シアトル市長を務めた後、バリンジャーはセオドア・ルーズベルト大統領の政権に加わり、1907年から1908年まで土地総局のコミッショナーを務めた。 1909年、バリンジャーは北西部の発展を強調するための万国博覧会であるアラスカ–ユーコン–太平洋博覧会の開催に貢献した。
1909年、ルーズベルト元大統領の閣僚を保持するという以前の約束にもかかわらず、新たに選出されたウィリアム-ハワード-タフト大統領は、バリンジャーを自然保護主義者（およびオヒオアン仲間）のジェームズ-R-ガーフィールドに代わってアメリカ合衆国内務長官に任命した。 彼の最初の行為の一つは、潜在的に水力発電の開発の対象となる土地の執行保護を取り消し、リースのためにパブリックドメインに復元することでした。 進歩主義者は、水力発電の独占が開発を制御または排除するためにそのような場所をつかむことを恐れ、ルーズベルトが辞任したときに13社（ゼネラル-エレクトリックとウェスティングハウスを含む）がすでに水力資源の三分の一以上を支配していたため、エネルギー価格を決定するだろうと恐れていた。 しかし、その修復はすぐにスキャンダルを引き起こした。 8月、ワシントン州スポケーンで開催された全米灌漑会議と連動して、ユナイテッド-プレスの記者がモンタナ州の15,868エーカーの土地が大企業（ゼネラル-エレクトリック、グッゲンハイム、アマルガメート-コッパー）に売却されたという話を発表した。 バリンジャーは最初はこの話を無視し、その後、西側の開発に反対していると非難した。 そのモンタナの水力発電の話は誇張されていることが判明したが、好意主義の告発はバリンジャーを内務長官として犬にし続けた。
最も深刻な告発は、シアトルの開発者であり、バリンジャー-クロニー、クラレンス-カニンガムによるChugach国有林の石炭開発に関与し、J.P.モルガンとニューヨーク市のグッゲンハイム家に関連する企業によって資金提供された。 グループは33の主張を賭けていたが、アラスカの土地法は小規模農家を育成し、独占を防ぐために設計されていたため、各請求者に自分のために行動していることを証明するように要求し、各請求者を160エーカーに制限した。 土地長官の間、Ballingerは開発者に政府のファイルへの特別なアクセスを許可しました。 1908年の土地長官と内務長官の間の数ヶ月の間、バリンジャーは連邦政府とのカニンガム/モルガン/グッゲンハイム開発グループの代理人として行動し、当時の内務長官ジム-ガーフィールドにロビー活動を行った。 内務長官に就任すると、バリンジャーは土地総局捜査官ルイス-Rを再任した。 彼はギフォードPinchotに訴えた後Glavis、そして最終的に彼を解雇（林業局の頭とChugachのために責任が、また、内務長官に従属しているが）、社長タフトとプレスに協力した。
Collier’S Weeklyの11月号のGlavisを含む一連のmuckraking記事は、conservationistsを喚起しました。 ハンプトンの記事では、タフト大統領が1908年の共和党大会で陰謀の一部であると非難していた。 バリンジャーは再び論争を退け、タフト大統領は、バリンジャーとピンチョットの両方がルーズベルトの保全政策にコミットしたままであることを維持し、試練を終わらせることを望んでいるように見えた。 しかし、バリンジャーはタフトが彼を無罪にするために議会の調査に同意しない限り辞任すると脅し、12月にはワシントン州の共和党上院議員ウェズリー・ジョーンズに完全な調査を要求する手紙を送った。
チャールズ-タフトでさえ大統領にバリンジャーの辞任を求めるよう助言したが、タフトは彼の任命者のそばに立っており、ジョージ-ウィッカーシム司法長官は11月、1909年にグラヴィスの発砲に関する報告書を遡って提出した。 ワシントンのインサイダーは、バリンジャーが計画された”ホワイトウォッシュ”の後に彼の雑誌を訴えることを計画していたことをコリアーに警告した後、それはその弁護士としてルイ-D-ブランダイスを雇った。 ピンチョットはバリンジャーのアプローチとの違いを公にし、彼のオフィスは農業と林業に関する委員会の共和党委員長である上院議員ドリバーに別の報告書を届けた。 これにより、タフトはルーズベルトがアフリカにいた間にピンチョットを解雇した。 特別委員会の公聴会では、グラヴィスとピンチョットの両方が証言し、速記者によるバックデートについての証言は、タフトがそれを注文する責任を取るよう促したが、速記者や他の従業員も解雇された。 ブランダイスの尋問はバリンジャーの反自然保護主義を明らかにしたが、刑事告発を正当化するほど深刻なものは発掘されなかった。 それにもかかわらず、内部部門のバリンジャーのリーダーシップに対する国民の信頼は弱まっていた。
11月の中間選挙で共和党が大敗した後、バリンジャーは1911年3月12日に最終的に辞任した。 タフトはピンチョットをアメリカの森林保護に尽力していたヘンリー・グレイヴスに置き換え、バリンジャーはタフトが私有開発から公有地を撤退させることを可能にする新しい法律を確保するのを助け、ルーズベルトが持っていたのと同じくらい多くのエーカーをほぼ2つの条件で保護することを可能にした。 しかし、一連のバリンガー関連のスキャンダル、タフトの四面楚歌の被任命者への忠誠、およびバリンガーがさらに9ヶ月以上辞任を拒否したことは、ペイン＝アルドリッチ関税に関する論争と相まって、共和党を分裂させ、1912年のタフトに対する選挙の流れを変えるのに役立った。