuryrityksille (General Electric, Guggenheim ja Amalgamated Copper). Ballinger ei aluksi välittänyt tarinasta, vaan syytti sitten toimittajia länsimaiden kehityksen vastustamisesta. Vaikka Montana waterpower-tarina osoittautui liioitelluksi, syytökset suosimisesta saivat Ballingerin edelleen sisäasiainministerinä.
vakavimmat syytteet koskivat seattlelaisen rakennuttajan ja Ballinger Cronyn Clarence Cunninghamin tekemää kivihiilen kehittämistä Chugachin Kansallismetsässä, jota rahoitti J. P. Morganin ja newyorkilaisen Guggenheim-suvun kanssa tekemisissä ollut yhtiö. Ryhmä oli asettanut 33 vaatimusta, vaikka Alaskan maalait oli suunniteltu edistämään pienviljelijöitä ja estämään monopoli, ja siten jokaisen kantajan oli todistettava, että hän toimi omasta puolestaan, sekä rajoitettu kunkin kantajan 160 eekkeriin. Maakomissaarina ollessaan Ballinger antoi rakennuttajalle erityisen pääsyn hallituksen tiedostoihin. Vuonna 1908 Ballinger toimi Cunningham/Morgan/Guggenheim development Groupin agenttina ja lobbasi sisäministeri Jim Garfieldia. Tultuaan sisäministeriksi Ballinger siirsi Maanhallintaviraston tutkijan Louis R. Glavis, ja lopulta erotti hänet, kun hän oli valittanut Gifford Pinchot ’ lle (Metsätoimiston johtaja ja siten vastuussa Chugachista, vaikkakin myös sisäministerin alainen), presidentti Taftille ja teki yhteistyötä lehdistön kanssa.
Collier’ s Weekly-lehden marraskuun numerossa ilmestynyt joukko muckrakaavia artikkeleita, muun muassa Glavis ’ herätti luonnonsuojelijat. Hampton ’ s-lehden artikkelissa jopa syytettiin presidentti taftia osallisuudesta salaliittoon, joka syntyi vuoden 1908 republikaanien puoluekokouksessa. Ballinger hylkäsi jälleen kiistan ja presidentti Taft näytti haluavan koettelemuksen loppuvan, väittäen, että sekä Ballinger että Pinchot pysyivät sitoutuneina Rooseveltin suojelupolitiikkaan. Ballinger kuitenkin uhkasi erota, ellei Taft suostuisi kongressin tutkintaan vapauttaakseen hänet syytteistä, ja lähetti joulukuussa Washingtonin osavaltion republikaanisenaattori Wesley Jonesille kirjeen, jossa hän vaati täydellistä tutkintaa.
vaikka jopa Charles Taft neuvoi presidenttiä pyytämään Ballingerin eroa, Taft pysyi nimittämänsä rinnalla ja oikeusministeri George Wickersham jopa peruutti 11.syyskuuta 1909 raportin Glavisin potkuista. Washingtonin sisäpiiriläisen varoitettua Collieria, että Ballinger aikoi haastaa lehtensä oikeuteen suunnitellun ”whitewashin” jälkeen, se palkkasi asianajajakseen Louis D. Brandeisin. Pinchot tuli julkisuuteen erimielisyyksiensä kanssa Ballingerin lähestymistavasta ja hänen toimistonsa toimitti toisen raportin senaattori Dolliverille, maa-ja metsätalousvaliokunnan Republikaanipuheenjohtajalle. Tämä sai Taftin erottamaan myös Pinchotin Rooseveltin ollessa Afrikassa. Erityiskomitean kuulemisissa sekä Glavis että Pinchot todistivat, ja todistajanlausunto pikakirjoittajan takapäivityksestä sai Taftin ottamaan vastuun sen tilaamisesta, vaikka myös pikakirjoittaja ja muut työntekijät saivat potkut. Brandeisin kuulustelut tekivät Ballingerin luonnonsuojeluvastaisuuden selväksi, mutta eivät tuoneet esiin mitään niin vakavaa, että olisivat antaneet aihetta rikossyytteisiin. Yleisön luottamus Ballingerin johtamiseen sisäministeriössä oli kuitenkin hiipunut.
tasavaltalaispuolueen hävittyä pahasti välivaaleissa saman vuoden marraskuussa Ballinger erosi lopullisesti 12.Maaliskuuta 1911. Taft oli korvannut Pinchot ’ n Henry Gravesilla, joka oli sitoutunut suojelemaan Amerikan metsiä, ja Ballinger auttoi taftia saamaan aikaan uuden lain, joka salli Taftin vetäytyä julkisista maista yksityiseltä kehitykseltä, jolloin he pystyivät suojelemaan yhtä monta eekkeriä yhdellä kaudella kuin Roosevelt oli lähes kahdella kaudella. Ballingeriin liittyvien skandaalien sarja, Taftin lojaalisuus hänen nimittämälleen nimittäjälle ja Ballingerin kieltäytyminen eroamasta yli yhdeksäksi kuukaudeksi-yhdistettynä Paynen ja Aldrichin tariffista syntyneeseen kiistaan—jakoivat kuitenkin tasavaltalaispuolueen kahtia ja auttoivat kääntämään vuoden 1912 vaalien suunnan taftia vastaan.