Dopo aver servito come il sindaco di Seattle, Ballinger aderito l’amministrazione del Presidente Theodore Roosevelt e servito come commissario del catasto dal 1907 al 1908. Nel 1909, Ballinger ha contribuito ad organizzare l’Alaska-Yukon-Pacific Exposition, una fiera mondiale per evidenziare lo sviluppo nel nord-ovest.
Nel 1909, nonostante le precedenti promesse di mantenere gli ufficiali di gabinetto dell’ex presidente Roosevelt, il neo eletto presidente William Howard Taft nominò Ballinger per sostituire il conservazionista (e collega Ohioan) James R. Garfield come Segretario degli interni degli Stati Uniti. Uno dei suoi primi atti fu quello di revocare la protezione esecutiva delle terre potenzialmente soggette a sviluppo di energia idroelettrica in attesa di indagini, ripristinandoli al pubblico dominio per il leasing. I progressisti temevano che i monopoli idroelettrici avrebbero afferrato tali siti per controllare o precludere lo sviluppo e avrebbero poi dettato i prezzi dell’energia, dal momento che le società 13 (tra cui General Electric e Westinghouse) controllavano già più di un terzo delle risorse idriche quando Roosevelt lasciò l’incarico. Tuttavia, quella restaurazione provocò presto uno scandalo. In agosto, in concomitanza con la Conferenza nazionale di irrigazione a Spokane, Washington, un giornalista della United Press ha pubblicato una storia su 15.868 acri di terra nel Montana venduti a grandi aziende (General Electric, Guggenheim e rame amalgamato). Ballinger all’inizio ignorò la storia, poi accusò i giornalisti di opporsi allo sviluppo in Occidente. Anche se quella storia Montana waterpower dimostrato di essere esagerata, accuse di favoritismo continuato a cane Ballinger come Segretario degli interni.
Le accuse più gravi riguardavano lo sviluppo del carbone nella Foresta nazionale di Chugach da parte di uno sviluppatore di Seattle e clientelare di Ballinger, Clarence Cunningham, e finanziato da una società associata a J. P. Morgan e alla famiglia Guggenheim di New York. Il gruppo aveva puntato 33 reclami, anche se le leggi sulla terra dell’Alaska sono state progettate per favorire i piccoli agricoltori e prevenire il monopolio e quindi richiesto a ciascun richiedente di dimostrare che lui o lei agiva per proprio conto, oltre a limitare ogni richiedente a 160 acri. Mentre commissario terra, Ballinger ha concesso l’accesso speciale sviluppatore ai file del governo. Durante il divario di diversi mesi nel 1908 tra il suo impiego come commissario per la terra e il segretario degli interni, Ballinger ha agito come agente per il gruppo di sviluppo Cunningham/Morgan/Guggenheim con il governo federale, facendo pressione sull’allora segretario degli interni Jim Garfield. Dopo essere diventato Segretario degli interni, Ballinger riassegnò l’investigatore generale Louis R. Glavis, e alla fine lo licenziò dopo che si lamentò con Gifford Pinchot (capo dell’Ufficio forestale e quindi responsabile del Chugach, anche se anche subordinato al Segretario degli interni), il presidente Taft e collaborò con la stampa.
Una serie di articoli muckraking, tra cui quello di Glavis nel numero di novembre del Collier’s Weekly destò gli ambientalisti. Un articolo di Hampton ha persino accusato il presidente Taft di far parte di una cospirazione nata alla Convention repubblicana del 1908. Ballinger respinse nuovamente la controversia e il presidente Taft sembrò volere che il calvario finisse, sostenendo che sia Ballinger che Pinchot rimasero impegnati nelle politiche di conservazione di Roosevelt. Ballinger, tuttavia, minacciò di dimettersi a meno che Taft non acconsentisse a un’indagine del Congresso per scagionarlo, e in dicembre inviò una lettera al senatore repubblicano dello stato di Washington Wesley Jones chiedendo un’indagine completa.
Anche se Charles Taft consigliò al Presidente di chiedere le dimissioni di Ballinger, Taft rimase al suo posto, e il procuratore generale George Wickersham addirittura retrodatò all’ 11 settembre 1909 un rapporto riguardante il licenziamento di Glavis. Dopo che un insider di Washington avvertì Collier che Ballinger aveva intenzione di citare in giudizio la sua rivista dopo il pianificato “whitewash”, assunse Louis D. Brandeis come suo consulente. Pinchot è diventato pubblico con le sue differenze con l’approccio di Ballinger e il suo ufficio ha consegnato un altro rapporto al senatore Dolliver, presidente repubblicano della Commissione per l’agricoltura e la silvicoltura. Ciò spinse Taft a licenziare anche Pinchot, mentre Roosevelt era in Africa. Durante le audizioni del comitato speciale, sia Glavis che Pinchot hanno testimoniato, e la testimonianza sul retrodatazione da parte di uno stenografo ha spinto Taft ad assumersi la responsabilità di ordinarlo, anche se lo stenografo e altri dipendenti sono stati licenziati. L’interrogatorio di Brandeis rese chiaro l’anti-conservazionismo di Ballinger, ma non portò alla luce nulla di così grave da giustificare accuse penali. Tuttavia, la fiducia del pubblico nella leadership di Ballinger del Dipartimento degli Interni era diminuita.
Dopo che il partito repubblicano perse pesantemente nelle elezioni di medio termine di novembre, Ballinger si dimise definitivamente il 12 marzo 1911. Taft aveva sostituito Pinchot con Henry Graves, che era impegnato a proteggere le foreste americane, e Ballinger ha aiutato Taft a garantire una nuova legge che ha permesso a Taft di ritirare le terre pubbliche dallo sviluppo privato, permettendo così loro di proteggere tanti acri in un solo termine come Roosevelt aveva in quasi due termini. Tuttavia, la serie di scandali legati a Ballinger, la lealtà di Taft al suo incaricato merlato e il rifiuto di Ballinger di dimettersi per più di nove mesi aggiuntivi-combinati con polemiche sulla tariffa Payne—Aldrich–divisero il Partito repubblicano e contribuirono a ribaltare le sorti delle elezioni del 1912 contro Taft.