mivel a vázizom nem képes felhasználni a karbamid-ciklust az elágazási lánc aminosavainak lebontása során keletkező ammóniumionok biztonságos ártalmatlanítására, más módon kell megszabadulnia tőle. Ennek érdekében az ammóniumot a sejtben transzaminációs reakció útján kombinálják a szabad ons-ketoglutaráttal, így glutamát és Ca-keto-sav keletkezik. Az alanin-aminotranszamináz (ALT) ezután a glutamátot visszahelyezi a kb-ketoglutarát, ezúttal az ammóniumot a glikolízis eredményeként piruváttá alakítja, szabad alanint képezve. Az alanin aminosav transzferként működik – elhagyja a sejtet, belép a véráramba, és a máj májsejtjeibe utazik, ahol lényegében ez az egész folyamat megfordul. Az alanin transzaminációs reakción megy keresztül szabad ons-ketoglutarát glutamát előállításához, amelyet ezután dezaminálnak piruvát és végül szabad ammóniumion képződéséhez. A hepatociták képesek a mérgező ammónium metabolizálására a karbamid ciklus révén, így biztonságosan ártalmatlanítva. Miután sikeresen megszabadította az ammóniumion izomsejtjeit, a ciklus ezután az energiától megfosztott vázizomsejteket glükózzal látja el. A májsejtekben a glutamát deaminálásából képződött piruvát glükoneogenezisen megy keresztül, hogy glükózt képezzen, amely ezután bejuthat a véráramba, és átkerülhet a vázizomszövetbe, ezáltal biztosítva a szükséges energiaforrást.
a Cahill-ciklus megköveteli az alanin-aminotranszferáz (alanin-transzamináz, ALT) jelenlétét, amely olyan szövetekre korlátozódik, mint az izom, a máj és a bél. Ezért ezt az utat a Cori-ciklus helyett csak akkor alkalmazzák, ha aminotranszferáz van jelen, amikor szükség van ammónia átvitelére a májba, és amikor a test katabolizmus (izombontás) állapotban van.